Конструкторское управление главного командования ВМС получило задание определить, когда и с использованием каких технических мощностей, материальных средств и рабочей силы обе новые серии лодок начнут в значительном числе поступать на флот. Разработанный конструкторским управлением план предусматривал строительство сначала двух опытных лодок ХХI серии. Их предполагалось построить за полтора года и передать в серийное производство лишь после испытаний. Конструкторское управление не считало возможным принять на себя ответственность за немедленную передачу в серийное производство не прошедших испытаний лодок новых серий. По этому плану обе первые лодки должны были быть готовы в конце 1944 года, и начать серийное производство раньше 1945 года было нельзя. В итоге лодки ХХI серии появились бы на флоте в лучшем случае лишь в 1946 году. Это было неприемлемо.
Пришлось всё-таки обращаться в Министерство вооружений. Рёдер спросил Шпеера, согласится ли он взять на себя ответственность за значительное увеличение производства военно-морской техники. Изучив предложение, тот дал согласие, но при условии, если Гитлер разрешит частично сократить промышленное производство для Вермахта. На Восточном фронте, из-за сокращения потока ленд-лиза, намечалось затишье и «фюрер» дал согласие перенести запуск в серию танка «Пантера» на вторую половину 43 года.
Чтобы заранее привести конструкции запланированных кораблей в соответствие с возможностями промышленности, создали так называемую судостроительную комиссию. Она состояла из офицеров и чиновников-кораблестроителей главного командования ВМС, представителей промышленности и министерства Шпеера. Возглавлял комиссию адмирал, назначавшийся главнокомандующим ВМС. Судостроительная комиссия на основе опыта войны определяла требования, предъявляемые к типам военных кораблей, которые предполагалось строить, ремонтировать или модернизировать; она изготовляла также типовые и рабочие чертежи. Споры, возникавшие между членами комиссии, представлявшими флот и министерство военной промышленности, разрешал главнокомандующий ВМС. Таким образом, вопрос о том, что строить, решал флот. Комиссия, во главе которой стоял контр-адмирал Топп, впоследствии зарекомендовала себя очень хорошо. Правильным и ценным было то, что представители тех отраслей промышленности, которые должны были строить корабли с их вооружением и машинами, включались в работу уже в ходе разработки конструкций. Инженеры промышленных предприятий знали новые и более целесообразные пути технической реализации пожеланий военных по сравнению с теми, которые знали флотские инженеры. Это давало возможность избегать в ходе производства задержек и изменений. 21 февраля 1943 года Гитлер утвердил договор о военно-морских вооружениях. С этого момента Шпеер принял на себя ответственность за реализацию текущей судостроительной программы и ежемесячное строительство 40 подводных лодок.
Руководителем главного комитета кораблестроения, то есть органа, который согласно договору должен был практически обеспечивать производство морских вооружений, Шпеер назначил Меркера — генерального директора заводов «Магирус», человека, не связанного с кораблестроением. Шпеер остановил свой выбор на этом промышленнике, потому что у него создалось впечатление, что верфи явно в недостаточной мере использовали современные методы производства. Меркер предложил отказаться от строительства подводных лодок целиком на эллингах верфей и изготовлять их секциями на различных заводах, а верфям поручить только сборку секций, то есть заключительную стадию. Преимущество подобной организации строительства — экономия времени. Позднее выяснилось, что лодки тип IX такого же водоизмещения, как лодки ХХI серии, при секционном строительстве можно было построить за 260 000–300 000 рабочих часов, в то время как для строительства этой же лодки прежним методом требовалось 460 000 часов. По плану Меркера первую лодку ХХI серии предполагалось изготовить уже зимой 1944 года. Это означало, что с лета 1944 года начнется их массовое поступление на флот.