Первый подход Шеллинга к анализу развивающегося строения знания об «объективном» еще ничуть не противоречил фихтевской установке: иметь дело не с внешней предметностью, а со способом познания, не с объективным, а с субъективным. Но Шеллинг «настигает» наконец естественнонаучную форму познания в том пункте ее развития, где само ее строение находится в совершенно очевидной зависимости от строения ее предмета, так что всякое дальнейшее продвижение философского рассмотрения этого знания должно вылиться в анализ той же самой предметности, с которой имеет дело соответствующая наука. Так, переход от одной отрасли научного знания к другой, например от физики к химии, от химии к биологии, находится в прямой зависимости от конкретного исследования превращений физической формы движения материи в химическую, химической — в биологическую. Не удивительно поэтому, что самим ходом исследования Шеллинг был вовлечен в непосредственные вопросы естественных наук. Он внимательно следил за стремительными переменами в этой области, происходившими у него на глазах. Это была эпоха великих открытий Гальвани, Вольты, Лавуазье, Эрстеда. Поскольку успехи естественных наук составили важнейший источник в формировании у Шеллинга нового взгляда на природу и метода подхода к ее исследованию, необходимо хотя бы вкратце остановиться на некоторых новых данных науки того времени.
Ни один из так называемых видов электричества (стеклянное, смоляное и т. п.) не вызвал столько научных споров и не дал такого толчка развитию науки, как «животное электричество», представление о котором сформировалось на основе опытов Гальвани (1791). Загадка этого явления, казавшегося сначала специфичным для живых организмов, с 1800 г. переместилась в вольтов столб. Это изобретение Вольты послужило опровержением идеи о существовании «особого» животного электричества: последнее в полной мере проявляется также и в неживой природе.
Исследование причин, вызывающих электрический (гальванический) ток, стало делом различных физических наук. Вольта нашел в «животном электричестве» не особую «вещь» или «силу», а обыкновенный продукт взаимодействия различных физических тел (соприкосновение разнородных металлов). Уолластон рассмотрел это явление с точки зрения происходящего в нем химического процесса (окисление), а Деви — с точки зрения взаимодействия как физических, так и химических причин. Явление гальванизма опровергало представление об обособленности сил неживой природы. Соответственно стали разрушаться резкие перегородки между науками. Благодаря исследованиям Деви (1806–1812) удалось произвести разложение воды электрическим током и проникнуть в связь электрических и химических процессов. Понимание связи электричества и магнетизма вышло за рамки простых аналогий, подготавливалось сенсационное открытие Эрстеда (1820) — воздействие электрического тока на магнитную стрелку. Шеллинг оказался современником зарождения учений об электрохимизме и электромагнетизме.
В области биологии на него произвели глубокое впечатление эволюционные взгляды К. Ф. Кильмейера, пытавшегося объяснить развитие жизненных процессов в животных организмах через единство и взаимодействие естественных сил. Умами ученых уже завладела идея развития как дифференциации основных сил природы и интеграции их в сложные системы взаимодействия (Эшенмайер, Риттер).
В естественных науках стали рассматривать уже не просто те или иные повторяющиеся виды движения, но превращение одних видов движения в другие. Теория этих превращений, несомненно, должна также относиться к компетенции естествознания, и оно Шеллинг предчувствует этот сдвиг — приближается к тому, чтобы обрести форму такой теории, стать учением о природном движении, как таковом, о закономерностях превращений этого движения. Теория таких превращений была бы одновременно и изображением истории превращений движения. А между тем подобного рода теория уже по-своему дана в фихтевском наукоучении. В самом деле, самосознание у Фихте понято как само движение, и он изображает метаморфозы этого движения, как такового, историю духа. Не распахнут ли в таком случае внешний мир перед нами, «чтобы мы могли снова отыскать в нем историю нашего духа»? (14, 1, 383).