Имелись определенные опасения по поводу больших продольных габаритов новых башен, особенно башни «Бруно», задний свес которой мог задевать носо╜вую надстройку, и ее пришлось бы не╜сколько переделать. Элементы крепле╜ния башен проверялись на верфи Дойче Верке в Киле, где определилась необходимость в дополнительных подкрепле╜ниях, чтобы выдерживать отдачу 38-см орудий. В результате инженеры реко╜мендовали подкрепить фундаменты под старыми барбетами.
Все было готово для составления гра╜фика поступления материалов. В нача╜ле 1943 года на корабль уже можно было ставить новые башни и носовую часть корпуса, появление специалистов Министерства вооружений лишь подстегнуло работы. На верфи теперь круглосуточно находилось до 500 человек. Сдача корабля флоту планировалась на июль. Хороший темп возбудил судостроительную комиссию и появилось требование изменить не только главный калибр. Нем╜цы уже закончили разработку удачного универсального 128-мм орудия, намного превосходящего старое 105-мм. За счет снятия всех 150-мм и 105-мм установок удавалось разместить 22 128-мм ствола в 11-ти закрытых башнях, а число 20-мм автоматов повышалось до 58 (7x4, 30x1). Правда, все 37-мм спарки при этом снимались. Но такое перево╜оружение требовало большого объема работ и времени, а приоритетом в полу╜чении 128-миллиметровок пользовались Вермахт и Люфтваффе. Шпееру пришлось лично встречаться с Рёдером, после этого решили оставить на «Гнейзенау» 150-мм и 105-мм батареи, увеличив только число 20-мм автоматов, так как прорыв через Англий╜ский Канал продемонстрировал важность сильной ПВО кораблей. Новыми 12.8-см универсалками будут вооружены эсминцы тип «С».
Ещё одним принципиальным проектом Кригсмарине был «Граф Цеппелин». 30 ноября 1942 года три буксира в обстановке повышенной секретности, на это время судну даже заменили название, обозначив его в переговорах как «Зандер», вывели авианосец в море. К этому времени успели усилить его зенитное вооружение — на корабле установили три спаренных 37-мм и два счетверенных 20-мм зенитных автомата, а также зенитные прожекторы. 5 декабря в сопровождении трех тральщиков и шести сторожевых катеров «Граф Цеппелин» благополучно прибыл в Киль, где был поставлен в плавучий док верфи Дойче Верке грузоподъемностью 40 000 т.
На корабле начались работы с очень высоким темпом по модернизированному варианту, технический проект которого к этому времени уже был разработан. В соответствии с ним на авианосце усилили зенитную артиллерию до 22 зенитных установок SK С/30 калибра 37 мм и 28 спаренных 20-мм зенитных орудий SK С/38, размещенных на бортовых спонсонах и на надстройке. Артиллерийское вооружение в этом варианте состояло из 16 орудий SK С/33 калибра 150-мм в спаренных казематных установках С/36, 6 спаренных универсальных 105-мм установок С/31, расположенных на острове и верхней палубе. Мостики и посты управления получили противоосколочное бронирование, была удлинена дымовая труба и на ней установлен специальный козырек для лучшего отвода газов от полетной палубы. Для размещения антенн радиолокационных станций обнаружения FuMO- 21 и FuMO-25 была предусмотрена новая мощная мачта. Корабль получил носовую оконечность типа Атлантик-Боу, которая вводилась для всех крупных кораблей германского флота, учитывая суровые условия плавания в Северной Атлантике.
Так как большинство модернизационных мероприятий проводилось на острове по правому борту корабля и сопровождалось увеличением его массы, это существенно ухудшило характеристики остойчивости. Для ее повышения конструкторы предложили снабдить корабль бортовыми булями шириной около 2,4 м, которые позволили бы также значительно улучшить подводную защиту, признанную по опыту боевых действий неудовлетворительной. Кроме того, в центральные отсеки булей перенесли часть вспомогательных механизмов, в них же разместили и дополнительный запас котельного топлива, а остальное пространство было заполнено бетонным балластом. Изменения, внесенные в проект авианосца, привели к тому, что его водоизмещение выросло на 2220 т, а длина увеличилась на 5,4 метра.
Работы велись ритмично и в хорошем темпе, простоев пока удавалось избегать, но уже 30 января 1943 года Рёдер приказал приостановить достройку. Дело в том, что 15 декабря было проведено совещание с специалистами вернувшимися из Японии и изменена концепция применения авианосцев. Отныне авианесущие корабли не предназначались для участия в артиллерийских боях, их сила в численности авиагруппы.