В дальнейшем отношения бывшего дипломанта и его лабораторного руководителя перешли в большую взаимную дружбу двух ученых.
В период войны России с Японией Мокиевский, по словам Сергея Васильевича, остро ощущал гнилость самодержавия, хотя и не умел дать событиям научную, классовую оценку — не менее, чем бескрылость и неопределенность устремлений кругов либерально настроенной интеллигенции, в которых он вращался. Как патриота, неудачи России в войне его очень угнетали.
В декабре 1904 года в бытность Сергея Васильевича на военной службе Мокиевский писал ему:
«Сейчас опять было запутался в общественных делах, но думаю, вернее надеюсь, что их брошу. Быть самим собою очень трудно и малопродуктивно, скорей даже продуктивность отрицательна; чтобы дать что-либо положительное, надо человека посильнее меня: подыграть же обществу или преобладающему настроению не в моем характере. Отношения, мне сдается, очень у нас запутаны. Разобраться в направлениях и деятельности очень трудно: не разберешь, где искренность, где тот или иной карьеризм, где подосланность, может быть, заблуждения, даже провокация. Мне случилось столкнуться с несколькими легальными, утвержденными рабочими организациями в смысле устройства лекций, и не всюду разобрался, можно ли принять участие. А всюду посредниками препочтенные люди. То же в интеллигентных кружках».
Всей душой отдаваясь общественной деятельности и усматривая в ней свое призвание, Владимир Андреевич Мокиевский так и не нашел своего места в революционном движении, и, видимо, это побудило его покончить жизнь самоубийством 20 февраля 1905 года.
Сергей Васильевич всегда с большой теплотой вспоминал о руководителе первых своих шагов в области экспериментальной химии. Близко сойдясь с ним, он сумел разглядеть за внешней личиной угрюмости, за его молчаливостью и нелюдимостью удивительно мягкого и отзывчивого человека.
В первые годы пребывания в университете у Сергея Васильевича не раз возникало намерение перейти учиться в Технологический институт, и он даже подал заявление о направлении туда его документов, но этот перевод так и не состоялся.
Бедность документальных данных не позволила выяснить ни мотивы, породившие стремление Сергея Васильевича перейти учиться в Технологический институт, ни причины неудачи этого намерения. Был ли он неудовлетворен профилем естественного отделения физико-математического факультета университета, перегруженного предметами, относящимися к биологии и физиологии, сказалось ли здесь тяготение Сергея Васильевича к техническим наукам, или тяжелое материальное его положение — судить трудно.
Наиболее вероятной представляется последняя причина. Первый год пребывания в университете Сергей Васильевич не получал стипендии и не был освобожден от платы за обучение. Вопрос об этом он поставил только в мае 1896 года, что совпало с мыслью поступить в Технологический институт.
Петербургский градоначальник 28 мая 1896 года сообщил ректору Петербургского университета в ответ на запрос студента следующие сведения о С. В. Лебедеве: «Проживающий Литейной части, 3-го участка, в доме № 34, кв. 16, по Литейному пр. студент университета Сергей Лебедев обратился ко мне с просьбой о выдаче ему свидетельства о бедности на предмет получения стипендии из означенного университета. Из собранных вследствие сего и представленных полицией сведений видно, что проситель 21 года от роду, поведения хорошего, состояния бедного, имуществом не располагает, содержания от казны не получает, имеет брата Владимира 24 лет — служащего в Варшавском военном округе с жалованием 40 руб. в месяц, сестру 23 лет и мать вдову врача, проживающую в городе Варшава, проситель помощи от родных не получает, существует уроками».
Этот документ не только указывает на тяжесть материального положения, в каком действительно находился С. В. Лебедев в первый год своего пребывания в университете. Он интересен и для характеристики тех порядков, какие были установлены в то время для получения стипендии в высшем учебном заведении. Полиция была непременным участником этого тягостного и унизительного процесса.
В последующие годы Сергей Васильевич уже без его просьбы освобождался от платы за лекции, и на последующих курсах ему была назначена стипендия.
Когда Сергей Васильевич учился в университете, среди химиков продолжалась еще деятельность студенческого семинария, называемого «Малым химическим обществом». По уставу Русского физико-хими-ческого общества, существовавшего при Петербургском университете и сыгравшего большую роль в развитии химии в России, в число его членов не могли быть приняты студенты высших учебных заведений. По инициативе студента В. А. Яковлева, ученика Д. П. Коновалова, для студентов был организован химический семинарий, в работе которого принимали участие также молодые преподаватели университета. В работе семинария участвовало свыше 100 человек. С. В. Лебедев вступил в члены семинария 25 сентября 1897 года, будучи студентом третьего курса, и в этом же году был избран на почетную должность казначея. В работе Малого химического общества в эти годы активное участие принимали В. А. Мокиевский, Ж. П. Иоцич, Б. Н. Меншуткин (впоследствии видный химик и историк науки), Ю. С. Залькинд, С. А. Толкачев, будущий академик Д. С. Рождественский и другие.