El gobierno de Espartero cayó en julio de 1856, tras varios meses de revueltas obreras y campesinas provocadas por la carestía de la vida y el aumento del paro, que impulsó la incipiente organización del proletariado en movimientos de inspiración marxista y socialista. En estas revueltas, por cierto, y siguiendo las instrucciones del ministro de la Gobernación, el ya conocido del lector Patricio de la Escosura, jugó la Guardia Civil un papel controvertido, bien reprimiéndolas con dureza, como ocurrió con las huelgas de braceros extremeños y andaluces o la huelga general textil de Cataluña, bien absteniéndose, como ocurrió en las revueltas de Valladolid y Palencia, donde acabó incendiada la fábrica de Cuétara. Al final, Escosura, caído en desgracia, arrastró a Espartero, y la reina depositó toda su confianza en O'Donnell.
El giro al centro que prometía el nuevo jefe del gobierno provocó una nueva revolución de julio, la de 1856, protagonizada por la Milicia Nacional, leal hasta el fin a don Baldomero. En los disturbios se distinguió un belicoso oficial de milicias llamado Práxedes Mateo Sagasta, llamado a altas responsabilidades en el futuro. Pero O'Donnell controló enérgicamente la revuelta en Madrid, en esta ocasión valiéndose de unidades militares más que del ya fogueado 1er Tercio de la Guardia Civil. En cambio en provincias, donde la rebelión prendió con más fuerza, los beneméritos fueron decisivos. En Málaga, uno entre muchos ejemplos, el comandante del cuerpo José Villanueva concentró a sus hombres en el castillo de Gibralfaro y rindió a los milicianos amenazando con bombardear la ciudad desde la fortaleza. Extinguidos los motines, y harto de su tendencia a levantarse, O'Donnell desarmó y disolvió por completo la Milicia Nacional. Al frente de la Guardia Civil, reforzada tras la desaparición de su competidora, puso al teniente general Mac Crohon, tras cesar a Facundo Infante. Pero el mando de Mac Crohon sería breve, porque en octubre de 1856 cae O'Donnell como consecuencia de la llamada no sin sarcasmo «crisis del rigodón», escenificada durante un baile en palacio en el que la reina escogió como pareja no al presidente, sino a Narváez, que volvió a la jefatura del gobierno una vez más, nombrando para la inspección general de la Guardia Civil, de nuevo, a su viejo amigo el duque de Ahumada. Su primera medida fue derogar las reformas de vestuario de Infante, en lo que Aguado Sánchez califica como «equivocado inmovilismo».
En esta segunda y breve etapa al frente del cuerpo, el fundador hubo de hacer frente a una serie de motines republicanos, singularmente en Andalucía, y en especial en Jaén y Sevilla, donde olivareros alzados al grito de «¡Viva la república!» y otros elementos sediciosos son neutralizados por la Guardia Civil, que minimiza, gracias a la anticipación, las bajas propias y contrarias. Pero la represión que sigue es contundente, con al menos siete ejecuciones documentadas.
Narváez dimite en octubre de 1857, al negarse a ascender directamente a coronel al teniente Puig Moltó (dedúzcanse cuáles eran los méritos del oficial en la estimación regia). En la presidencia se suceden en apenas tres meses Armero e Istúriz, débiles jefes de gabinete que mantendrán a Ahumada al frente de la Guardia Civil. La vuelta al poder de O'Donnell, en 1858, supondrá su relevo definitivo, para pasar a desempeñar el cargo de comandante general del Real Cuerpo de Alabarderos, donde permanecerá hasta su retiro. Lo sustituye al frente de la Benemérita el teniente general Isidoro de Hoyos, vizconde de Manzanera y marqués de Zornoza, que accede al cargo el 2 de julio de 1858. Bajo la dirección de este curtido militar, distinguido en la guerra de la Independencia, destacado antiabsolutista purgado por Fernando Vil y varias veces ascendido y condecorado en la primera guerra carlista, se iba a producir una importante reorganización y consolidación del cuerpo, aprovechando lo que será el periodo de mayor estabilidad de esta segunda mitad del reinado isabelino: el (relativamente) largo gobierno de O'Donnell y su Unión Liberal, en la que reunió a ex moderados y ex progresistas para tratar de superar la dinámica de golpes y contragolpes que había marcado la década precedente.
Entre otras importantes aportaciones, se debe a Isidoro de Hoyos la creación de la llamada Guardia Civil Veterana, con la que se trató de dotar a la villa y corte de un cuerpo de seguridad específico y permanente, vistas las especiales necesidades que tenía la capital.
Con esta unidad, formada por veteranos del cuerpo, se buscaba tener a disposición en la ciudad de Madrid a un contingente bien preparado que evitara en el futuro las concentraciones que en momentos de revueltas dejaban sin vigilancia la provincia. De esta Guardia Veterana saldría a partir de 1864 el Tercio de Madrid, un nuevo tercio común del cuerpo, dotado con personal de nuevo ingreso. También acometió Hoyos la reorganización del Colegio de Guardias Jóvenes de Valdemoro, fundado tiempo atrás y dotado de un primer reglamento orgánico por el general Infante en 1856. Con este nuevo impulso, la antigua y modesta Compañía-Colegio se convertiría en el productivo vivero de nuevos guardias, hijos a su vez de miembros del cuerpo, que tanto aportaría a las filas beneméritas. Por último, Hoyos llevó a cabo un considerable aumento de la plantilla, que en 1862 superaría los 13.000 hombres.
El poder de O'Donnell tuvo también su proyección fuera de las fronteras del reino, en la aventura de la llamada Guerra de África, el choque con el sultán de Marruecos por unos incidentes fronterizos en la zona de Ceuta, que llevó a la toma de la ciudad de Tetuán en 1860 y su posterior canje por una sustancial ampliación de los límites de Ceuta y Melilla, a partir del angosto perímetro de las plazas originarias. En esa guerra se distinguiría por su arrojo o temeridad, según se mire, el general Prim, que ganó el título de marqués de los Castillejos por su intervención en la batalla del mismo nombre. También tuvo su actuación destacada la Guardia Civil, que agregó una unidad a la fuerza expedicionaria, y dentro de ella, el teniente Teodoro Camino, de quien dejó escrito Pedro Antonio de Alarcón que en la batalla de Uad-Ras llegó a cargar una docena de veces al frente de sus guardias contra los jinetes marroquíes, lo que según el cronista lo convirtió el oficial que más enemigos había matado por su mano en la guerra. Otros servicios de más amable memoria los prestaron los guardias en la protección de los prisioneros marroquíes, o manteniendo la seguridad en las calles de Tetuán tras la conquista de la ciudad por los españoles.
Tras la borrachera de gloria que supuso la victoria africana, el gobierno de la Unión Liberal se deslizó hacia su declive. Un primer aviso fue la revuelta republicana de 1861. Al fin, O'Donnell dimite en febrero de 1863 y es reemplazado por el marqués de Miraflores, de tendencia moderada, que precipita la descomposición de la Unión Liberal y empuja hacia la conspiración a los descontentos progresistas. Como ministro de la Gobernación nombra a Rodríguez Baamonde, que no tarda en entrar en conflicto con el ahora denominado director general de la Guardia Civil, Isidoro de Hoyos, al negarse este a exhortar a los guardias a que «aconsejen» a los electores el voto por los candidatos gubernamentales en las elecciones de noviembre de 1863. En ese mes se pone al frente del cuerpo el teniente general Quesada Matheus, marqués de Miravalles, de tendencia netamente moderada, veterano de la guerra carlista y de la expedición marroquí. Fue un jefe breve (apenas 10 meses) pero que sin embargo llegó a una gran compenetración con los guardias, a los que visitaba en los puestos más apartados, y se declaró en plena sintonía con su espíritu de neutralidad política y respeto escrupuloso de los reglamentos. Al revés que sus antecesores, adoptó para sí el uniforme del cuerpo, y agradeció el derecho a seguirlo vistiendo que se le concedió después de cesar en el cargo.