Русская армия, ведя упорные арьергардные бои, отходила к реке Нарев. В результате множества мелких стычек и маневров большая ее часть сосредоточилась у Пултуска, где Каменский решил дать генеральное сражение французам. В это время Наполеон, рассчитывая окружить и уничтожить русских в районе Голымина, северо-западнее Пултуска, где по ошибочным данным французской разведки находились главные силы противника, с основной группировкой своих войск двинулся к этому пункту, а корпус Ланна направил к Пултуску с задачей выйти в тыл русским и отрезать их от переправ через Нарев.
В ночь 26 декабря Каменский внезапно отказался от принятого решения и приказал войскам отступать в Россию. Сам же, сняв с себя командование, выехал в тыл. Его поступок историки объясняют только следствием душевного расстройства, у фельдмаршала попросту «поехала крыша». Последний его приказ об отступлении не дошел до всех частей, внес невероятную путаницу и едва не привел русскую армию к катастрофе.
Отъезд фельдмаршала означал безначалие. Никто из генералов, командовавших корпусами, не желал подчиняться друг другу. Особенно сильной была вражда между Беннигсеном и Буксгевденом, что, естественно, отрицательно влияло на ход боевых действий. Получив приказ об отходе к русским границам, Беннигсен решил не подчиняться старшему по чину Буксгевдену, мотивируя это необходимостью собрать все силы и все же дать бой. В составе корпуса Беннигсена было около 45 000 человек и 200 орудий. Корпус Эссена повернул на Россию, а Буксгевден нерешительно топтался на месте, не желая соединиться с Беннигсеном.
Утром 26 декабря под Пултуском произошло кровопролитное сражение, длившееся весь день. Весь корпус Беннигсена расположился впереди города, упираясь в него левым флангом. Пехота встала в две линии, впереди нее развернулись шесть полков регулярной кавалерии и казаки. Третью линию составлял резерв.
Подойдя к Пултуску, Ланн, имея 20 000 человек и 120 орудий, решил атаковать Беннигсена, рассчитывая на помощь Наполеона. Битва была яростной и французы вынуждены были отступить, потеряв около 6000 убитыми и ранеными. Русские потери составили более 3000 человек. Несмотря на полный успех, Беннигсен решил отойти к Остроленке. Он вынужден был это сделать, исходя из общего неблагоприятного положения дел и вследствие непосредственной угрозы со стороны главных сил Наполеона.
Одновременно произошло кровопролитное сражение у Голымина между дивизиями Дохтурова, Голицына и 12 кавалерийскими корпусами Беннигсена, с одной стороны, и корпусами Ожеро, Даву и Сульта — с другой. Невзирая на тройное преимущество неприятеля, русский войска под командованием Голицына сдерживали атаки главных сил французов в течение дня и только к вечеру начали отход. Русские полки отошли в полном порядке. Французы их не преследовали.
Декабрьские сражения показали наполеоновским солдатам, что им придется иметь дело не с упавшими духом пруссаками, а со свежими и стойкими полками русских. Уже на первом этапе войны достаточно ясно выявились преимущества новой организации русских войск. С переходом в 1806 году к дивизионной системе в руках командира дивизии находилось 15—20 тысяч человек, дивизия могла в течение 1—2 суток вести самостоятельный бой до подхода главных сил. Это было неожиданностью для Наполеона. Задуманный им план окружения и разгрома русской армии у Пултуска провалился. Перспектива затяжной войны не устраивала Наполеона, поэтому он сделал попытку приступить к мирным переговорам, но неудачно.
Противники разошлись на зимние квартиры, при этом, как писал Меринг: «Обе стороны были охвачены неприятным ощущением того, что здесь столкнулись противники, непобедимые друг для друга. Французские войска еще никогда не сражались в такой суровой и негостеприимной местности; искусство их стрелков, умевших сбивать своим метким огнем тонкие и длинные линии наемного войска, было бессильно против крепких, стоявших друг за другом бесконечных рядов русской пехотной массы, привычной ко всем невзгодам северного климата; Наполеон был принужден... возвратиться к старому, отвергнутому им методу войны, расположив свои войска на зимних квартирах и начав брать крепости, находившиеся у него в тылу».
После сражения у Пултуска Наполеон, не решившись преследовать русскую армию, принял решение утвердиться на Висле, подтянуть подкрепления из Франции и подготовиться для дальнейшего ведения войны. К началу 1807 года французская армия насчитывала до 200 000 человек, а русские увеличили свои силы до 105 000 человек. Боевые действия были перенесены с польского театра военных действий в Восточную Пруссию, там у пруссаков сохранилась последняя военная база в Кенигсберге. Наполеон рассчитывал пробыть в Варшаве до весны, где у него бурно развивался роман с Валевской, но уже в начале января он узнал, что русские начали движение, и спешно уехал в армию.
Русская армия под командованием генерала Беннигсена, базировавшаяся на Кенигсберг, развернула в начале января наступление от Бялы на запад, с целью разгромить по частям выдвинутые вперед корпуса Нея и Берна-дота. Русским удалось заставить отступить Нея, но из-за нерешительности Беннигсена поставленная задача выполнена не была.
20 января Наполеон, собрав свои войска с зимних квартир — около 70 000 человек при 450 орудиях — двинул их от Алленштейна на север с целью отрезать русскую армию от сообщений с Россией, окружить и уничтожить ее. Бениигсен, узнав об этом, отвел войска к Прейсиш-Эйлау 7 февраля на подступах к городу арьергард Багратиона сдержал превосходящие силы противника, обеспечив главным силам русской армии занятие позиций на высотах севернее города.
Задача русских заключалась в том, чтобы в оборонительном бою нанести противнику решительный удар и не допустить его прорыва к Кенигсбергу. В связи с этим их войска расположились северо-восточнее Прейсиш-Эйлау, упираясь своим правым крылом в деревню Шлодиттен, а левым к мызе Клейн-Саусгартен. Таки образом, русские войска занимали позицию, которая одновременно прикрывала две дороги — одну на Кенигсберг, а другую на Фридланд, ведущую к русской границе. Две линии фронта сходились под тупым углом в одной версте от Эйлау. В вершине этого угла была сооружена мощная батарея, вооруженная 70 орудиями. У деревни Шлодитен была возведена батарея на 60 орудий, у Заусгартена находилась батарея в 40 орудий. Русская армия построилась по дивизиям, имея в первой линии развернутые батальоны с действующими впереди в рассыпном строю стрелками, во второй — батальонные колонны, в третьей — общий резерв. Две легкие артиллерийские роты были поставлены рядом с шлодитенской батареей, а остальные — в интервалах между полками. Центральная батарея была прикрыта с фронта Московским и Шлиссельбургским полками. Наполеону не удалось своевременно обнаружить эту батарею, и данное обстоятельство стало роковым для корпуса Ожеро. Начальником всей русской артиллерии был назначен генерал Резвый. Конницу разделили на три группы, которые располагались за правым флангом, центром и левым флангом, находясь под общим командованием генерала Голицына.
Правым крылом русской армии командовал генерал Тучков, центром — Сакен, левым крылом — генерал Остерман-Толстой. Общая численность войск составляла около 68 000 человек при 400 орудиях. Кроме того, ожидался на подходе прусский корпус Лестока в 8000 человек. В общем все расположение русской армии вытекало из стремления обеспечить активную оборону.
Наполеон сосредоточил у Прейсиш-Эйлау более 70 000 человек и 450 орудий. Главный удар французский император предполагал нанести по левому крылу русских, чтобы отрезать им сообщения с Россией. В общий же план сражения входила задача окружить армию противника и уничтожить ее. Для этого, удерживая русские войска с фронта, Наполеон поставил задачу Нею и Даву обойти оба фланга русской позиции. Кроме того, Ней имел приказ не допустить соединения с Беннигсеном корпуса Лестока. Три дивизии Сульта занимали позиции левее дороги на Кенигсберг, составляя левое крыло французских войск. Остальные силы образовывали центр и правое крыло и должны были при подходе 25-тысячного корпуса Даву атаковать левое крыло русских и, опрокинув их, выйти им в тыл. Совместно с Даву, наступавшим через Зерпален на Заусгартен, должны были действовать дивизия Сент-Иллера, корпус Ожеро и вся кавалерия. Против русского левого фланга Наполеон, таким образом, сосредоточил три четверти своих сил.