Однако женитьба не изменила характер Ивана Васильевича. Он по-прежнему продолжал свою распутную жизнь. Меж тем всеми делами в державе заправляли Глинские. Повсюду сидели их наместники, везде происходили насилия и грабежи. О правосудии не могло быть и речи.
Сам царь не любил, чтобы его беспокоили жалобами. Когда к нему прибыли семьдесят псковских людей с просьбой наказать их наместника князя Турунтая-Пронского, сторонника Глинских, Иван до того разозлился, что приказал раздеть псковичей, положить на землю, поливать горячим вином и палить им свечами волосы и бороды. Только случай спас просителей от дальнейших истязаний.
Воспитанный с младенчества «божьими людьми», Иван Грозный был очень суеверным. Во время экзекуции пришла неожиданная весть, что в Москве, когда начали звонить к вечерней службе, упал колокол. Падение колокола на Руси считалось предвестием общественного бедствия. Несчастье не прошло стороной и на этот раз. 21 июня в церкви Воздвижения на Арбате вспыхнул пожар, с чрезвычайной быстротой распространившийся по деревянным городским строениям. В то же время свирепствовала буря, которая понесла пламя на Кремль. Загорелся верх соборной церкви, а затем занялись деревянные кровли на царских палатах. В жутком пожарище огнем были уничтожены оружейная палата, постельная палата с домашней казной, царская конюшня и разрядные избы, где велось делопроизводство. Пострадала и придворная церковь Благовещения. Сгорели монастыри и многие дворы в Кремле. Пожар усилился, когда пламя добралось до пороха, хранившегося на стенах Кремля. Произошли взрывы. Огонь распространился по Китай-городу, который сгорел практически полностью. Пожар охватил огромную площадь вплоть до Воронцовского сада на Яузе. В общей сложности погибло тысяча семьсот взрослых горожан и несчетное количество детей.
Неслыханное бедствие коснулось всего населения Москвы. Но это были не только человеческие, материальные или культурные потери. Пожар 1547 года явился сигналом к перемене общественной жизни. От него начинается исчисление второго периода правления Ивана Грозного.
Поначалу взбалмошный юный государь не придал особого значения случившемуся. Его мало заботили проблемы подданных. В первую очередь высочайшая милость коснулась восстановления пострадавших церквей и палат в царском дворе. Но противоборствующие политические силы не преминули воспользоваться всенародной трагедией, чтобы извлечь из нее личные выгоды.
В то время всякие общественные бедствия приписывались лихим людям или колдовству. Разнеслась молва о том, что лихие люди вражьим наветом вынимали из человеческих трупов сердца, мочили их в воде и кропили этой водой городские улицы, отчего Москва и сгорела. Мнительный самодержец поверил в это и приказал своим боярам найти виновных.
Противники Глинских воспользовались случаем, чтобы погубить их. Брат царицы Анастасии Григорий, благовещенский протопоп Федор Бармин, боярин Иван Федоров, князь Федор Скопин-Шуйский, князь Юрий Темкин, Федор Нагой и другие враги правящей партии распространили слух, что злодеи, повинные в пожаре, не кто иные, как сами Глинские. Этими домыслами легко было убедить народ, поскольку мало нашлось бы среди москвичей сторонников Глинских. На пятый день после трагедии настроенная заговорщиками толпа бросилась к Успенскому собору с криками: «Кто зажигал Москву?» На этот вопрос последовал ответ: «Княгиня Анна Глинская со своими детьми и со своими людьми вынимала сердца человеческие и клала в воду да тою водой, ездячи по Москве, кропила, и оттого Москва выгорела». Толпа пришла в неистовство. Из двух братьев Глинских Михаил в этот момент находился с матерью во Ржеве, а второй, Юрий, не подозревая, какие сети ему сплели бояре, приехал к Успенскому собору вместе со своими тайными врагами. Услышав жуткое обвинение, он поспешил скрыться в церкви. Народ вломился туда, вытащил «чародея» на улицу и зверски убил. Истребили всех людей Глинских, в том числе и неповинных горожан. В Москве на государственной службе состояли боярские дети из Северской земли. Их уничтожили только потому, что они разговаривали на том же диалекте, что и Глинские.
Измученный несправедливостями народ потерял терпение. По самодержавию верховной власти был нанесен ощутимый удар. Конечно, Иван Васильевич пребывал в растерянности. До этого момента он неукоснительно верил в свое всемогущество. Теперь же испугался всерьез. Тем более что, находясь постоянно под опекой, он еще не научился принимать самостоятельные решения.