Вскоре миссионеры с отрядом воинов прибыли в Укскуль. Возглавлял их монах-августинец Мейнгард. Монах был хитер, прежде чем начать проповеди среди ливов, он с бременскими купцами отправился за разрешением к полоцкому князю Володше (Владимиру). Князь, не мудрствуя лукаво, дал разрешение на «проповедь слова Божьего». Оправдывая его ошибку, следует сказать, что только столетие прошло с момента разделения православной и католической церкви (в 1054 году), в Полоцке вполне могли не знать нюансы взаимоотношений константинопольского патриарха и римского папы. К тому же полоцкие князья отличались от киевских веротерпимостью. Историки не располагают данными о каких-либо преследованиях язычества в Полоцком княжестве и на его вассальных территориях.
Мейнгард начал вести проповеди среди ливов. Но чтобы проповедовать, нужны церкви. Немцы построили их на самых крутых холмах. А чтобы защитить церкви, вокруг них возвели каменные стены с многочисленными башнями. Так появились каменные крепости Укскуль, Гольм и другие. Все шло хорошо, только вот ливы не изъявляли особого желания креститься. Мало того, уже крещеные туземцы стали перекрещиваться обратно – погружаться в воды Двины, дабы смыть с себя крещение и отослать его обратно в Германию. И поскольку ливы платили дань полоцкому князю, то платить еще десятину в пользу папы римского им явно не хотелось.
Мейнгард попытался применить силу, но ливы имели многократный перевес. Тогда Мейнгард по традиции обратился к папе с просьбой организовать хотя бы небольшой крестовый поход, чтобы заставить ливов платить. Но в 1196 году Мейнгард умер, так и не дождавшись крестоносцев. На его место из Бремена вскоре прислали нового епископа Бартольда. По прибытии он велел собрать ливских старейшин и объявил им, что надо креститься и платить, а то, мол, братва крестоносная из-за моря приедет. Когда Бартольд удалился, вожди стали думать, что делать. Разгорелся жаркий спор. Одни предлагали Бартольда сжечь вместе с его храмом, другие – утопить в Двине. Пока шли дебаты, какая-то добрая душа побежала к епископу. Тот, естественно, кинулся на корабль и убыл в Германию.
Бартольд написал папе слезное послание о своем печальном положении. Папа объявил отпущение грехов всем, кто отправится в крестовый поход против ливов, и вокруг Бартольда собрался значительный отряд крестоносцев, с которыми снова отправился в Ливонию. Туземцы вооружились и послали спросить епископа, зачем он привел с собой войско? Бартольд ответил, что войско пришло для наказания отступников. Ливы сказали ему: «Отпусти войско домой и ступай с миром на свое епископство; кто крестился, тех ты можешь принудить оставаться христианами, других убеждай словами, а не палками». В ответ конные крестоносцы построились «свиньей» и двинулись на толпу ливов. Впереди скакал с копьем сам епископ. В сражении Бартольд погиб, но крестоносцам удалось одержать победу.
Немцы предали огню и мечу окрестные земли. Ливам пришлось креститься, их обложили большой данью. Но, как только основные силы крестоносцев убыли в Германию, ливы начали отмываться от крещения в Двине. Расставленные у дорог массивные деревянные распятья они клали на плоты и отправляли вниз по течению в Балтийское море. Всем католическим священникам и рыцарям было приказано отдать награбленное и без багажа садиться на корабли. Купцов и их имущество ливы не тронули.
Но через несколько месяцев в устье Двины появились 23 корабля с рыцарями-крестоносцами. Вместе с ними прибыл новый епископ Альберт фон Буксгевден. Последний оказался довольно гибким и умным политиком. Он заменил ливам зерновую десятину небольшим натуральным оброком. Вместе с тем епископ понял, что удержать край в повиновении с помощью набегов крестоносцев невозможно. Требовалось стать твердой ногою на новом месте, строить города и замки.
В 1200 году епископ Альберт основал в устье Двины город Ригу. Но мало было основать город, его надо было заселить, и Альберт сам ездил в Германию набирать колонистов. Впрочем, одного города, населенного немцами, было недостаточно. Его население не могло предаваться мирным занятиям, так как приходилось вести непрерывную борьбу с ливами. Следовательно, нужно было военное сословие, которое бы взяло на себя обязанность постоянно бороться с коренным населением. Для этого Альберт стал вызывать рыцарей из Германии и давать им замки в ленное владение. Однако рыцари ехали крайне неохотно.
Тогда Альберт решил основать орден «воинствующей братии» по образцу военных орденов в Палестине. Папа Иннокентий III одобрил эту идею, и в 1202 году был основан орден рыцарей Меча, получивший устав Храмового ордена. Рыцари ордена носили белый плащ с красным мечом и крестом, вместо которого после стали нашивать звезду. Первым магистром ордена был Винно фон Рорбах.
Первое время отношения между орденом и рижским епископом были хорошие, но через несколько лет они испортились, и тогда фон Рорбах перенес свою резиденцию из Риги в крепость Венден.
Полоцкие князья вовремя не осознали угрозу, которую им и другим русским княжествам несут немцы. Лишь в 1203 году полоцкий князь Володша с дружиной внезапно осадил Укскуль. Немцы заплатили ему большой выкуп, после чего Володша пошел осаждать крепость Гольм. Однако там немцы отразили штурм с помощью метательных машин, бросавших на осаждающих тяжелые камни и бревна. Володше пришлось увести свою дружину назад в Полоцк.
Подчинив ливов, живших вблизи балтийского побережья, крестоносцы двинулись на восток и разрушили русские города Кукейнос и Герсик, где княжили вассалы полоцкого князя Вячеслав Борисович и Всеволод Борисович, правнуки Всеслава Чародея.
В то время, когда немцы утверждались в Ливонии, отнимая низовые двинские земли у Полоцкого княжества, новгородцы и псковичи продолжали бороться с чудью (т.е. с предками нынешних эстонцев), жившей к югу от Финского залива. В 1176 году вся Чудская земля, по выражению летописца, «приходила под Псков, но была отбита с большим уроном».
В 1190 году чудские племена по озеру пришли на судах к Пскову. Псковичи славно встретили гостей: в летописи сказано, что ни один «чунец» не ушел живым. Однако другому отряду чухонцев удалось захватить город Юрьев. В следующем 1191 году псковичи и новгородцы объединились, отбили Юрьев, огнем и мечом прошлись по Чудской земле, «полону приведе без числа». В 1192 году псковичи опять ходили на чудь и взяли у них городище Медвежью Голову (Оденпе, с 1917 года – город Отепя). После этого чухонцы образумились, стали исправно платить дань, и до 1212 года конфликтов с русскими у них не было.
В 1212 году чудь что-то натворила, и новгородский князь Мстислав Удалой с братом Владимиром совершили несколько походов на чудь, взяли город Медвежью Голову, дошли до побережья Балтийского моря.
На следующий 1213 год немцы захватили город Медвежью Голову, то есть вторглись в земли, которые новгородцы считали своими. В 1214 году два войска новгородцев двинулись отбивать свою вотчину. Князь Мстислав Удалой пошел в Эстляндию, а Всеволод Борисович, тот самый, у которого немцы отняли Герсик, пошел на Ливонию. Крестоносцы со всей Ливонии заперлись в Риге. Всеволод по неясным причинам брать Ригу не стал, а вернулся в Новгород.
Надо сказать, что епископ Альберт и крестоносцы действовали не только кнутом, но и пряником. В 1210 году Альберт заключил с полоцким князем Володшей мир и обязался платить ему дань за ливонские земли. Через несколько лет немцы перестали платить Полоцку дань, а тамошний князь удовольствовался помощью немцев против Литвы и свободой плавания по Западной Двине. Крестоносцам удалось сделать своим «агентом влияния» полоцкого князя Владимира Мстиславовича. Князь даже выдал свою дочь за брата епископа Альберта. Это не понравилось псковичам, и в 1213 году они выгнали Владимира из города. Владимиру пришлось бежать к зятю в Ригу, где ему дали в управление несколько ливонских деревень.
Жизнь у немцев князю пришлась не по душе, и он убежал обратно в Псков. Горожане его простили, и он с псковскими и новгородскими ратями в 1217 году двинулся к Медвежьей Голове. Чухонцы позвали на помощь немцев. Рыцари во главе с магистром ордена Волквином внезапно напали на русский лагерь. Но новгородцы быстро оправились и контратаковали немцев. Рыцари были разбиты, Владимир Мстиславович взял в плен своего зятя Феодориха и привез его в Псков. В летописи почему-то не упоминаются потери немцев, сказано лишь, что у них были убиты три главных воеводы и взяты 700 лошадей. Надо полагать, что рыцари отдали 700 лошадей не по доброй воле.