Сомнительно, что Марату доставляло удовольствие вскрывать живых овец и баранов. Скорее всего, в своем одержимом стремлении выделить нервную или «электрическую» жидкость, которую он считал своего рода связующим звеном между материей и духом, он просто не замечал, что исследуемый им «материал» — живые существа. А когда его упрекали в жестокости, отвечал, что «врач может снискать известность только многочисленными вскрытиями, ибо только так врач познает, как устроен человек». Пишут, что в дом к Марату привозили из больниц даже человеческие трупы, чтобы он мог производить вскрытия. Соседям научные занятия Марата докучали: в жаркие дни «лабораторный материал» привлекал тучи мух. Но Марат не обращал внимания на злопыхателей и упрямо продолжал работу.
Исцеление признанной безнадежной одиннадцатилетней девочки, которой он вернул зрение посредством лечения электричеством, диетами и кровопусканием, заставило заговорить о Марате как о будущем медицинском светиле. Брат короля граф д'Артуа предложил ему стать своим придворным врачом, и Марат согласился. Исцеленная Маратом маркиза де Лобеспин рассталась с супругом, чтобы подарить доктору свою любовь. Как пишут современники, в это время Марат жил в прекрасной квартире, обставленной роскошной мебелью, хорошо одевался, носил парик, претендовал на графский титул и запечатывал письма и записки печаткой с дворянским гербом. Многие из будущих вождей революции в молодости превращали свои фамилии в дворянские: Дантон подписывался д'Антон, Робеспьер и Фукье-Тенвиль приставляли к своим фамилиям частичку «де». Впрочем, дворянский титул Марату давать никто не собирался. В стране, неумолимо двигавшейся к революции, аристократы по-прежнему не упускали случая доказать свое превосходство силой. Кардинал Роган приказал слугам побить палками Вольтера. Недовольный результатами и счетом за лечение своей любовницы, граф Забьело приказал своим слугам поколотить доктора Марата, и тот, побитый и со сломанной шпагой, с трудом вырвался из рук двух дюжих молодцев и убежал. Считая, что профессия врача призвана исцелять недуги, а не причинять их, Марат подал на обидчика жалобу в суд, но действия эта жалоба не возымела.
Несмотря на то, что от пациентов у Марата отбоя не было, он уделял им все меньше времени, сосредоточив свое внимание на физических опытах, полагая, что именно поприще ученого-естествоиспытателя принесет ему всемирную славу, поставив на одну ступень с Ньютоном. Борьбу за признание своих научных трудов и открытий Парижской академией наук Марат вел буквально не на жизнь, а на смерть. Но, несмотря на упорство исследователя, издавшего на собственные деньги восемь томов своих научных сочинений, победа осталась за академией: она не приняла его в свои ряды. Ускользнуло и обещанное место президента Испанской академии наук — по убеждению Марата, из-за интриг парижских академиков. На тот факт, что выдающиеся ученые того времени, среди которых был и Кондорсе, не признали его открытий и опровергли чистоту его опытов, Марат не обратил внимания. Зато запомнил, что вместе с другими членами комиссии Кондорсе назвал его если не шарлатаном, то дилетантом. Впоследствии, когда Кондорсе войдет в состав революционного правительства, Марат станет его злейшим врагом. Не признавая никакой критики, Марат отвечал оппонентам как памфлетист, и эти ответы были более яркими и образными, чем запутанные рассуждения Марата-естествоиспытателя. Доктор Марат обладал темпераментом полемиста, но не терпением ученого.
Желая доказать свою правоту, Марат в течение полугода выступал с публичными лекциями и физическими опытами, причем опыты удавались ему гораздо лучше, чем публичная речь, что в век острословов считалось недостатком. Марат это сознавал и раздражался еще больше. Тем не менее его лекции снискали ему поклонников, среди которых в первую очередь следует назвать его будущего политического оппонента Бриссо, чьи ученые достижения также не были признаны академией. Бриссо восхищался Маратом-естествоиспытателем, безоговорочно поддерживал его борьбу с официальной наукой и считал занятия медициной слишком мелкими для человека такого масштаба, как Марат. Между Бриссо и Маратом завязалась дружеская переписка. Лекции доктора Марата по оптике с восторгом слушал еще один будущий его непримиримый противник — Жан Шарль Мари Барбару. К сожалению, значительная часть «Мемуаров» Барбару была уничтожена во время Террора — владелец рукописи не хотел попасть на гильотину за хранение воспоминаний «контрреволюционера».