Филипп был призван к самодержцу. Он уже знал, что против него замышляется, и, не дожидаясь сурового приговора, объявил, что снимает с себя сан. «…Бойтесь убивающих душу более, чем убивающих тело!» — сказал он присутствовавшим при этом священникам. Но Грозный не позволил ему спокойно удалиться. «Ты хитро хочешь избегнуть суда, — ликовал он, — нет, не тебе судить самого себя; дожидайся суда других и осуждения; надевай снова одежду, ты будешь служить на Михайлов день обедню».
В назначенный день Филипп в полном облачении готовился начинать обедню, когда Басманов с опричниками приостановили службу. В присутствии паствы они зачли приговор собора, лишавший митрополита пастырского сана. Вслед за этим вооруженные люди вошли в алтарь, сняли с Филиппа митру, а затем вывели его из церкви, заметая за ним следы метлами. По царскому указанию, уже после суда, ему забили ноги в деревянные колодки, на руки надели железные кандалы, отвезли в монастырь святого Николая и уморили там голодом.
Не долго оставалось злорадствовать окружению помешавшегося в рассудке самодержца. Мужество Филиппа и смерть второй жены Марии Темрюковны (1569) так подействовали на его психику, что он перестал доверять даже своим фаворитам. Ему везде мерещились одни лишь враги, мечтавшие погубить его и взойти на русский престол.
В этот момент, возненавидев Басманова и Вяземских, Иван Васильевич приблизил к себе голландского доктора Бомелия. Тот поддерживал в нем страх астрологическими суевериями, предсказывал бунты и измены. Считается, что он внушил Грозному мысль обратиться к английской королеве, чтобы та дала московскому правителю убежище в своей стране. Елизавета ответила согласием, но при этом выдвинула условие: Иван Васильевич может приехать в Англию и жить там сколько угодно, соблюдая обряды старогреческой церкви. Это, конечно, не подходило русскому самодержцу. Он и на родине не обременял себя никакими обрядами. Разве мог он терпеть такое давление на чужбине? Страх потерять независимость перевесил постоянные страхи перед изменой.
Повод для того, чтобы остаться на Руси, скоро нашелся. Зная по летописям, что Новгород и Псков всегда стремились к древней вечевой свободе, Грозный решил совершить «поход» на эти земли, чтобы наконец установить там порядок. С ним шли все опричники и множество детей боярских. Жертвами в этом затянувшемся историческом споре стали не только Новгород с Псковом, но и Тверь. В этом городе полегло, как записано в «помяннике» Грозного, 1490 православных христиан.
«Покорение» Новгорода длилось пять недель. По сведениям Курбского, в один день было умерщвлено 15 000 человек. Архиепископ Пимен, в свое время свидетельствовавший против Филиппа, как «хищник, губитель, изменник царскому венцу» был схвачен прямо в церкви Св. Софии и в кандалах отправлен в Москву.
Затем царский гнев обратился на светских людей. К нему привели великое множество влиятельных новгородцев вместе с женами и детьми, которых опричники по царскому приказу раздели и терзали «неисповедимыми»: поджигали специально изобретенным для пыток составом «поджар», после чего опаленных привязывали позади саней и быстро возили по городу, волоча их истерзанные тела по замерзшей земле. Позже их сбросили с моста в Волхов, а по реке ездили царские слуги и топорами добивали тех, кто всплывал.
Тем временем другие слуги тирана уничтожали все городские запасы провизии, убивали скот и грабили имущество жителей. Выживших после такого погрома новгородцев «милостивый» государь пощадил. Но, оставшись без хлебных запасов, люди умирали от голода; доходило до того, что они поедали друг друга и выкапывали мертвых из могил.
Из Новгорода Грозный направился в Псков с намерением и этому городу припомнить его древнюю свободу. Жители, знавшие о судьбе Твери и Новгорода, стали причащаться и готовиться к смерти. Однако псковский воевода Юрий Токмаков спас народ. Он велел поставить на улицах столы с хлебом-солью, а всем людям приказал «земно кланяться», когда будет въезжать царь.
Иван Васильевич появился в городе утром и был поражен представшей перед ним картиной: весь псковский люд лежал ниц на земле, выражая раболепную покорность. Но больше всего на него подействовал юродивый Никола, который поднес ему кусок сырого мяса. «Я христианин и не ем мяса в пост», — сказал на это царь. «Ты хуже делаешь, — ответил юродивый, — ты ешь человеческое мясо». Слова так подействовали на тирана, что он никого не казнил и уехал, ограничившись лишь грабежом церковной казны и нескольких частных имений.