Магнитский и его коллеги, оказывавшие фонду Hermitage Capital Management аудиторские и юридические услуги, выяснили, что те фирмы, печати и документы которых были у них изъяты, кем-то были перерегистрированы на новых собственников. Вот эти собственники и выступили затем в налоговых демаршах с требованием незаконного возврата НДС. Согласно данным сайта «Остановить неприкасаемых», с 2006 г. Степанова при содействии других сотрудников инспекции выплатила из бюджета различным фирмам 15,6 млрд. руб. под видом возврата налогов. По утверждению «Новой газеты», преступная схема, которую пытался разоблачить Магнитский, применялась не только в отношении компаний, принадлежавших фонду Hermitage Capital Management (См.: «Наказание за Магнитского». «Новая газета» № 45, 28.04.2010). Подлинных масштабов этой налоговой аферы Магнитский, конечно, не мог знать. Перед смертью в московском СИЗО Магнитский заявил следствию, что, проведя свое собственное расследование, он выяснил: у российского государства было похищено, по меньшей мере, 5,5 миллиарда долларов через возврат НДС при помощи печатей и реквизитов тех фирм, которые у Фонда Браудера изъяли силовики, а затем, по сути дела, похитили эти фирмы, перерегистрировав их на своих людей.
Деньги за НДС проходили через 25-ю и 28-ю Налоговую инспекцию, которую в то время возглавляла Ольга Степанова. Позже и она попала в пресловутый «список Магнитского». «В течение нескольких лет подобным образом уводились из бюджета десятки миллиардов рублей, - писала «Новая газета», - отнимался бизнес у российских предпринимателей, а сами они отправлялись в тюрьму по сфальсифицированным обвинениям. В этой схеме были задействованы многие офицеры МВД, сотрудники прокуратуры, налоговых органов, судьи, адвокаты».
Бывший коллега Магнитского Джемисон Файерстоун в интервью телеканалу «Дождь» заявил, что всего через 28 и 25 Налоговые инспекции было украдено 30 миллиардов рублей. В 2013 г. уже называли сумму вдвое большую - 60 млрд. рублей.
Скорее всего, расследование Магнитского так бы и заглохло само по себе - мало ли разоблачений на миллионы долларов утопили в своих столах коррумпированные чиновники и генералы МВД. Но Ольга Степанова, выплачивая миллиарды рублей под предлогом возмещения НДС, обслуживала слишком влиятельных людей. По версии Магнитского, Степанова только за один день одобрила незаконный возврат налогов из казны на сумму более 5 млрд. руб. В рамках этого дела Магнитский также заявлял о причастности к нему ряда сотрудников МВД. По версии же российских правоохранительных органов, 5,409 млрд. руб. из бюджета России похитил сам Сергей Магнитский вместе с еще пятью сообщниками, организовав незаконный возврат якобы излишне уплаченного налога на прибыль за 2006 год. Юристу было предъявлено обвинение по статье «Организация и пособничество в уклонении от уплаты налогов с организации группой лиц по предварительному сговору в особо крупном размере».
24 ноября 2008 года Магнитский был арестован по обвинению в помощи главе фонда Уильяму Брудеру в уклонении от уплаты налогов. Инициировал дело подполковник , , . , Firestone Duncan, . . 45 2005 2008 . 3 , . . $1 . , 2010 (ДЭБ) , .