Таким образом, историческую ценность составило в шеллинговском представлении об эволюционном процессе не мнимое «опровержение» материализма, а антидуалистическое направление мышления.
Шеллинг видел свою задачу в том, чтобы привести в систему «все обломки (познаний. — В. Л.) великого целого природы» (5, 12), упорядочить разрозненные опытные данные о природе, возвести представление о каждом явлении в знание путем установления надлежащего ему места в системе сообразно достоинству или «ценности» этого явления в восходящем ряду степеней от низших к высшим: от материи, этого «общего семени Вселенной», к человеческому сознанию и самосознанию. Механизм, химизм и организм суть три первые ступени бессознательного развития природы и духа. Человеческое сознание не есть ни изначально существующее, ни внезапно порожденное из мрака недуховного начала, но имеет предысторию своего становления в рамках противоположных себе материальных форм.
Этого рода концепция столь значительно расходилась с наукоучением, с этой предпосылкой ее формирования, что Фихте увидел наконец в гениальном своем ученике не последователя, а противника. Натурфилософ подвергся нареканиям: он-де впал в «догматизм», т. е. в материализм. Шеллинг напрочь отверг такое обвинение. Он отстаивал только приоритет «идеализма природы» перед «идеализмом Я»: первый для него первоначален, а второй носит производный характер. Это, конечно же, не материализм. Тем не менее натурфилософия находится в явной конфронтации наукоучению и по исходному пункту, и по принципу.
Надо заметить, что, приступив к разработке натурфилософии, Шеллинг собирался лишь упрочить наукоучение в основании и развить в следствиях (подтвердить учением о природе). Но оба направления: обоснование принципа «Я есть всё» и развертывание следствий — сливались воедино и влекли с необходимостью, присущей диалектическому ходу мысли, к более глубокому основанию, несущему в себе более общий принцип: «всё есть Я»; простое формальное оборачивание прежнего принципа придало новый характер всему дальнейшему движению мысли и привело к замечательному положению о том, что теория познания должна быть выводом из изучения природы.
Учение о естественном процессе переросло во вторую часть натурфилософии — в учение о познавательном процессе; натурфилософия стала своеобразной теорией познания. Налицо выявилась новая ситуация: натурфилософия, происшедшая из наукоучения, не просто раздвинула его границы, но так преобразовала его, что обособилась и обрела независимость, стала самостоятельной и превратила гносеологию в собственном смысле слова в свое продолжение, в следствие, вытекающее из натурфилософии. А с другой стороны, фихтевская гносеология, будучи преодоленным натурфилософией и снятым ею внутри себя моментом, продолжала вместе с тем в своем первозданном и отнюдь не «снятом» виде не только существовать, но и во всеоружии противостоять последней извне.
Движение в рамках натурфилософского принципа дало изображение предыстории самосознания и привело к Я, откуда весь дальнейший путь должен был бы стать повторением трансцендентальной философии (т. е. учения Фихте о прогрессе самосознания). Так обычно и смотрят на соответствующее этому этапу произведение 1800 г. — «Систему трансцендентального идеализма». Однако вряд ли согласился бы Фихте допускать в трансцендентальном идеализме, как это делает его преемник, равную возможность принимать за первичное как самосознание (субъективное), так и природу (объективное); не мог создатель наукоучения признать и то, что «натурфилософия и философия трансцендентальная делят между собой два возможных направления философствования», тем более то, что трансцендентальную философию следует считать «второй необходимой первонаукой философии» (10, 14; 15), а натурфилософию — «первой».
Согласно Фихте, природа только «негативное», а по Шеллингу, она нечто положительное. Оба мыслителя называют натурфилософию и трансцендентальную философию противоположностями, но именно в этом пункте они коренным образом расходятся друг с другом: по Фихте, противоположность заключается в том, что философия может быть только наукоучением, а не натурфилософией (см. 36, 126), а по Шеллингу, то и другое суть два полюса одной философии. Вся система философии, утверждает последний, находит себе завершение «в двух основных науках, взаимно себя восполняющих и друг друга требующих, несмотря на свою противоположность в принципе и направленности» (10, 15).