Одним из главных вопросов при подготовке, а затем и при проведении Ялтинской конференции стал вопрос, о различных формах её контрразведывательного и разведывательного обеспечения, с советской стороны.
Этот вопрос состоял из двух основных частей. Первое это обобщение разведывательных данных о военной и политической обстановке в тогдашнем мире и особенно на фронтах второй мировой войны в Европе, необходимых для выработки позиции и требований советской делегации на Ялтинской конференции по послевоенному переустройству Европы и остального мира.
В связи с этой задачей, незадолго перед началом работы Ялтинской конференции, в начале января 1945, под председательством Берии, в Москве, в течении трех дней прошло самое длительное за всю войну совещание руководителей разведки Наркомата обороны, Военно-Морского Флота и НКВД-НКГБ. Главный вопрос — оценка потенциальных возможностей германских вооруженных сил к дальнейшему сопротивлению союзникам, был рассмотрен в течение двух дней.
На этом совещании, были представлены прогнозы о том, что война в Европе продлится не более трех месяцев ввиду нехватки у немцев топлива и боеприпасов, которые в дальнейшем оказались правильными.
Последний, третий день работы совещания был посвящен сопоставлению имевшихся материалов о политических целях и намерениях американцев и англичан на Ялтинской конференции. Все согласились с тем, что и Рузвельт, и Черчилль не смогут противодействовать линии советской делегации на укрепление позиций СССР в Восточной Европе.
Вторым, не менее важным компонентом работы советских спецслужб, а так же военного и военно-морского ведомства, в связи с этим международным форумом в верхах было непосредственное обеспечение его безопасности.
В ходе подготовки к проведению конференции в Ялте, руководители американских и английских спецслужб, серьезно опасались покушений на лидеров своих стран, тем более что Крым был освобожден, от немецких войск, сравнительно недавно, и на его территории могла остаться вражеская агентура.
На эти опасение, союзников был дан категорический ответ советской стороны: если даже в столице Ирана — Тегеране советская разведка и контрразведка сделала невозможное, то у себя на родине они, тем более обеспечат полную безопасность «Большой тройки».
В связи с этим 3 января 1945 года Сталин приказал наркому внутренних дел Берии, начать подготовку к проведению в Ялте встречи в верхах ведущих стран антигитлеровской коалиции и прежде всего осуществления мер по обеспечению её безопасности. Всё это получило кодовое наименование операция «Долина».
Выполняя приказ Сталина Берия, направил в Крым двух своих заместителей С. Н. Круглова и Л. Б. Сафразьяна (начальник главного управления аэродромного строительства НКВД СССР), а так же начальника 2-го (контрразведывательного) главного управления Народного комиссариата государственной безопасности П. В. Федотова.
Общее руководство подготовкой конференции, а так же снабжение всем необходимым для её проведения возлагалось на Круглова, ремонт южнобережных дворцов на Сафразьяна, контрразведывательное обеспечение на Федотова.
В плане контрразведывательного обеспечения работы конференции Федотов должен был координировать деятельность крымских и союзных органов НКВД и НКГБ СССР, Управлений контрразведки «Смерш» Черноморского флота, находившейся на тот момент в Крыму Приморской армии и частей войск НКВД.
Далее, 8 января 1945, Л. П. Берией был издан приказ № 0028 от 8 января.1945 года «О специальных мероприятиях по Крыму». Для осуществления мер безопасности утвержденных данным приказом был создан специальный штаб, который возглавил заместитель наркома внутренних дел комиссар государственной безопасности 2-го ранга (генерал-полковник) С. Круглов.
В состав руководства штаба так же вошли первый заместитель начальника 6-го Управления НКГБ СССР комиссар госбезопасности 3-го ранга (генерал-лейтенант) Н. С. Власик (начальник личной охраны Сталина), начальник ПВО Крыма генерал-лейтенант А. Г. Лавринович.
Для обеспечения безопасного проведения встречи были привлечены тысячи советских, американских и британских сотрудников служб охраны и безопасности, а так же корабли и авиация Черноморского флота и военно-морских сил США и Англии. Так же со стороны США в охране президента Рузвельта участвовали подразделения морской пехоты.