Кремль находился сначала под властью большевиков, но 28 октября его комендант, не имевший связи со своим центром, открыл ворота для законных формирований, состоявших в основном из юнкеров и студентов. Юнкера вошли в Кремль, начали выводить солдат из Арсенала и разоружать их. В это время со стороны солдат, не сдавших оружие, раздались ничем не спровоцированные выстрелы – было убито несколько юнкеров, остальные в панике бросились бежать. Строй юнкеров рассыпался, и стоявшие позади и охранявшие их броневики и пулеметы были вынуждены открыть огонь по большевистским солдатам. Советские историки полностью исказили факты и представили дело так, что «невинных» солдат «зверски» расстреляли студенты и юнкера.
Миролюбивая позиция командира Московского военного округа полковника К.И. Рябцева (которая позднее послужила его обвинению и расстрелу белыми) отнюдь не могла способствовать обузданию бунтовщиков, и беспощадная война, продолжавшаяся до 2 ноября, развернулась на улицах города. Большевики пустили в ход орудия, в том числе тяжелые, разместив их на командных высотах. Они не остановились перед обстрелом Кремля: 31 октября мастерским тяжелой и осадной артиллерии была поставлена «боевая задача: обстрелять Кремль, для этого выбрать, занять позицию и немедленно приступить к обстрелу»; 1 ноября приказали «открыть рано утром огонь по Кремлю, заняв предварительно теми орудиями, какие стоят на Москве-реке, угол Волхонки и Моховой, а также место около большого Каменного моста». Командир артиллерийского расчета вспоминал, что «артиллеристы были восхищены выбором позиции… Кремль был виден как на ладони… словом, в любую точку без единого промаха можно было класть снаряды».
Сначала «Бюллетень военно-революционного комитета» сообщил, что «во время обстрела сильно повреждены Кремль, Чудов монастырь и Успенский собор», но вскоре большевики спохватились, заявив, что повреждения, нанесенные кремлевским памятникам, совершенно незначительны: «…ни одно здание, имеющее археологическую ценность, не разрушено до основания или хотя бы частью».
Представители противной стороны придерживались, однако, другого мнения.
Вот свидетельства очевидцев. Н.П. Окунев, простой москвич, дневник которого чудом уцелел и был издан в 1997 г., писал, что «в Кремль не пускают, но я уже видел страшные язвы, нанесенные ему кощунственными руками: сорвана верхушка старинной башни, выходящей к Москве-реке (ближе к Москворецкому мосту), сбит крест с одной из глав „Василия Блаженного“, разворочены часы на Спасской башне, и она кое-где поцарапана шрапнелью, наполовину разбита Никольская башня, и чтимый с 1812 г. за свою неповрежденность от взрыва этой башни французами образ св. Николая Чудотворца уничтожен выстрелами без остатка. Как же это щадили его татары, поляки и французы? Неужто для нас ничего святого нет? Должно быть, так. По крайней мере, я слышал, какой-то солдатишко, идя по Мясницкой, ораторствовал, „что там ихний Кремль, жись-то наша чай дороже“. Подумаешь, до чего может дойти русский мужик своим умом!.. В Кремле снаряды попали в Успенский собор, в Чудов монастырь, в церковь 12-ти Апостолов, в Малый дворец, и вообще, должно быть, пострадал наш Святой и седой Кремль больше, чем от нашествий иноплеменных». Известный искусствовед А.М. Эфрос по горячим следам писал, что «при бомбардировке не осталось нетронутым ни одно кремлевское сооружение: следы – от пулевых пробоин до снарядных зияний – есть на каждом. Меньше всех пострадал как раз наименее значительный в художественном отношении Большой Кремлевский дворец. Сильнее всего разворочен Чудов монастырь. Его стены, окна, крыльцо представляли сплошную рану. Стены пробиты насквозь, искрошены наличники окон, разбиты колонны крыльца; внутренние части монастырских помещений, главным образом архиерейские покои, чрезвычайно пострадали».
Митрополит Евлогий, участник Поместного собора 1917 г., выбравшего в Успенском соборе патриарха, вспоминал, что он увидел, выходя оттуда: «Когда мы вышли из собора, я удивился разрушению кремлевских церквей. Октябрьский штурм был беспощаден… Дыры на куполе Успенского собора, пробоины в стенах Чудова монастыря. Пули изрешетили стены собора Двенадцати Апостолов. Снаряды повредили соборы Благовещенский и Архангельский. Удручающая действительность… Веяние духа большевистской злобы и разрушения – вот что мы почувствовали, когда в высоком духовном подъеме вышли из Успенского собора… Полной радости не могло быть, только молитвенная сосредоточенность и надежда, что Патриарх, быть может, остановит гибельный процесс. По древнему обычаю после интронизации Патриарх должен торжественно объехать Кремль, благословляя народ. Эта процессия обставлялась когда-то с большой пышностью. Теперь патриарший объезд Кремля являл картину весьма скромную. Патриарх ехал на извозчике с двумя архимандритами по сторонам; впереди, тоже на извозчике, – „ставрофор“, т. е. крестоносец, иеродиакон с патриаршим крестом. Несметные толпы народа при приближении Патриарха Тихона опускались на колени. Красноармейцы снимали шапки. Патриарх благословлял народ».