«Я вызвал машину и поехал на Лубянку. Забрав Каплан, привез ее в Кремль и посадил в полуподвальную комнату под детской половиной Большого дворца. Комната была просторная, высокая. Забранное решеткой окно находилось метрах в трех-четырех от пола… Прошел еще день-два, вновь вызвал меня Аванесов и предъявил постановление ВЧК:
Каплан — расстрелять, приговор привести в исполнение коменданту Кремля Малькову. Расстрел человека, особенно женщины, — дело нелегкое. Это тяжелая, очень тяжелая обязанность, но никогда мне не приходилось исполнять столь справедливый приговор, как теперь.
— Когда? — коротко спросил я Аванесова.
— Сегодня. Немедленно. — И минуту помолчав: — Где, думаешь, лучше?
Мгновение поразмыслив, я ответил:
— Пожалуй, во дворе Авто-боевого отряда, в тупике.
— Согласен.
— Где закопаем?
Аванесов задумался:
— Это мы не предусмотрели. Надо спросить Якова Михайловича…
Мы вместе вышли от Аванесова и направились к Якову Михайловичу, оказавшемуся, к счастью, у себя. В приемной сидели несколько человек, кто-то был у него в кабинете. Мы вошли. Варлам Александрович шепнул Якову Михайловичу несколько слов, Яков Михайлович молча кивнул, быстро закончил беседу с находившимся у него товарищем, и мы остались одни.
Варлам Александрович повторил Якову Михайловичу мой вопрос: где хоронить Каплан? Яков Михайлович глянул на Аванесова, на меня. Медленно поднялся и, тяжело опустив руки на стол, будто придавив что-то, чуть подавшись вперед, жестко, раздельно произнес:
— Хоронить Каплан не будем. Останки уничтожить без следа…
Вызвав несколько латышей коммунистов, которых лично хорошо знал, я отправился вместе с ними в Авто-боевой отряд, помещавшийся как раз напротив детской половины Большого двора. Во двор Авто-боевого отряда вели широкие сводчатые ворота… Я велел начальнику Авто-боевого отряда выкатить из боксов несколько грузовых автомобилей и запустить моторы, а в тупик загнать легковую машину, повернув ее радиатором к воротам. Поставив в воротах двух латышей и не велев им никого впускать, я отправился за Каплан. Через несколько минут я уже вводил её во двор Авто-боевого отряда.
К моему неудовольствию, я застал здесь Демьяна Бедного, прибежавшего на шум моторов. Квартира Демьяна находилась как раз над Авто-боевым отрядом, и по лестнице черного хода, о котором я забыл, он спустился прямо во двор. Увидев меня вместе с Каплан, Демьян сразу понял, в чем дело, нервно закусил губу и молча отступил на шаг. Однако уходить он не собирался. Ну что же! Пусть будет свидетелем…
— К машине! — подал я отрывистую команду, указав на стоящий в тупике автомобиль.
Судорожно передернув плечами, Фанни Каплан сделала один шаг, другой… Я поднял пистолет… Было 4 часа дня 3 сентября 1918 года. Возмездие свершилось. Приговор был исполнен».
Труп Каплан Мальков и Демьян Бедный сожгли на территории Кремля в бочке с бензином. В шестом номере за 1918 год «Еженедельника Всероссийской чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией» был напечатан список с фамилиями 90 расстрелянных ВЧК. В нем говорится: «Всероссийской чрезвычайной комиссией расстреляны:…33) Каплан, за покушение на тов. Ленина, правая эсеровка…»
Следственное дело № Н-200 по покушению Ф.Е. Каплан на В.И. Ульянова (Ленина) — это всего один том из 124 листов. В нём нет обвинительного заключения, постановления о прекращении уголовного дела или приговора суда с вердиктом о её казни.
В результате расследования установлена личность Каплан и то, что её виновность не вызывала сомнений у ВЧК. Входила ли она в партию правых эсеров, не установило, но Петерс считал, что Каплан представляет террористическое эсеровское подполье. Руководство страны уже сделало выводы, поэтому в ВЧК посчитали, что дальнейшее расследование не имеет смысла.
Однако 18 мая 1922 года дело Каплан как «вещественное доказательство» было приобщено к уголовному делу по обвинению правых эсеров. К этому процессу были привлечены 177 человек. Осудили 34 руководителя партии, которые кроме политических преступлений признали и организацию целого ряда крупных экспроприаций, грабежей, контрреволюционных мятежей и восстаний, подрывную деятельность разведок и посольств Антанты, развязывание ими вместе с внутренней контрреволюцией Гражданской войны.
Семенов (Васильев) и Коноплева были приговорены к высшей мере наказания — расстрелу, но впоследствии помилованы и освобождены из тюрьмы. Приговор не был отменен до конца их жизни. Вероятно, что именно Коноплева, а не Каплан стреляла в Ленина, поэтому её немедленно убили и сожгли в Кремле. Семенов — это отдельная история.