Израильское вторжение в Ливан в 1982 году (военная операция «Мир в Галилее») ненадолго оживило Японскую Красную Армию.
Израильские войска вошли в Ливан с целью уничтожения баз Организации Освобождения Палестины. В ходе войны был взят Бейрут, а формирования ООП были вынуждены покинуть страну и перебраться в Тунис. После окончания операции израильские войска создали в Южном Ливане «зону безопасности», которую контролировали совместно с «Армией Южного Ливана» вплоть до 2000 года. В самом Израиле данная операция долгое время не признавалась войной. В специальном выпуске своей публикации «Солидарность» Ниппон Сэкигун резко раскритиковала вторжение: «От имени японского народа мы, Красная Армия Японии, осуждаем жестокий геноцид, устроенный Сионистским Израилем». Следующий выпуск призывал народ Японии сплотиться в поддержку Организации Освобождения Палестины.
В мае 1985 года получил свободу Кодзо Окамото, который отбывал срок в израильской тюрьме за участие в бойне в аэропорту Лод. Его и еще несколько заключенных обменяли на пленных израильских солдат.
14 мая 1986 года боевики Ниппон Сэкигун обстреляли из миномёта японское, канадское и американское посольства в Джакарте, в Индонезии. Человеческих жертв не было, ущерб был нанесен чисто символический.
9 июня 1987 года точно так же из миномета были обстреляны американское и британское посольства в Риме. Опять-таки, человеческих жертв не было, ущерб был нанесен минимальный.
12 апреля 1988 года в штате Нью-Джерси с тремя самодельными бомбами был арестован член Красной Армии Японии Иу Кикумура.
Ему было предъявлено обвинение в подготовке массового убийства. В феврале 1989 года власти США опубликовали официальное заявление, что Кикумура планировал взорвать пункт приёма рекрутов ВМС США на Манхеттене. Теракт должен был произойти 14 апреля 1988 года — в годовщину бомбардировок Ливии авиацией США. В апреле 1986 года США провели против Ливии военную операцию под кодовым названием «Каньон Эльдорадо», поводом для которой послужило обвинение Ливии в поддержке международного терроризма (Каддафи действительно поддерживал террористические организации, впрочем, делал это вполне открыто). Кикумура был осужден судом присяжных на основании установленных фактов и приговорен к 30 годам тюремного заключения.
Тем не менее, теракт, приуроченный к годовщине бомбардировок Ливии авиацией США, все-таки произошел — в Неаполе, Италия. 14 апреля 1988 года перед фасадом дома отдыха для военнослужащих США взлетел на воздух начиненный взрывчаткой автомобиль.
В результате взрыва погибли 5 человек (1 военнослужащий ВМС США и 4 гражданина Италии) и были ранены 15 человек (5 военнослужащих ВМС США и 10 гражданских лиц). Исполнителем теракта был гражданин Японии Дзюнзо Окудайра. Он был одним из трех боевиков, захвативших французское посольство в Гааге, также он являлся ответственным за минометный обстрел американского и британского посольств в Риме.
Кстати, он по-прежнему в розыске. Американская программа «Вознаграждение за помощь правосудию» (RFJ) предлагает за информацию о его местонахождении 5 миллионов долларов.
Взрыв в Неаполе стал последним террористическим актом, совершенным Красной Армией Японии.
В 1989 году, всего через несколько месяцев после последней террористической атаки Ниппон Сэкигун, началась цепь событий, которые привели к развалу социалистического лагеря и положили конец Холодной Войне. Мир вскоре серьезно изменился. Ливан, расколотый гражданской войной на территории, подконтрольные мусульманским и христианским общинам, все же с трудом, но стал объединяться. Организация Освобождения Палестины села за стол переговоров с Израилем, отказавшись от террора, как инструмента своей политики. Исчез с карты Советский Союз, десятилетиями поддерживавший оружием и деньгами борцов с империализмом. Вместе с Холодной Войной перестала существовать и Ниппон Сэкигун. Оставаться на Ближнем Востоке японским красноармейцам стало небезопасно.
В марте 1995 года в Румынии была задержана член Ниппон Сэкигун Юкико Экида. До вступления в Красную Армию Японии она была членом другой организации — Восточноазиатского антияпонского вооруженного фронта — ее разыскивали за организацию серии взрывов, направленных против крупных японских компаний в 1974 и 1975 годах. Ее депортировали в Японию, где она была приговорена к 20 годам лишения свободы.