Военный приемщик, оказавшись человеком нечестным, намекнул, что при известной договоренности может принять забракованные мины. Однако С. А. Балакшин категорически отклонил предложение приемщика. Он считал, что лучше потерять деньги, но сберечь честь и, главное не подвергнуть лишней опасности жизни солдат, сражающихся на фронте. Позднее выяснилось, что завод в браке не виноват. Ошибки имелись уже в самой конструкции мин, разработанной военным ведомством.
По мнению С. А. Балакшина, лучшим отдыхом являлась перемена характера работы. Поэтому "чисто свободного времени" у него было мало. Но и его ученый посвящал изучению языков, игре на скрипке, прогулкам на природе. Он любил жизнь во всех ее проявлениях и интересовался политикой, литературой и особенно новостями в технике. С. А. Балакшин с удовольствием слушал народные песни и классические оперы.
Здесь уместно сказать несколько слов о семье С. А. Балакшина. Его жена, друг и помощник Елена Андреевна Балакшина (урожденная Ванюкова, 1877— 1932) окончила Пермскую женскую гимназию, много работала, занималась самообразованием. Она изучила немецкий язык, знание которого усовершенствовала, живя с мужем в Германии. Будучи умной, доброй женщиной, она всегда поддерживала мужа и своим мягким характером сглаживала его некоторую вспыльчивость. Ф. Р. Вотяков, ученик и помощник Балакшиных, в своих воспоминаниях писал: "Особенно душевная женщина была Елена Андреевна, я никогда за 18 лет не слыхал от нее слова упрека, а также никогда она не бранилась. Всегда была спокойна. Бывало Сергей Александрович разволнуется чем-либо, а она его успокаивала, обращаясь к нему на немецком языке"[2 Архив Балакшиных.]. Елена Андреевна помогала Сергею Александровичу во всех его начинаниях. Наиболее сильно он почуствовал это в последние годы их совместной жизни, когда она занималась систематизацией, литературной обработкой, корректированием и размножением работ ученого, окружив его при этом заботой и вниманием. А главное, советы, которые она давала ему, всегда были чрезвычайно дельными и своевременными. Человек высокой культуры, чуткая, доброжелательная, мягкая, отзывчивая Е. А. Балакшина пользовалась всеобщим уважением и любовью. Она и муж вырастили четырех детей, воспитали их, дав всем высшее образование и сделав их полезными гражданами нашей страны. Е. А. Балакшина умерла в возрасте 55 лет от сердечного приступа.
Дети Балакшиных продолжали семейные традиции — работали творчески и добросовестно.
Один из сыновей, Борис, — инженер-механик, активный участник создания советской станкостроительной промышленности. Он — профессор, доктор технических наук, заслуженный деятель науки и техники РСФСР, почетный доктор-инженер Дрезденского политехнического университета, лауреат Ленинской премии 1972 г. Другой сын, Александр, — радиоинженер, автор ряда прогрессивных радиоприборов, внесший большой вклад в дело внедрения радиотехники в кинопромышленность, за конструкцию радиоприемника "Волна" награжден золотой медалью на Всемирной выставке в Брюсселе в 1958 г.
Дочь Евгения — архитектор, доцент. Она участвовала в проектировании ведущих строек первых пятилеток на Урале (Уралмаш, Магнитка) и ряда объектов в Москве — Фрунзенской набережной, Комсомольского проспекта, стадиона им. В. И. Ленина в Лужниках и др. Вторая дочь, Маргарита, — врач, кандидат медицинских наук. Успешно работала в медицинских учреждениях Новосибирска, Томска и Москвы.
В доме Балакшиных часто устраивались семейные концерты. При этом Сергей Александрович играл на скрипке, а Елена Андреевна аккомпанировала ему на фортепьяно. В таких концертах обычно принимали участие и остальные члены семьи. В театр и кино Балакшины ходили редко: Елена Андреевна страдала сердечным заболеванием и не выносила "духоты зрелищных помещений". Редко они ходили и в гости, в основном бывали у родственников. Зато к Балакшиным гости заходили часто. В основном это были артисты местной оперы и оперетты, профессора томских вузов, студенты — друзья детей Балакшиных. Вечера проходили интересно и весело. Вино и пиво к столу не подавались (С. А. Балакшин никогда не употреблял спиртные напитки). Основным угощением были домашние блюда, мастерски приготовленные искусной кулинаркой, какой была Елена Андреевна.