Пансион этот считался тогда лучшим в Москве и вполне оправдывал свою репутацию прекрасной постановкой преподавания, чего Эннес достигал умелой вербовкой учителей среди молодых кандидатов, только что кончивших курс в Московском университете. Достаточно сказать, что во время пребывания Боткина в пансионе преподавателями в нем были такие талантливые учителя, как известный собиратель древнерусских преданий и народных сказок А. Н. Афанасьев, дававший уроки русского языка и русской истории, не менее известный впоследствии профессор политической экономии И. К. Бабст, занимавшийся в пансионе уроками всеобщей истории, а математику преподавал Ю. К. Давидов, занявший вскоре кафедру математики в Московском университете. В описываемое время все это были молодые люди, не заеденные рутиной, с юношескою горячностью относившиеся к преподаванию, а потому легко зажигавшие страсть к своим предметам в сердцах тех учеников, в которых таилась искра Божия. Преподавание языков тоже велось такими опытными учеными лингвистами, какими были Клин, Фелькель и Шор, состоявшие одновременно лекторами иностранных языков и в университете. Боткин много обязан пансиону своим прекрасным знанием языков: так, между прочим, не сделавшись «классиком» теперешней формации, он за три года своего пансионского образования усвоил латинский язык настолько хорошо, что мог отлично отвечать тогдашним требованиям к поступающим в университет. Но не одним знанием языков обязан он этой школе; здесь все способствовало тому, чтобы страсть его к сознательному ученью не остыла, а пустила, напротив, новые и здоровые корни и его природные дарования развернулись бы без всяких помех в полной своей силе. Сам он в эту пору своего возраста был коренастым мальчиком с совершенно льняными волосами и отличался большой физической силой, за что пользовался особенным почетом среди товарищей; единственным его недостатком было слабое зрение, слабое до того, что он, читая, должен был держать книгу у самого носа, на расстоянии двух-трех дюймов от глаз, и очень рано должен был прибегнуть к очкам; в 60-х годах, когда наука открыла неправильную кривизну роговой оболочки глаз как одну из причин врожденной слабости зрения, оказалось, что Боткин страдал именно этой аномалией. Несмотря на такой тяжелый недостаток, он был чрезвычайно прилежен и считался одним из лучших учеников; в воспитательном же отношении пансион не мог оказывать на него значительного влияния, так как Боткин не жил в нем, а приходил только на классные уроки, но для воспитания его трудно было и желать более подходящей и счастливой обстановки, чем та, какую ему давала домашняя жизнь, всегда деятельная, трудолюбивая и поощрявшая к умственным занятиям.
Из уроков его больше всего привлекала математика, которая в прекрасном изложении Давидова наиболее соответствовала логическому складу его ума, искавшего уже и тогда в приобретаемых знаниях наибольшей точности и ясности, и любимой его мечтой было посвятить всю жизнь свою занятиям этой наукой. Но судьба решила за него иначе, и когда после трехлетнего пребывания в пансионе Боткин приготовился держать вступительный экзамен в университет, то уже вошло в силу известное постановление императора Николая, имевшее в виду ограничить до минимума число лиц с высшим образованием и по которому в университете был открыт свободный доступ лишь на медицинский факультет, на прочие же факультеты разрешалось принимать только лучших воспитанников казенных гимназий… Вследствие такого ограничения произошло много горьких юношеских разочарований и сломанных, сбитых с пути существований, но относительно Боткина следует только радоваться, что его постигло это «провиденциальное» искажение предположенной им для себя ученой будущности и что он сделался врачом поневоле, médecin malgré lui; нет сомнения, что и в математике он прославил бы свое имя и обогатил бы его своею яркой даровитостью, но еще более несомненно то, что в области кабинетной науки он не встретил бы возможности развернуть те гуманные и многообразные практические стороны своего характера, которыми так щедро наградила его природа и которые во врачебной деятельности более чем в какой-либо другой находят самое обширное, повседневное приложение.
Боткин попал в студенты в августе 1850 года, а сдавать выпускные экзамены начал в марте 1855-го, то есть несколько дней спустя после кончины императора Николая. Попечителем Московского университета в эту эпоху был генерал В. И. Назимов, помощником его – В. Н. Муравьев; но с этими двумя административными лицами студенты имели мало соприкосновения; ближайшим же их начальником был инспектор. Почти во время студенчества Боткина место это занимал И. А. Шпейер, бывший морской офицер; он сменил столь памятного в легендах Московского университета П. С. Нахимова, оригинального, но весьма доброго человека, об отеческих отношениях которого к учащейся молодежи долго сохранялась самая теплая и благодарная память среди студентов, особенно казенных, живших в самом здании университета и находившихся поэтому в более тесном общении с инспекцией. Шпейер был назначен, чтобы подтянуть студентов, и весь отдался этой задаче; при нем сугубо внешняя формалистика господствовала во всех мелочах и малейшее нарушение ее каралось весьма строго: так, преследовались длинные волосы, плохо выбритый подбородок, а одним из самых тяжких преступлений считалось выйти на улицу не в треугольной шляпе, а в студенческой фуражке, ношение которой в черте города было строжайше запрещено. Между прочим, и Боткину в первый месяц его студенчества пришлось испытать на себе тяжесть дисциплины Шпейера и, столкнувшись с ним во дворе университета, отсидеть целые сутки в карцере за незастегнутые крючки у вицмундирного воротника. Все проступки студентов того времени ограничивались таким несоблюдением внешней формы да нарушением общественного благочиния: курением на улице, появлением в публичном месте в пьяном виде и т. п. Студенты-медики, составлявшие более двух третей числа всех студентов, только в меньшинстве занимались прилежно своим делом, большинство же целый день проводили в трактирах за бильярдной игрой и тратили свой юношеский пыл на безобразные попойки, бывшие тогда в несравненно большем распространении между ними, чем нынче; особенно славились своими кутежами казенные студенты, которые, живя вместе в общежитии, составляли более компактную массу и легче поддавались стихийному увлечению; следствием этих вспышек нередко случались скандальные истории и столкновения или с университетской инспекцией, или с полицией, которые заканчивались высидкой в карцере, а иногда и исключением из университета. Политических брожений среди молодежи в описываемые годы не было никаких. Напомним, в литературе тогда только что стали появляться произведения Тургенева, Гончарова, Григоровича, Дружинина и других писателей зарождавшегося блестящего периода русской словесности, что в Москве 40 лет назад не было даже ежедневной политической газеты, а только три раза в неделю выходили «Московские ведомости». Общения с Западом не существовало почти вовсе, ни прямого, потому что путешествия по Европе были обставлены большими затруднениями, ни при посредстве западной литературы, ибо и те немногие иностранные книги, которые пропускались цензурой, недоступны были студентам частью из-за своей стоимости, частью из-за плохого знания большинством чужих языков; переводная же литература находилась в самом зачаточном виде. Понятно поэтому, что политический и общественный горизонт так называемой «образованной» молодежи был очень ограничен.
Студент Боткин был истинное дитя воспитывавшей его эпохи и, несмотря на то, что в пору своего студенчества находился в гораздо более счастливых условиях, чем его товарищи, вращаясь в кругу брата Василия, Грановского и других первых представителей тогдашней литературы и прогресса, мог служить поразительным примером полного равнодушия и безучастия ко всему, что не касалось его семейного и личного существования и не имело прямой связи с его медицинскими занятиями. Но зато этим последним он отдался со всей страстью своей даровитой натуры и вскоре сделался на своем курсе лучшим студентом, счастливо соединяя в себе блестящие способности с замечательным трудолюбием и необыкновенной жаждой знания. Нельзя сказать, чтобы медицинский факультет университета стоял тогда на такой высоте, чтобы вполне удовлетворять запросам юноши и научным требованиям своей эпохи; однако благодаря тому обстоятельству, что в числе профессоров находилось несколько талантливых и преданных науке преподавателей, Боткин обязан университету тем, что он взрастил и укрепил в нем любовь к медицине и помог заложить в себе такой прочный фундамент элементарных занятий, который дал ему возможность впоследствии самообучаться и развиваться дальше. Сам Боткин в речи, произнесенной в обществе русских врачей по поводу 25-летия профессорской деятельности профессора Вирхова и напечатанной в № 31 «Еженедельной клинической газеты» за 1881 год, дал следующую оценку преподавания медицины в Московском университете его времени: «Учившись в… университете с 1850-го по 1855-й год, я был свидетелем тогдашнего направления целой медицинской школы. Большая часть наших профессоров училась в Германии и более или менее талантливо передавала нам приобретенное ими знание; мы прилежно их слушали и по окончании курса считали себя готовыми врачами с готовыми ответами на каждый вопрос, представляющийся в практической жизни. Нет сомнения, что при таком направлении мыслей среди оканчивающих курс трудно было ждать будущих исследователей. Будущность наша уничтожалась нашей школой, которая, преподнося нам знание в форме катехизисных истин, не возбуждала в нас той пытливости, которая обусловливает дальнейшее развитие».