По единодушному свидетельству многих людей, знавших ее, старица ушла из этого мира, как бы не расставаясь со своими близкими. После ее блаженной кончины не оставалось чувства, что тетя Ганя умерла, что ее уже нет на этой земле. Не было скорби об утрате, слез горя и печали. Было тихое и мирное радостотворное ощущение, что матушка жива, что она здесь, рядом.
Гроб с телом праведницы первое время стоял в доме. Духовенство и миряне молились, совершая литии и читая Псалтирь. На следующий день гроб был вынесен во двор, где была отслужена еще одна заупокойная лития. Стоял солнечный майский день. В те дни отмечались праздники, и многие, как и предсказала мать Агафия, сажали картошку. Вереница людей провожала почившую в храм. Когда люди вернулись из церкви в дом сестёр, то с удивлением увидели, что настенные часы, исправно шедшие без перерыва долгие годы, остановились. С кончиной тети Гани остановилось как бы и само время, прервалось его течение в этом небольшом святом домике. Этот домик на долгие годы остался нетронутым, почти все вещи и обстановка сохранились так, как было при жизни стариц. При посещении его невольно возникает ощущение, что времени как бы не стало, что с их смертью здесь наступила вечность. И еще одно ощущение в нем неизменно — все вошедшие чувствуют, что здесь и сейчас живут сестры-праведницы, что этот дом не пустует, он жилой и поныне.
Девятого мая вечером было отслужено заупокойное всенощное бдение. Перед службой произошло необыкновенное чудо, свидетелями которого были некоторые из присутствовавших в тот момент в храме. После того как гроб с телом почившей был внесен в церковь, Царские врата сами собой открылись без всякой на то посторонней помощи.
Поздно вечером из Москвы приехал Владыка Алексий. По благословению Святейшего Патриарха и с согласия правящего Владыки — архиепископа Симона он прибыл проститься и проводить в жизнь вечную дорогую его сердцу старицу, которую он знал и любил на протяжении многих лет. Знаменательно, что мать Матрону отпевал Владыка, будучи еще архимандритом, Агафии же Господь даровал быть отпетой архиереем. Видимо, таким образом Божие Провидение отметило величие ее подвига.
По приезде Владыка совершил литию в храме у гроба старицы. На следующий день в сослужении местного духовенства и приехавшего проститься с матушкой священника из Саранска он отслужил заупокойную литургию. После нее, по полному пасхальному чину, было совершено отпевание усопшей. Проститься со старицей приехали со всей округи любящие ее и дорожившие ею как наставницей люди. Приехали сестры Вышенской пустыни. Тело матери Агафии лежало покрытое, включая и руки, погребальным покрывалом, присланным ей со Святой Горы задолго до смерти. На ее спокойном лице не было ни страдания, ни боли. Как и при жизни, немного напряженное, оно выражало серьезность и важность таинства перехода в другой мир. За все эти дни, с момента кончины праведницы, не наблюдалось и намека на тленный запах, несмотря на очень теплую погоду и на то, что ни о каких заморозках тела не было и речи.
Инок, приехавший в качестве водителя с Владыкой Алексием, не знавший до этого старицу лично, прощаясь с ней у гроба, ощутил во время прикосновения к ее лбу, как по всему его телу прокатилась благодатная волна и испытал необъяснимую радость.
Перед самыми похоронами и после них были отслужены заупокойные литии. Все верующие отправились в дом Петриных, где в несколько смен, так как он не мог вместить и трети всех присутствовавших, было устроено поминовение старицы.
В субботу родительскую перед праздником Святой Троицы, а затем и во все последующие дни особого поминовения усопших люди собирались в Ялтуново, чтобы почтить ее память. Происходит это и по сей день. Каждый год в день ее кончины верующие приходят на могилу, идут в церковь и в дом тети Гани, где вспоминают ее молитвенно.
Для многих мать Агафия осталась самым близким и родным человеком. Эти люди сохранили любовь к ней, помнят ее, надеются на ее помощь и молитвы. Как пример, приведем здесь одно стихотворение, написанное после кончины старицы. Это стихотворение, пусть простое и безыскусное, исполнено теплой любовью и верою к матушке. Читая его, можно почувствовать, что испытывают и поныне к ней те, кто получал от нее при ее жизни помощь и участие.