Напротив, Наполеон думал, что перед ним вся прусская армия, и поэтому тщательно обследовал местность, потратив половину ночи на укрепление своих позиций. В темноте, незаметно для неприятеля, французские солдаты заняли гору Ландграфенберг, которая главенствовала над окрестностями Йены. В полном мраке 30 000 французов вскарабкались наверх по тропам и втащили пушки, заняв тем самым выгодную исходную позицию для атаки. Левым флангом французской армии командовал маршал Ожеро. В центре французских позиций стоял корпус маршала Ланна, несколько позади него находилась императорская гвардия. На правом фланге располагался корпус маршала Сульта.
Наконец рассвело. Все участники исторического дня отмечали, что утром стоял с густой туман. Сражение началось в 6 часов 14 октября. Первым в бой двинулся корпус Ланна, который за три часа отбросил 8-тысячный авангард пруссаков под командованием Тауенцина и занял ряд позиций под Каспедой, Лютцероде и Клозвицем, ранее удерживаемые неприятелем. Во время этих событий князь Гогенлоэ оставался совершенно спокоен, и лишь бегущие войска авангарда дали ему понять, что опасность близка. Туман окончательно рассеялся, и Гогенлоэ к своему величайшему изумлению обнаружил, что па его позиции и с высот Ландграфенберг, и с флангов, и против центра — со всех сторон идут атакующие французские полки. Это изумление командующего армией, проглядевшего начало наступления противника, стало своего рода «классикой».
В 8 часов Гогенлоэ срочно запросил помощи из Веймара от генерала Рюхеля. Сам же попытался собрать свои войска в единый кулак из разбросанных на большом расстоянии друг от друга биваков. Подняв свой лагерь и собрав около 25 000 человек, он двинул их навстречу французам к деревне Фирценхейлинген. Пруссаки устремились вперед по всем правилам линейной тактики, открыв массированный огонь без прицеливания.
В это же время вслед за Ланном вступили в бой войска Сульта и Ожеро. Первый поднимался от долины реки Заале к Клозевицу, второй прошел по Мюхтальскому ущелью на Каспеду. Двигаясь к Клозвицу, Сульт столкнулся с отдельно стоявшим в лесу отрядом генерала Гольцендорфа на левом фланге прусских позиций. В течение двух часов французы пытались овладеть лесом, стремясь сбить пруссаков с позиций. Наконец им это удалось, и противник, потеряв 5000 убитыми и ранеными, отступил.
Пока происходили эти события, маршал Ней заметил движение пруссаков к Фирценхейлингену. Тогда он с 3000 солдат укрепился в этой деревне и в течение часа выдерживал натиск основных сил Гогенлоэ. Линейная тактика оказалась совершенно непригодной по отношению к врагу, который довел свою стрельбу в рассыпном строю до совершенства. Из построек, из-за заборов французы палили по стоявшим невдалеке от них прусским линиям, как по мишеням. Прусско-саксонские войска понесли жестокие потери в бесплодных атаках, но выбить французов из деревни не смогли. Тем не менее пруссаки дрались упорно. Видя сложное положение Нея, Наполеон отдал приказ Ланну поддержать его.
В 13 часов императору сообщили, что резервные линии французской кавалерии развертываются на исходных позициях, а следом за ними выстраиваются в боевой порядок две свежие дивизии из корпуса Нея. Когда же наконец обходные колонны Сульта и Ожеро, завершив маневр, дружно ударили по противнику с флангов, Наполеон отдал приказ к решительной атаке всеми силами, включая резервы. Гогенлоэ еще мог спасти свою армию от полного уничтожения, сыграв своевременное отступление. Но он был не способен ни на какое решение: с бессмысленной тупостью он ждал Рюхеля, а тот все не приходил. В генеральном наступлении французские войска опрокинули прусско-саксонские линии и обратили их в бегство, которое стало всеобщим и паническим. Один лишь саксонский гренадерский батальон держался стойко. Он окружил главнокомандующего и медленно совершал правильное отступление.
В 14 часов, когда битва при Йене была безвозвратно проиграна, на поле боя появился генерал Рюхель. Однако он уже не смог исправить положение. Вместо того чтобы прикрыть отступление разбитой армии, Рюхель, построив войска в две развернутые линии с конницей на флангах, ринулся на французов. Последние встретили атакующих сильным ружейным и артиллерийским огнем, а затем превосходящими силами контратаковали с фронта и с флангов. Уже через полчаса корпус Рюхеля был опрокинут и разбит, а сам генерал получил тяжелое ранение.
Бегущих пруссаков и саксонцев преследовала кавалерия Мюрата. Часть армии Гогенлоэ бросилась к Веймару, надеясь найти спасение за его стенами. Но всадники Мюрата на плечах отступавших ворвались на городские улицы и, разгоряченные преследованием, рубили всех, кто попадал под руку, не слушая криков о пощаде и не беря в плен. Сотни обезумевших людей гибли под клинками французов, давили друг друга, были растоптаны лошадьми. Прусская армия была наголову разгромлена. Часть беглецов во главе с Гогенлоэ устремилась к Наумбургу, надеясь соединиться с армией герцога Брауншвейгского. Но неожиданно к ним присоединились толпы других беглецов, кричащих, что армия герцога тоже разбита...
Ауэрштедт. 14 октября
Наполеон дунул на Пруссию, и она перестала существовать.
Г. Гейне
Под Йеной сражалось прусско-саксонское войско... против почти двойного количества французов, и феодально-княжеский болван против гениального мастера войны... Под Ауэрштедтом 50 000 пруссаков, предводительствуемые прусским королем и герцогом Брауншвейгским, были побеждены 27 000 французов, которыми командовал обыкновенный маршал.
Ф. Меринг
Действительно, в тот же день произошло еще одно сражение, опередившее по результатам первое.
Уже вечером 13 октября отступавшие главные силы прусской армии находились в полном беспорядке. Среди солдат царило смятение. Находясь в безвыходном положении, не имея продовольствия, дров и соломы, они разграбили Ауэрштедт, где находились король и герцог. Не было никаких осмысленных распоряжений, о рекогносцировке окрестностей никто и не думал.
И поэтому, когда 14 октября в 6 часов утра прусские войска двинулись дальше на север, то в густом тумане совершенно неожиданно наткнулись на корпус маршала Даву, который по приказу Наполеона вышел из Наумбурга, чтобы зайти в тыл врагу. Французы успели по Кезенской переправе перейти реку Заале и выйти к деревне Хассенхаузен. К ней же вышел и авангард прусских войск под командованием Блюхера. После короткого встречного боя французы заняли Хассенхаузен, оседлав дорогу к мостам.
Блюхер получил в подкрепление конницу дивизии генерала Вартенслебена и снова атаковал противника. Французы, построившись в батальонные каре, устояли против яростной атаки прусской конницы. Понеся значительные потери, пруссаки начали отход, а после контратаки французских конных егерей, пустились в бегство. Присутствовавший при этом король пытался остановить свою кавалерию, но сам был увлечен стихийным потоком бегущих и даже сбит с лошади.
Между тем подошла прусская инфантерия (пехота). Бездействовавшая перед Хассенхаузеном дивизия генерала Шметтау после подхода пехоты Вартенслебена по приказу герцога атаковала французов в деревне. И снова длинная линия прусского боевого порядка оказалась совершенно неспособной сделать что-нибудь против стрелковой тактики французов. Встреченная артиллерийским и ружейным огнем, прусская пехота остановилась, находясь в открытом поле в развернутом строю и неся большие потери от французских стрелков. Повторная атака деревни также была неудачной. Во время сражения герцог Брауншвейгский и генерал Шметтау получили смертельные ранения. 82-летний фельдмаршал Меллендорф, заменивший герцога, также был ранен. В командование вступил король Фридрих Вильгельм III. Но управление было нарушено. Распоряжения короля не носили целесообразного характера. Фактически распоряжались штабные офицеры главной квартиры, каждый по своему усмотрению. Приказами или бездействием других генералов многие прусские части удерживались на далеком расстоянии от поля боя. В результате всего две пятых главных сил вообще не приняли никакого участия в сражении.