Для захвата острова были выделены 16 барж (семь тяжелых десантных, четыре легких, три транспортных, одна штабная и одна санитарная) и семь десантных катеров – всего 23 судна. Они имели 21 пушку калибра 88 мм, 9 пушек калибра 37 мм, 135 автоматов калибра 20 мм. Обеспечивать действия судов и десанта должны были около 15 самолетов, немецкие, итальянские и финские катера. Вражеской флотилии удалось скрытно подойти к Сухо. 22 октября около 7 часов утра сигнальщики с Сухо обнаружили вражеские корабли. Почти одновременно немцы открыли огонь из 88-мм пушек и вывели из строя радиостанцию острова, лишив его гарнизон связи с командованием.
В это время восточнее и южнее острова находились в дозоре катер МО-171 (две 45-мм пушки) и тральщик ТЩ-100 (бывший финский пароход «Аунус» (две 45-мм пушки). Дозорные суда сообщили по радио командованию о нападении противника и открыли огонь. В 8.08 противник высадил на остров десант численностью до 100 человек. На самом острове завязался бой. Однако гарнизон Сухо при поддержке авиации заставил противника к 9.20 покинуть остров.
На помощь острову вышли корабли Ладожской военной флотилии. В 9.30 в бой вступили сторожевые катера МО-201, 205 и 206, высланные из Новой Ладоги. Около 11 часов по противнику открыл огонь отряд кораблей из Морье (бронекатер № 100, катера МО-198 и МО-214). Через некоторое время подошедшие из Морье канонерские лодки «Вира» и «Селемджа» вступили в бой и повредили десантную баржу и десантный катер. Около 16 часов, получив повреждения, «Вира» и «Селемджа» прекратили преследование противника.
22 октября в бою за остров Сухо советская авиация произвела свыше 200 самолетовылетов. В итоге были уничтожены или захвачены 16 десантных судов противника. Сбиты 12 вражеских самолетов. Наши потери составили 6 самолетов. В корабельном составе потерь не было. Одна из германских десантных барж типа «Зибель» была отремонтирована и под названием ДБ-51 зачислена в состав Ладожской военной флотилии.
В конце навигации 1942 года экипажи итальянских катеров отбыли в солнечную Италию, а свои катера передали финнам.
7 ноября на Ладоге появился первый лед. С 25 ноября перевозку грузов в Ленинград стали производить только канонерские лодки. Канонерки ухитрялись пробиваться сквозь льды до 8 января 1943 года. Всего за навигацию 1942 года по Ладожскому озеру в обоих направлениях было перевезено 1099,5 тысяч тонн различных грузов и свыше 85 тысяч человек.
К началу навигации 1943 года на Ладогу прибыли бронекатера №№ 322, 323, 324 и 325 проекта 1125, а также тральщики № 38 и № 46. 13 апреля 1943 года поднятый и отремонтированный сторожевой корабль «Конструктор» был переклассифицирован в канонерскую лодку и включен в состав Ладожской военной флотилии. Зато канонерскую лодку «Шексна» перечислили в транспорт. А в июне 1943 года флотилии передали малые подводные лодки серии VI-бис М-77 и М-79 (водоизмещение 150 тонн). Обе лодки перевезли по железной дороге из Ленинграда в бухту Гольсмана, где и спустили на воду.
Навигация 1943 года открылась 29 марта, когда транспорты «Шексна» и «Чапаев» пробились сквозь льды из бухты Морье в порт Кобона. С 24 по 28 июля суда Ладожской флотилии перебросили с восточного берега озера на западный 86-ю стрелковую дивизию и 73-ю отдельную морскую стрелковую бригаду. Всего перевезено 7477 человек, 49 автомашин, 12 автоцистерн, 85 орудий, 18 минометов, 309 повозок, 577 лошадей, другая техника и снаряжение.
С 5 по 8 августа свой первый боевой поход на Ладожском озере совершила подводная лодка М-77. 8 сентября канонерские лодки «Нора» и «Селемджа» обстреляли финские позиции к юго-востоку от Терентиниеми. За 52 минуты они выпустили восемьдесят 130-мм фугасных снарядов. Финны даже не успели открыть ответный огонь. В течение всей навигации 1943 года корабли противника не пытались атаковать наши суда. В связи с пассивностью финнов сторожевые катера МО-171, 208, 209, 214, 261, 262 и 20 самоходных тендеров были отправлены с Ладоги по железной дороге на Черноморский флот.
18 ноября 1943 года в район, примыкающий к устью реки Тулокса и Видлице, вышла подводная лодка М-79. На следующие сутки с М-79 высадилась на берег у Видлицы разведгруппа. Подводная лодка в течение трех суток ожидала разведчиков, но они не вернулись. 24 ноября лодка возвратилась в Новую Ладогу. 26 ноября М-79 снова вышла в район Видлица – устье реки Тулокса на поиск разведгруппы, высаженной 19 ноября. Не обнаружив разведчиков, она 1 декабря возвратилась в базу. Это был последний поход подлодок в 1943 году. 24, 25, 29 и 30 ноября на поиск разведчиков выходила канлодка «Конструктор», но тоже безрезультатно.
Навигация на Ладожском озере закончилась 4 декабря 1943 года. Последний переход совершил транспорт «Шексна». За навигацию, которая продолжалась 247 дней, через Ладожское озеро были перевезены 162067 человек (в том числе для пополнения частей армии и флота 45579 человек), 182655 тонн различных грузов, а также 712,5 тысяч кубометров дров и древесины. Потери Ладожской флотилии в 1943 году были крайне незначительными: транспорты «Стензо» и «Вилсанди», 20-30 барж и несколько катеров.
В кампанию 1944 года финская флотилия на Ладоге активность не проявляла. Ее суда не появлялись южнее параллели острова Валаам. После прорыва финской обороны на правом берегу реки Свирь было решено высадить с судов Ладожской флотилии десант на побережье между устьем реки Тулокса и озером Линдоя. С этой целью была выделена 70-я отдельная морская стрелковая бригада (3661 человек) подполковника А.В. Блака. В операции должны были участвовать почти все наличные силы флотилии. Их разделили на четыре отряда: а) отряд артиллерийской поддержки десанта (5 канлодок, 2 торпедных катера, 2 сторожевых катера МО); б) отряд охранения (6 сторожевых катеров МО, 2 бронекатера, 1 десантное судно); в) отряд транспортов (4 транспорта, 2 тральщика, 2 шхуны); г) отряд высадочных средств (12 сторожевых катеров КМ, 7 сторожевых катеров ЗИС, 12 тендеров, 9 мотоботов). Для прикрытия десанта на переходе и поддержке его при высадке были выделены 243 самолета 7-й воздушной армии и авиации Балтийского флота.
В целях достижения скрытности при подготовке операции корабли и транспортные средства были рассредоточены и замаскированы по реке Волхову и приладожским каналам. 22 июня 1944 г. в 15.25 корабли и суда, сосредоточенные в Новой Ладоге, снялись с якоря и направились к месту высадки. В 5 часов утра 23 июня четыре канонерские лодки с дистанции 50-60 кабельтовых (9,3– 11,1 км) открыли огонь по берегу. За 15 минут до высадки два полка бомбардировщиков и один полк штурмовиков нанесли бомбово-штурмовой удар по противодесантной обороне противника. В 5.47 после того как наши самолеты отбомбились и улетели, в районе высадки появились 17 бомбардировщиков противника. Корабли временно прекратили стрельбу по берегу, чтобы всей силой своего огня отразить воздушную атаку противника. Бомбы противника повредили одну десантную баржу, при этом один бомбардировщик удалось сбить.
В 5 часов 55 минут к берегу стали подходить катера и тендеры с первым броском десанта. Бронекатера и «морские охотники» подошли к берегу на дистанцию 5– 10 кабельтовых (0,9-1,8 км) и открыли огонь прямой наводкой по огневым точкам финнов.
Всего в первый день операции высадились 3159 человек. В первой половине дня 23 июня десантники перерезали железную и шоссейную дороги, идущие вдоль побережья. Но во второй половине дня финны подтянули резервы с севера и части, отступавшие с юга, и стали теснить десант. За сутки морские пехотинцы при поддержке кораблей и авиации отразили 16 атак финнов. Создалась угроза уничтожения 70-й бригады. Поэтому советское командование приняло решение о дополнительной высадке 30-й отдельной бригады морской пехоты и некоторых артиллерийских частей.