Había, en efecto, una escasa guarnición militar para hacer frente al movimiento insurreccional que, dirigido por el Katipunan, sociedad secreta cuyo nombre en tagalo significa asamblea de nobles o ancianos, encontró en Emilio Aguinaldo a su más significado dirigente. El gran problema de las fuerzas españolas para doblegar la revuelta lo constituyó el hecho de que la mayoría estaban formadas por unidades indígenas, cuyos miembros se pasaban con armas y bagajes a los rebeldes al primer enfrentamiento. De esta tendencia no estuvieron exentos los tercios ordinarios de la Guardia Civil, en muchos de cuyos puestos los guardias se unieron al enemigo tras asesinar a sus oficiales españoles, pero sí el de la Veterana de Manila. Gracias a ella no cayó la capital en el verano de 1896, aunque Aguinaldo se apoderó del grueso de su provincia. La lealtad de la Veterana fue también decisiva para que el general Polavieja, que dirigió la lucha contra los independentistas a partir de 1897, con el refuerzo de quince mil soldados peninsulares, lograra con una exitosa ofensiva desalojar a los insurgentes del terreno que habían ganado, reconquistando localidades como Silang, donde hallaron escondida a la viuda del teniente Briceño, jefe local de la Guardia Civil, muerto a manos de sus hombres. Hubo sin embargo un acto desgraciado e inútil bajo el mando de Polavieja: la ejecución en el parque Luneta del médico mestizo José Rizal, representante moderado de la causa filipina y partidario de una autonomía del archipiélago bajo soberanía española. Su absurda muerte, que lo elevó a la condición de mártir de la independencia de un país cuyos habitantes hoy no pueden paladear sus textos (porque la mayoría de ellos no entiende el limpio castellano en que escribiera sus novelas Noli me tangere o El filibusterismo), selló la ruptura de Filipinas con España.
De poco sirvió que el general Fernando Primo de Rivera, marqués de Estella por su brillante acción de conquista del feudo carlista, y padre del futuro dictador, lograra tras reemplazar a un enfermo Polavieja acabar con Aguinaldo. Lo hizo por la vía del soborno y el exilio en Hong Kong, que el líder rebelde aceptó por la comprometida situación en que lo había puesto el acoso de las tropas leales a España. De que la compra de Aguinaldo resultara inútil se encargó la escuadra norteamericana del almirante Dewey, que fondeada en Hong Kong respaldó la constitución de la «República Centralizada de Filipinas», con el propio Aguinaldo como líder, y el 1 de mayo de 1898 redujo a pavesas en la bahía de Cavite la vieja escuadra de barcos de madera del almirante Montojo. Tras el enésimo desastre para añadir a la larga lista de desgracias de la Armada española, los tagalos, envalentonados por el amparo yanqui, se lanzaron contra la capital. La Veterana los combatió durante mes y medio, hasta que ya no pudo contener más a los asaltantes. El 13 de junio de 1898 se firmaba la capitulación. La Guardia Civil indígena fue disuelta, los soldados españoles repatriados. La aventura de España en Filipinas llegaba así a su fin.
Entre tanto, a miles de kilómetros de allí, en las Antillas, las fuerzas españolas, incluidas las de la Guardia Civil, pasaban por apuros no menores. En cuanto a la Benemérita, interesa anotar que había trabajado duramente para reducir el bandolerismo, tan pujante en la isla como en la metrópoli, lo que le había granjeado las simpatías de los propietarios, que contribuían a su financiación. Eran los guardias civiles de Cuba expertos conocedores del terreno y, cuando se generalizó la insurrección, se convirtieron en tropas tan valiosas como lo habían sido en las guerras carlistas, funcionando de manera análoga, encuadradas en las unidades del ejército, aparte de defender sus puestos desplegados sobre el territorio, con heroísmo a menudo memorable.
Los rebeldes mambises, profusamente financiados y armados por los norteamericanos, dieron la primera señal de su poderío a comienzos de 1895 en Baire, cuando 2.000 independentistas atacaron a las fuerzas españolas, poniéndolas en fuga. Por aquel entonces en la isla, aparte de las fuerzas de la Guardia Civil, había una guarnición de 14.000 soldados. Pronto ese contingente se eleva a 40.000. El 15 de abril desembarca en Cuba José Martí, que el 5 de mayo es nombrado jefe supremo de la revuelta, con Máximo Gómez como comandante en jefe y Antonio Maceo como comandante general de Oriente. Los mambises, con gran apoyo en la población y perfecto conocimiento del terreno, comenzaron a infligir reveses a las tropas españolas. Los puestos de la Guardia Civil son sitiados una y otra vez. El del poblado de Provincial resistió durante doce horas a más de cuatrocientos mambises. El de Dolores, sitiado por el cabecilla José María Rojas Falero y 300 hombres, y mandado accidentalmente por el guardia de segunda clase Cándido Santa Eulalia, se negó a rendirse, aunque el independentista, por medio de un mensaje escrito, le había ofrecido, aparte de salvar su vida, el ascenso a sargento primero si deponía las armas y se les unía. La respuesta, que se hizo célebre, no tiene desperdicio, y permite saber un poco mejor quiénes eran aquellos humildes y dignos guardias:
Señor Don José María Falero. Muy Señor mío: Enterado de su atenta carta, debo manifestar que yo soy muy español y sobre todo pertenezco a la Benemérita Guardia Civil y que habiéndome mis dignos jefes honrado con el mando de este destacamento, primero prefiero mil veces la muerte que yo serle traidor a mi patria y olvidar el juramento de fidelidad que presté a la gloriosa bandera española, en cuya defensa derramaré mi última gota de sangre antes de cometer la vileza de entregarme con vida a los enemigos de España y de mi Rey. El ascenso que me proponen para nada lo necesito pues estoy orgulloso de vestir el uniforme de la Guardia Civil y soldado y mi mayor gloria sería morir con él. Mis jefes saben premiar a los que saben defender su honra, y así es, que reunido aquí con todos mis dignos compañeros, rechazamos con energía todas vuestras predicaciones y amenazas, y estrechados como buenos hermanos y como defensores de este pedazo de terreno gritamos pero muy alto, para que ustedes lo oigan: ¡Viva España! ¡Viva nuestro Rey! ¡Viva la Guardia Civil! Aquí estamos dispuestos a morir, vengan cuando gusten a tomar el pueblo, para que lleven su merecido. Dolores, 27 de octubre. El guardia de segunda, Cándido Santa Eulalia.
Impresionado, Falero escribió un nuevo mensaje anunciando que dejaba por ese día «de cumplir su deber» y haría desistir a sus jefes de tomar el pueblo, porque era infame acabar con la vida de unos héroes. Y al guardia, pese a ser «enemigos por las ideas» le ofrecía que «en lo tocante a la personalidad» lo considerara «su amigo y servidor».
Pero ni el heroísmo de los guardias, ni la muerte prematura de José Martí, ni el inmenso despliegue militar que en años sucesivos hizo España en la isla, y que culminaría con los 200.000 hombres que llegaría a tener bajo sus órdenes Valeriano Weyler (el general que recibió el encargo de liquidar la insurrección tras el fracaso de Martínez Campos), fueron suficientes para conservar la colonia. Los guardias se dejaron la piel en el campo, Weyler reprimió con energía a los conspiradores independentistas y se empeñó en aislar Maceo, erigido en comandante militar de los mambises, con su espectacular sistema de trochas (franjas de terreno desbrozado, fuertemente vigiladas y defendidas, que atravesaban la isla de Sur a Norte para impedí los movimientos del enemigo). Finalmente el general logró acabar con Maceo, sorprendido y muerto el 7 de diciembre por el comandante Cirujeda, pero no pudo extinguir la resistencia de Máximo Gómez, pese a rodearlo con 40 batallones, en los que las enfermedades tropicales causa ron más de 30.000 bajas. El 1 de enero de 1897, el heroico puesto de Dolores volvía a recibir la conminación a rendirse. Esta vez se le anunciaba que los rebeldes habían emplazado una pieza del 12 y tenían 500 hombres prestos al asalto. El guardia Badal, que mandaba el puesto y estaba en la cama con fiebres, no respondió: aprestó a sus nueve hombres (tres de ellos también enfermos) a la defensa. Aguantaron quince cañonazos y nutrido fuego de fusil antes de retirarse, conservando el armamento y poniéndose a salvo en el destacamento más cercano. A Badal se le concedió por el hecho la cruz de San Fernando de primera clase.