Этот удивительный человек жил и подвизался недалеко от города Шацка, в деревне Черная Слобода. Происходил он из рода Карпуниных. Родители его, Афанасий и Ирина, были простого звания.
В юности с Василием произошло чудо, повлиявшее на всю его будущую жизнь, чудо, подобное происшедшему с маленьким Прохором, впоследствии преподобным Серафимом. Участвуя в построении храма, Василий упал с колокольни и нисколько не повредился. С этого времени он перестал есть мясо и стал вести жизнь подвижническую. Уступив желанию родителей, Василий был вынужден жениться, но с женою жить не стал, а отправился странствовать, желая всего себя посвятить Богу. Странствуя, юноша предпринял путешествие в Иерусалим. Поклонившись святым местам Палестины, он направился на Афонскую Гору. Восемь лет провел подвижник в уделе Божией Матери, претерпевая все трудности и скорби монашеской жизни. Три раза поднимался он на вершину Святой Горы, и там, на «шпилю», как называл ее старец, постригли его в иночество с именем Вонифатий. Но великая ревность и любовь к Богу подвигли отца Вонифатия вернуться на родину. Господь определил ему иной путь, встав на который, он принял от Бога крест более тяжелый.
— Здесь мне крестик маленький — деревянный, а там чугунный, с головы до пят, — с такими словами отец Вонифатий покинул Святую Гору и вернулся домой.
Здесь он поселился при храме Покрова Божией Матери и одно время был при нем сторожем. Тайные его подвиги известны одному Богу, однако по тому, с какой силой и ненавистью ополчился на него диавол, можно судить, какую святую жизнь проводил этот человек. Живя в миру, но не по его законам, Василий Афанасьевич был живым обличением всем, чья жизнь шла вразрез с Евангельскими заповедями. От многих людей он претерпевал клевету, поношения и жестокие побои. Много раз избивали его до полусмерти, и только чудом Божиим старец оставался жив.
По ночам Василий Афанасьевич посещал больных и ухаживал за ними. Многие смеялись над ним, называя «блаженным», а некоторые просто ненавидели его, пытаясь всячески ему досадить. Один человек, питая злобу к праведнику, решил даже его погубить. Купив три ведра самогона, он напоил деревенских мужиков и настроил их против старца. Убегая, жестоко избитый Василий Афанасьевич собирал с лица и головы свою кровь и бросал на преследователей. Чудом ему удалось забежать в один дом, где хозяева спрятали страдальца в погребе. Потом все бившие его приходили просить прощения — все, за исключением того, чей замысел они выполняли. С любовью и радостью прощал пришедших Василий Афанасьевич, сокрушаясь и болезнуя о последнем, который так и не смог подойти к дому подвижника, долго пытаясь преодолеть себя, то подходя, то снова возвращаясь назад. Старец под конец, сострадая, перекрестил его и предсказал, что тот будет тяжело умирать, претерпевая муки огня, будучи еще в теле. Все это исполнилось. Человек этот перед смертью три недели кричал: «Горю, в огне горю!..» Его семью раскулачили, а дети и внуки, по словам сестёр-стариц, впоследствии страдали за грех своего отца и деда, болея и перенося разные напасти.
Сестры вспоминали, что Василия Афанасьевича за всю его жизнь избивали сорок раз, и каждый раз он со смирением и кротостью переносил людскую злобу и ненависть.
Рассказывают, что он безвинно провел три года в заключении. Одна молодая девица, согрешив и оставшись беременна, указала на старца как на виновника происшедшего. Тот не стал оправдываться, хотя Богом ему было открыто, с кем был совершен грех. Более того, Василий Афанасьевич знал, что блудница с истинным участником своего злодеяния закопала родившегося ребенка под лестницей погреба. Старец указал ей имя сообщника и место, где они закопали младенца. Пораженная столь явной прозорливостью, женщина эта весь судебный процесс трепетала в ужасе, боясь, что тайна ее будет открыта. Но Василий Афанасьевич, выбрав, как полезное для себя, тюремное заключение, отказался от возможности быть оправданным.
Вериги Василий Афанасьевич никогда не носил, а вместо вериг имел болезнь, которую выпросил себе у Бога. Вся спина его была покрыта гнойными ранами, которые никогда не заживали, постоянно кровоточа и причиняя нестерпимую боль.
За свою великую любовь к людям подвижник получил от Бога дар исцелять болезни. От болезней телесных он излечивал, используя состав из масел от святынь с Афонской горы, по нескольку капель которого добавлял в большую бутыль с кипяченой водой. Эту бутыль, называемую в народе «четверть», он давал больным, назначая лечение с молитвой и поклонами.
От болезней духовных исцелял своими молитвами. Вот один случай его молитвенной помощи.