25 мая 1996 в Лиме, Перу, агентами перуанского управления по борьбе с терроризмом был задержан член Ниппон Сэкигун Кадзуэ Есимура, принимавший участие в захвате заложников в Гааге. Перуанские власти предполагали, что Есимура намеревался наладить контакты с членами маоистского повстанческого движения «Сияющий путь». Подтвердить это предположение не удалось, и перуанские власти депортировали Есимуру в Японию.
В 1996 году в Непале был арестован член Ниппон Сэкигун Цутоми Сиросаки, в 1986 году обстрелявший из миномёта посольство США в Джакарте. Он был передан властям США и осуждён на 30 лет тюремного заключения. В 2015 году он был депортирован в Японию.
В феврале 1997 года в Бейруте были задержаны пять членов Японской Красной Армии, которым было предъявлено обвинение в использовании поддельных паспортов. Японское правительство потребовало от Ливана их выдачи. Задержанные обратились к правительству Ливана с просьбой предоставить им политическое убежище. Среди этих пятерых был Кодзо Окамото — последний выживший участник бойни в аэропорту Лод. Ливанское правительство предоставило ему политическое убежище, поскольку он «участвовал в операциях сопротивления против Израиля и подвергался пыткам в израильских тюрьмах». Окамото по-прежнему разыскивается японским правительством. В настоящее время он проживает в лагере беженцев близ Бейрута.
Четверо других членов Ниппон Сэкигун были депортированы в Японию.
В начале ноября 1997 года в городе Санта-Крус (Боливия) был задержан боевик Ниппон Сэкигун Дзюн Нисикава — участник захвата заложников в Гааге в 1974 и угона самолета в 1977. Он также был депортирован в Японию. В родной стране его приговорили к пожизненному заключению.
И, наконец, настала очередь бессменного лидера Японской Красной Армии — Фусако Сигэнобу.
В 2000 году Сигэнобу вернулась в Японию — по поддельным документам. Некоторое время она проживала в квартире в районе Нисинари, в Осаке. Сигэнобу планировала создать в Японии новую организацию — Народно-революционную партию, для этого она хотела начать сотрудничество с Японской социал-демократической партией.
Полиция Осаки инспектировала сторонников Японской Красной Армии и выяснила, что в их префектуре поселилась женщина, похожая на известную террористку. Сигэнобу маскировала свою внешность, но ее выдавали привычки. Она постоянно посещала одно и то же кафе. Сотрудники полиции сняли отпечатки пальцев с чашки, из которой Сигэнобу пила кофе, и сопоставили их с отпечатками, которые были в их базе данных.
8 ноября 2000 года Фусако Сигэнобу была арестована. Японские граждане были поражены, увидев закованную в наручники знаменитую террористку, в сопровождении полицейских выходящую из поезда в Токио. Когда ее окружили репортеры с телекамерами, она подняла руки и показала большие пальцы вверх, воскликнув: «Я продолжаю борьбу!»
В 2001 году Государственный департамент США вычеркнул Красную Армию Японии из списка действующих террористических организаций.
В 2006 году Фусако Сигэнобу получила 20 лет заключения.
Наследие
1 марта 1973 года в Бейруте Фусако Сигэнобу родила дочь. Ей дали имя Мэй. Имя отца Фусако всю жизнь держала в тайне — из соображений безопасности. По некоторым предположениям, это может быть кто-то из палестинских полевых командиров.
Напомним, что немецкая городская партизанка Ульрика Майнхоф тоже была матерью. Перед тем, как отправиться на Ближний Восток, она оставила двух своих дочерей в коммуне хиппи на Сицилии и распрощалась с ними навсегда. Разумеется, она не хотела подвергать жизнь своих детей опасности. Все последующие годы ей приходилось скрываться, не могла же она таскать детей за собой. Через некоторое время журналист Стефан Ауст (коллега Ульрики Майнхоф и автор книги «Группа Баадера-Майнхоф») выкрал детей из коммуны и вернул их отцу — мужу Ульрики, главному редактору журнала «Конкрет» Клаусу Райнеру Рёлю.
Фусако Сигэнобу поступила иначе. Она не бросила дочь. Мэй провела свое детство в лагерях палестинских беженцев в Ливане; лагеря были переполнены грязными полуголодными малолетними оборванцами, Мэй стала одной из множества палестинских детей и выросла в тяжелых условиях. Фусако Сигэнобу могла подолгу отсутствовать, и Мэй воспитывалась в те периоды товарищами ее матери по Японской Красной Армии и арабскими друзьями и сторонниками.