9 декабря 1901 года в своем орловском имении Золотарево С.А. Нилус закончил перевод текста ПСМ на русский язык. Сергей Александрович решил предупредить русское общество о грозящей ему опасности путем издания документов. Но его опередили. Вначале, в 1903 году, журналист Паволакий Крушеван напечатал документ в петербургской газете «Знамя», а затем другой молдаванин, Георгий Владимирович Бутми де Кацман издал текст ПСМ отдельной книжкой под заглавием «Корень наших бед». Всего вышло шесть петербургских изданий Бутми с 1905 по 1907 год под названием «Обличительные речи. Враги рода человеческого», в Казани — одно издание в 1907 году под названием «Выдержки из древних и современных Протоколов Сионских мудрецов». Были и анонимные издания.
В декабре 1905 года Нилусу удалось опубликовать текст в Царском Селе на средства местного отделения Красного Креста в составе книги «Великое в малом и антихрист как близкая политическая возможность». Текст ПСМ был снабжен подзаголовком и отличался от изданий Крушевана и Бутми четкостью и стройностью в расположении материала. Скорейшему выходу книги в свет тиражом 2000 экземпляров помогла фрейлина великой княгини Елизаветы Федоровны Е.А. Озерова, ставшая вскоре женой Нилуса. (Публикация Протоколов в книге «Великое в малом» была благословлена св. Иоанном Кроштадтским, св. Старцем Оптинским Варсонофием. — Ю.В.).
В 1911 и 1917 годах ПСМ снова выходят в свет в составе книг Нилуса «Великое в малом» и «Близъ есть, при дверехъ» тиражом 3000 и 5000 экземпляров, однако судьба последнего издания трагична. В конце февраля 1917 года 5000 экземпляров, только что отпечатанные в типографии Троице-Сергиевой лавры, были приготовлены к отправке в Москву. В Петрограде свершилась Февральская революция, масонское Временное правительство князя Г.Е. Львова, занятое тысячью дел, сумело в числе первых вспомнить об антимасонской книге и отдать распоряжение уничтожить ее тираж.
2 марта 1917 года на станции Лавра появился вооруженный отряд. Тюки с книгами были вытащены из вагонов, сброшены на землю и сожжены. Чудом сохранилось 600 экземпляров, которые позднее поступили из типографии Лавры в книжные магазины Петрограда и Москвы, а также в личные библиотеки, в том числе заграничные. В июле 1917 года Временное правительство А.Ф. Керенского приказало изымать из книжных магазинов и коллекторов библиотек крамольную книгу и уничтожить ее. Позднее, по закону об антисемитизме, подписанному В.И. Лениным 27 июля 1918 года, за хранение книги Нилуса полагался расстрел. Неудивительно, что позднее в крупнейших российских библиотеках власти предержащие провели массовое изъятие («утерю») почти всех изданий ПСМ.
Вывезенная из страны русскими эмигрантами книга Нилуса «Близь есть, при дверехъ» начала распространяться по Европе и Америке. С 1919 года текст ПСМ стал переводиться на иностранные языки. Первым это сделал один из сотрудников генерала Людендорфа. Теперь Протоколы переведены на 80 языков.
В 1911 году, после выхода второго издания ПСМ, Нилус обратился с посланиями к восточным Патриархам, к Святейшему Синоду, к Папе Римскому, требуя созыва Вселенского собора для принятия согласованных действий для защиты христианства от грядущего антихриста. После Духова дня в 1912 году Сергей Александрович — на Валдае. Всем и всюду он проповедовал о пришествии антихриста в 1918 году.