Между основанием этих двух больничных церквей произошли глобальные изменения в самой больнице. В 1833 году ее перевели в роскошное здание на Страстном бульваре, построенное еще Матвеем Казаковым – прежде там была усадьба Голицыных, а потом московский Английский клуб, восхитивший когда-то Стендаля. И больница на Страстном стала именоваться Ново-Екатерининской. А судьба Старо-Екатерининской больницы на Мещанской сложилась иначе. В 1835 году она была отдана под арестантскую больницу Бутырской тюрьмы, и ее заведующим стал «святой доктор» Ф. П. Гааз. Однако в 1841 году в Москве разразилась очередная инфекционная эпидемия, и в больницу на Мещанской стали поступать больные из работных домов и беднейшие жители города. Так что уже в 1843 году она получила официальный статус «больницы для чернорабочих». Прошение о ее новом профилировании было подано на том основании, что немногочисленные городские больницы и отделения для простого народа переполнены, и неимущие больные рабочие, «не находя себе здесь приюта», уходят из Москвы в свои селения и умирают по дороге. Ведь все они в основном были выходцами из деревень и малых городов.
Уже в 1844 году больные арестанты были окончательно переведены из Старо-Екатерининской больницы в новую клинику, открытую доктором Гаазом на собственные средства в Малом Казенном переулке близ Земляного вала. Эта клиника получила потом название полицейской больницы им. императора Александра III. С переводом арестантов в новую клинику Старо-Екатерининская окончательно стала городской больницей для чернорабочих; во второй половине XIX века были выстроены ее новые кирпичные корпуса.
Полностью бесплатной она не была. За больницу власти установили сбор по 70 копеек серебром в год с каждого чернорабочего, к коим относились мастеровые, фабричные, ремесленные, мануфактурные рабочие, землекопы, каменщики, печники, извозчики и даже лакеи. Это подобие медицинского страхования было введено одновременно с получением вида на жительство – или, выражаясь современным языком, московской регистрации для иногородних, приезжавших в Москву на заработки. Каждый прибывший в Москву должен был явиться в контору адресов с паспортом, внести плату в 70 копеек за медицинское обслуживание и получить «адресный билет» – без платы можно было получить такую регистрацию только на один месяц. И хотя позднее плата поднялась до рубля, а потом и до рубля с четвертью, средств все равно не хватало: разница между доходами от уплаты больничного сбора и расходами по содержанию больницы составляла в 150 тысяч рублей, которую покрывал город из своего бюджета.
Однако нуждавшихся в больнице было множество, чему способствовала отмена крепостного права, когда в Москву хлынул поток наемной рабочей силы из деревень и провинциальных городов. Старо-Екатерининская клиника даже открывала свои филиалы, которые затем обратились в самостоятельные городские больницы – такие, как Яузская и Басманная.
Решение исполкома Мособлсовета о передаче здания бывшей церкви на баланс электромеханического завода.
В 1870-х годах как по ветхости построек, так и по отношению вместимости, больница находилась в крайне неудовлетворительном состоянии. Поэтому решено было возвести новые строения по павильонной системе, разработанной профессором Павловым. Руководствуясь этим, в 1875 году архитектор А. А. Мейнгардт построил ряд новых павильонов.
В сентябре 1874 года в Старо-Екатерининскую больницу был доставлен рабочий, повредивший ногу в самой первой аварии на московской конно-железной дороге (конки появились на городских улицах в 1872 году). Поскольку лошади, тащившие вагон, не могли сами поворачивать его на крутых поворотах, властям приходилось расставлять на путях специальных рабочих, которые лопатами, кирками и прочими инструментами обеспечивали вагону плавный поворот, но велик был риск травматизма.
Мосздравотдел просит отдел управления Моссовета дать срочное распоряжение о закрытии церквей и часовен при больничных учреждениях Мосздравотдела, 1922 год ЦГАМО. Ф. 66. Оп. 18. Д. 282
В 1891 году в Старо-Екатерининской больнице было открыто «родовспомогательное» отделение – до революции это был самый крупный московский роддом, которым заведовал Г. Л. Грауэрман, чье имя долгое время носил знаменитый роддом №7 на Новом Арбате. В Старо-Екатерининской больнице начинали свою деятельность известные московские доктора Ф. И. Гетье и В. Н. Розанов – после революции оба стали лечащими врачами Ленина и других кремлевских жителей. Доктор Гетье, окончивший Московский университет, два года почти бесплатно проработал в Старо-Екатерининской больнице, чтобы иметь возможность экстерном получить второе образование, – сам сенатор Плеве оказал последнему протекцию. Потом Гетье стал первым главным врачом открытой незадолго до революции Солдатенковской (ныне Боткинской) больницы, устроенной в 1910 году по завещанию и на средства московского текстильного короля К. Т. Солдатенкова.