Это был высоконравственный человек, поставивший перед собой благородную цель: заботиться о счастье и благосостоянии ближних. Невозможно представить себе, чтобы Филипп поддержал кровожадного тирана и принял его предложение. Прибыв в Москву, он попросил царя отпустить его обратно в монастырь. Это было похоже на обычное смирение подданных, и духовенство начало уговаривать его занять место митрополита. Тогда Филипп стал открыто укорять епископов в преступном по отношению к Богу бездействии, в том, что они закрывали глаза на все злодеяния царского окружения. «Не смотрите на то, — говорил он, — что бояре молчат; они связаны житейскими выгодами, а нас Господь для того и отрешил от мира, чтоб мы служили истине, хотя бы и души наши пришлось положить за паству, иначе вы будете истязаемы за истину в день судный».
Никто не осмеливался высказывать Грозному свое истинное мнение о его сумасбродном правлении, а Филипп не побоялся впасть в немилость. Явившись к царю, он сказал: «Я повинуюсь твоей воле, но оставь опричнину, иначе мне быть в митрополитах невозможно. Твое дело не богоугодное; сам Господь сказал: аще царство разделится, запустеет! На такое дело нет и не будет тебе нашего благословения». Самодержец возражал: «Владыко святой, воссташа на меня мнози, мои же меня хотят погубить». «Никто не замышляет против твоей державы, поверь мне, — отвечал Филипп. — Свидетель нам всевидящее око Божие; мы все приняли от отцов наших заповедь чтить царя. Показывай нам пример добрыми делами, а грех влечет тебя в геенну огненную. Наш общий владыка Христос повелел любить Бога и любить ближнего, как самого себя: в этом весь закон».
Рассердившись за такие упреки в свой адрес, Грозный приказал соловецкому игумену быть митрополитом. Но сломить или запугать Филиппа было не так просто. Он был тверд в своих требованиях: «Пусть не будет опричнины, соедини всю землю воедино, как прежде было».
Филипп вынужден был дать согласие стать митрополитом. Но этот поступок нельзя рассматривать как трусость. Дальнейшая его деятельность красноречиво свидетельствует, что священник не смалодушничал перед деспотичным самодержцем. Скорее всего Грозный подал надежду на раскаяние. А Филипп, в свою очередь, подписал грамоту не вступать в царский обиход. Следует заметить, что некоторое время Грозный действительно воздерживался от своих кровожадных деяний, но потом опять начались пытки и казни неугодных. Он оправдывал себя тем, что вокруг него одни враги. Никакие наставления нового митрополита не помогали.
Вскоре тиран приказал не допускать к себе священника. Этой немилостью поспешили воспользоваться фавориты. «31 марта 1568 года, — пишет Костомаров, — в воскресенье, Иван приехал к обедне в Успенский собор с толпой опричников. Все были в черных ризах и высоких монашеских шапках. По окончании обедни царь подошел к Филиппу и просил благословения. Филипп молчал и не обращал внимания на присутствие царя. Царь обращался к нему в другой, в третий раз. Филипп все молчал. Наконец царские бояре сказали: «Святой владыка! Царь Иван Васильевич требует благословения от тебя». Тогда Филипп, взглянув на царя, сказал: «Кому ты думаешь угодить, изменивши таким образом благолепие лица своего? Побойся Бога, постыдись своей богряни-цы. С тех пор, как солнце на небесах сияет, не было слышно, чтоб благочестивые цари возмущали так свою державу. Мы здесь приносим бескровную жертву, а ты проливаешь христианскую кровь твоих верных подданных. Доколе в Русской земле будет господствовать беззаконие? У всех народов, и у татар и у язычников, есть закон и правда, только на Руси их нет. Во всем свете есть защита от злых и милосердие, только на Руси не милуют невинных и праведных людей. Опомнись: хотя Бог и возвысил тебя в этом мире, но и ты смертный человек. Взыщется от рук твоих невинная кровь. Если будут молчать живые души, то камения возопиют под твоими ногами и принесут тебе суд».
«Филипп! — сказал царь. — Ты испытываешь наше благодушие. Ты хочешь противиться нашей державе; я слишком долго был кроток к тебе, щадил вас, мятежников, теперь я заставлю вас раскаяться».
Он сдержал свое обещание. Орудием в руках несправедливого суда послужил протопоп Евстафий, духовник Грозного, который ненавидел митрополита. Его благодетель хотел, чтобы Филипп был обязательно опорочен и низложен будто бы из-за своих нечистых дел. Евстафий направил в Соловки людей с тем, чтобы они добыли ложную информацию на митрополита. Сначала местные иноки давали только положительные отзывы о бывшем игумене. Но суздальский епископ Пафнутий соблазнил тогдашнего игумена Паисия обещанием епископского сана, и тот оклеветал Филиппа. Время показало, что взамен он не получил того, чего ждал, а наказание за совершенный им грех было впереди. Впоследствии царь и его окружение расправились и с другими священниками, свидетельствовавшими против митрополита.