Утром 9 сентября начальник штаба Черноморского флота вице-адмирал Корнилов собрал на военный совет флагманов и командиров судов. Объявив собравшимся, что союзники могут в ближайшие дни занять слабо укрепленную Северную сторону Севастополя и сжечь артиллерийским огнем стоящие на рейде суда, Корнилов предложил выйти в море и атаковать неприятельский флот. Он полагал, что в случае удачи корабли противника будут рассеяны, а при неблагоприятном ходе сражения надо сцепиться с вражескими кораблями и взорвать пороховые погреба на судах. Это оставит армию союзников без поддержки флота и даст возможность удержать Севастополь до прибытия подкреплений, которые и уничтожат экспедиционный корпус. Однако соотношение сил было неравным. Союзники имели 89 военных судов, в том числе 50 колесных и с винтовыми движителями, а Севастопольская эскадра — 45 военных судов, из них 11 колесных пароходов. Таким образом, неприятель превосходил русские силы почти в два раза как по количеству единиц, так и по артиллерийскому вооружению. А многократное преимущество неприятеля в маневренных и паровых судах лишало Севастопольскую эскадру возможности произвести внезапное нападение. Учитывая это, большинство адмиралов и офицеров, принимавших участие в военном совете, высказались против выхода кораблей с Севастопольского рейда.
Вскоре после проведенного совета вице-адмирал Корнилов был вызван к князю Меншикову, прибывшему в Севастополь. На повторное приказание главнокомандующего затопить корабли Корнилов заявил, что "как вице-адмирал и генерал-адъютант исполнения этой последней меры на себя не примет". Ответ исполнительного и пользующегося отличной репутацией на флоте адмирала удивил Меншикова. Он объявил, что выполнение приказания возложит на вице-адмирала Станюковича — командира порта и военного губернатора города, а генерал-адъютанту Корнилову предложил выехать в Николаев. Но Корнилов не мыслил оставить Севастополь, его хладнокровие и рассудительность одержали верх над эмоциями. 11 сентября Корнилов направляет официальный рапорт князю Меншикову: "Имею честь донести до вашей Светлости, что корабли "Три святителя", "Уриил", "Селафаил", "Варна", "Силистрия" и фрегаты "Флора" и "Сизопль" согласно приказанию Вашему затоплены на здешнем фарватере. Подлинный подписал генерал-адъютант Корнилов"[81].
В ночь с 11 на 12 сентября главнокомандующий князь Меншиков покинул Севастополь и отвел армию к Бахчисараю. Он мотивировал это необходимостью сохранить войска, чтобы не дать союзникам захватить весь Крым. Город, в котором осталось только восемь батальонов резервной бригады и один саперный батальон, был фактически брошен на произвол судьбы. Моряки начали срочно формировать восемнадцать батальонов из личного состава флота.
Тем временем экспедиционный корпус также начал движение, но, вопреки всем ожиданиям, вместо наступления на Северную сторону он устремился в обход бухты к южной части Севастополя. Такое решение объяснялось рядом обстоятельств. Главная причина заключалась в том, что, понеся значительные потери в открытом поле на реке Альме, союзники опасались более кровопролитных и упорных сражений на рубежах сухопутных укреплений города. На кратчайшем пути к бухте находилось только устаревшее Северное укрепление, но выйдя к Бельбеку, экспедиционный корпус мог наблюдать, как справа и слева от этого верка возводятся и вооружаются новые батареи, — возникала сплошная линия обороны, поддерживаемая мощной артиллерией стоящих на рейде русских кораблей. К тому же через бухту могли подходить русские подкрепления с Южной стороны, что грозило наступлению союзных войск превратиться в длительную осаду, но предвидя и такой ход событий, союзные войска имели осадные орудия и необходимые инженерные средства. Однако при осаде Северной стороны тыловой базой становилась Евпатория, которая находилась на значительном удалении, и чтобы отражать фланговые удары русской армии вдоль линии подвоза боеприпасов и прочего обеспечения, корпусу пришлось бы выставить большое количество войск, а войск не хватало. В то же время на Южной стороне Севастополя укрепления отсутствовали на большей части обвода города, а тыловые базы можно было развернуть поблизости от позиций в Балаклавской, Камышовой и других бухтах. Полученное в последний момент известие о затоплении русских кораблей у входа в бухту укрепило союзников в их решении, поскольку возможность прорыва англо-французской эскадры на рейд для подавления русских судов, имевших первостепенное значение при обороне Северной стороны, теперь исключалось. Однако действия экспедиционного корпуса оказались далеко не бесспорными. Такой вывод можно сделать при анализе состояния обороны Севастополя в сентябрьские дни.
В начале сентября 1854 г. князь Меншиков поручил подполковнику Э. И. Тотлебену, прибывшему 8 августа из Дунайской армии в его распоряжение, подобрать позиции для усиления обороны Северной стороны. Эдуард Иванович Тотлебен имел за плечами большой опыт военного инженера. Окончив Николаевское инженерное училище, он два года проходил службу в инженерных командах, где освоил крепостное строительство. В 1839 г. он по собственному желанию перевелся в гренадерский саперный батальон и на протяжении девяти лет изучал минное дело, возведение полевых укреплений, осадные работы и прочие многочисленные функции саперных войск. В 1848 г. капитан Тотлебен командируется в действующую армию на Кавказ. Здесь он отличился в боях, участвовал в штурме укрепления Ахты против десятитысячного отряда горцев Шамиля, а в последние четыре месяца заведовал всеми осадными работами. Служба в действующей армии на Кавказе помогла Тотлебену развить тактические способности, чувство местности и понимание того, что использование выгодных позиций позволяет и слабым войскам бороться с сильным противником, а главное, воспитала в нем такие качества, как мужество, отвага и сила воли.
Вернувшись в 1850 г. с Кавказа, капитан Тотлебен около года состоял адъютантом при начальнике инженеров генерале Шильдере в Петербурге, а затем перевелся в гвардейский саперный батальон, где заведовал практическими занятиями. В начале Крымской войны генерал Шильдер, получив назначение начальником инженеров в Дунайскую армию, предложил Тотлебену прибыть на театр военных действий. В январе 1854 г. Э. И. Тотлебену присваивают звание подполковника саперных войск и с середины февраля он уже в действующей армии. При осаде Силистрии подполковник Тотлебен назначается траншей-майором, а после ранения генерала Шильдера занимает его место. С началом осадных работ начальник инженеров Э. И. Тотлебен большую часть суток проводил в траншеях. 7 июня 1854 г. под его руководством минеры взорвали турецкий форт Араб-Табия, создав условия для успешного штурма Силистрии. Войска готовились к атаке, но в это время пришел приказ отступить на левый берег Дуная, а затем под давлением Австрии русской армии пришлось покинуть пределы Дунайских княжеств.
Командующий Дунайской армией князь Горчаков, желая помочь своему старому товарищу князю Меншикову, решает направить в Севастополь подполковника Э. И. Тотлебена. В сопроводительном письме он характеризует Тотлебена как лучшего ученика генерала Шильдера, разумного, деятельного и храброго офицера.