В Ялуторовске Александр Балакшин совместно с политическими ссыльными вел революционную пропаганду среди рабочих Падунского завода. В этот же период он активно переписывался с поляками, сосланными в Омск. В 1863 и 1864 гг. А. Н. Балакшин дважды бежал из ссылки, но оба раза был задержан и посажен в тюрьму[2 Дело об аресте в Пермской губернии Крупского и Балакшина., имевших сообщение с политическими преступниками //ГА Омск. обл. Ф. № 3. Оп. № 13. Д. 18448. № 1064; Донесение генерал-губернатору Западной Сибири о поимке политических ссыльных Крупского и Балакшина // Там же.].
По окончании ссылки А. Н. Балакшин работал на частных предприятиях Ишима и Петропавловска (Акмолинск) (на казенную работу политических ссыльных не принимали). В 1872т. он переехал в Курганский уезд Тобольской губернии, где совместно с друзьями основал в деревне Логовушке паточный завод, опытное поле (на арендованной земле) и метеорологическую станцию. Вскоре он создает отделение Московского общества сельского хозяйства и становится его председателем.
Как честный человек А. Н. Балакшин не мог мириться с тем, что экспортеры сибирского масла, частные владельцы маслодельных заводов и торговцы, грабят и разоряют сибирских крестьян. В январе 1902 г. он подал в Министерство земледелия и государственных имуществ докладную записку с просьбой выделить необходимые денежные субсидии для развития в Сибири кооперативного маслоделия. Средства были отпущены, и А. Н. Балакшин был назначен руководителем организации по устройству кооперативных маслоделен.
Начинать работать А. Н. Балакшину было тяжело. Мешали иностранные фирмы и частные торговцы; правительственные чиновники и полицейские чины обвиняли его в противоправительственной деятельности. Правда, А. Н. Балакшин продолжал подпольную революционную работу и находился под постоянным наблюдением полиции [3 Переписка полиции по поводу революционной деятельности Балакшина / Архив Балакшиных.], которая неоднократно производила обыски как у него в доме, так и в квартирах его сыновей [4 Протоколы об обысках у А. Н. Балакшина и его сыновей в марте 1906 г. // Там же.].
И все же кооперативное маслоделие в Сибири благодаря неустанной деятельности А. Н. Балакшина развивалось успешно. В 1902—1907 гг. было организовано 273 маслодельных артелей, выпускавших первоклассную продукцию. В 1907 г., когда правительственные субсидии кончились, А. Н. Балакшин предложил объединить все организованные к тому времени артели в Курганский союз маслодельных артелей, реорганизованный позже в Сибирский союз маслодельных артелей. Вскоре этот союз, бессменным председателем которого был А. Н. Балакшин, стал одной из мощных кооперативных организаций не только в России, но во всем мире. В него входило до 2015 артелей с 600 тыс. хозяйств и с 3 млн голов скота.
Сибирский союз маслодельных артелей осуществлял производство, сбыт и экспорт большого количества сибирского масла, которое высоко ценилось как на внутреннем, так особенно на мировом рынке. Экспорт сибирского масла к 1917 г. достиг 2,4 млн пудов в год [73, с. 39]. В результате такого значительного экспорта государство получало больше золота, чем давали его все золотые прииски нашей страны вместе взятые.
Семья А. Н. Балакшина.
Слева—направо: Александр Николаевич, Сергей, Андрей и Елизавета Михайловна, 1882 г.
Однако экспорт масла за границу осложнялся для союза необходимостью реализовывать масло через иностранные фирмы, что наносило значительный ущерб артелям — производителям масла. Поэтому в 1913 г. по инициативе А. Н. Балакшина в Лондоне был организован Союз сибирских кооперативных товариществ «Юнион», основными членами которого стали Союз сибирских маслодельных артелей и английская фирма Лонсдейль. Председателем «Юниона» избрали А. Н. Балакшина. А вскоре «Юнион» уже развернул большую и плодотворную работу во многих странах мира.
В 1916 г., удалившись от дел, Александр Николаевич писал: «Я был только скромным сеятелем, и мне уже не дожить до того светлого дня, когда могучее кооперативное движение объединит все сельское население Сибири и перестроит всю деревенскую жизнь на новых началах. Я твердо верю в скорое наступление этого дня и вперед его благословляю». А. Н. Балакшин скончался в 1921 г. в возрасте 77 лет и был похоронен на Хайгейтском кладбище в Лондоне.