Философия Фихте, принимающая сознание за отправной пункт, никогда не может дойти до единства сознания с природой, до тождества Я и не-Я, ибо она начинает с отделенности сознания от природы, так что принцип исходной тождественности остается неизменно за пределами сознания (см. 10, 228). Отсюда получается, что фихтевское понимание природы в каком-то отношении воспроизводит кантовскую «непознаваемую» вещь в себе, с тем только оттенком, что мы не то чтобы «не можем», но не хотим, не должны и нам нет надобности познавать ее; природа не должна иметь к нам никакого отношения, мы не желаем считаться с тем, что она есть «в себе», ее назначение — быть «для нас», чтобы подчиняться нашей власти над нею, нашей воле, призванной к господству над природой. Природа признается только в образе врага всего разумного, и поэтому «разум находится с природой в постоянно продолжающейся борьбе» (35, 90). Установка разума — обуздывать природу, как дикого зверя, не мир и согласие с нею, а вражда и навязывание ей своей субъективной воли.
Попытка взглянуть на природу «незаинтересованно», бескорыстно, подойти к ней чисто теоретически, без вражды, без насилия над нею (ибо линия вражды и непримиримости к природе отваживает от имманентного постижения ее, препятствует пониманию ее самобытной сущности), с готовностью к согласию и с чувством интимной дружбы, если угодно, любви к ней — вот что отличает Шеллинга от Фихте. Натурфилософ вступает по данному вопросу в союз с романтиками: для достижения нового, «задушевного» единения с природой человек должен проявить инициативу в изменении отношения с нею — побороть в себе своекорыстные узурпаторские вожделения, укротить «натиск» на природу, претензии на господство над нею. Ибо именно установкой на насилие над природой (философия Фихте хорошо выражала интеллектуальный климат в этой ситуации) человек проектировал себя как субъекта, враждебно противостоящего природе как объекту, и приписывал сущностные характеристики только себе, лишая вместе с тем природу ее собственной сущности, ее «самости».
У Фихте Я делает природу противоположностью себе, по Шеллингу же, напротив, природа сама своим собственным развитием превращает себя в противоположность себе самой: становление — в ставшее, бессознательное — в сознающее себя. Шеллинг хочет видеть и познавать природу не в свете уже сформировавшегося и «обособившегося» от нее сознания, а в ее собственном природном свечении, постигать природу не извне, а встав на точку зрения самой природы, не привнося в нее своего субъективного видения, света своего разума. Этим путем он намеревается раскрыть, вернее, показать, как природа сама через себя раскрывает все, вплоть до сознания, этой высшей противоположности, которую она производит из себя.
«Попав в мои руки, объект уже прошел через все метаморфозы, необходимые, чтобы возвести его в сознание. Увидеть объективное в самом начале его возникновения можно, лишь депотенцируя объект всякого философского размышления, который в своей высшей потенции равен Я, и конструируя с самого начала этот низведенный к низшей потенции объект» (14, 4, 84). При таком подходе мы попадаем, по мнению Шеллинга, в живые родники природного творчества, не доступные взгляду извне. Он подчеркивал эвристический характер натурфилософского метода (потенцирования) и называл натурфилософию («умозрительную физику») «матерью всех великих открытий в естествознании», «душою истинного опыта» (14, 3, 280). Он был убежден, что его метод «потенцирования» не только позволяет проникнуть в суть природных процессов, но что этот метод вполне тождествен способу действия самой природы.