В Токио Асахара жил с 1976 года, пытался поступить в Токийский университет, но неудачно. Вскоре после женитьбы (только что созданную семью надо было содержать) открыл аптеку. В статье «Дело японской секты “Аум Сенрикё”. Зарин, средство постижения истины», опубликованной 20 мая 1995 года в газете «Коммерсантъ», говорится, что Сёко Асахара в 1982 году был уличён в продаже контрабандных медикаментов, и лишён лицензии. По другим данным, он открыл аптеку вообще без лицензии и был оштрафован на 200 000 иен. Примерно в эти же годы, как гласит официальная версия его биографии, начались его религиозные поиски.
В 1984 году он основал религиозную организацию «Аум синсен-но-кай» («Общество волшебников Аум», в другом переводе её название звучит как «Общество горной истины»). Причём, если верить публикации в «Коммерсанте», в то время компания «Аум» занималась ещё и книгоиздательской деятельностью, плюс – работала как центр обучения йоге и медитации. Вскоре по возвращению из Гималаев, в 1989 году, Сёко Асахара переименовывает её в «Учение истины АУМ» («Аум Сенрикё»).
Считается, что смысл учения Асахары представлял собой коктейль из вульгарно понятых, странным образом перемешанных идей, взятых из различных религий, верований, конспирологических и апокалиптических теорий разного направления. Причём в интерпретации Асахары эти идеи нередко противоречили друг другу. Асахара является автором нескольких книг.
Сергей Палий, автор статьи в «Совершенно секретно», о религиозной доктрине Сёко Асахары пишет следующее: «Умиротворяющая буддийская идея бесконечных перерождений приобрела у него не свойственную ей кровожадность. Отрицание окончательности смерти помогло Асахаре убедить его боевиков в том, что убийство противника или грешника – не преступление, а перевод заблудшей души в другое качество. На жаргоне секты “мокрое дело” так и называлось – “поа” (в переводе с санскрита – “путешествие души”).
Из христианско-иудейской традиции Асахара перенял доведённый до абсурда культ пророка-мессии и идею Апокалипсиса. Свою истерическую веру в скорый “конец света” и “Последнюю войну добра и зла” гуру замешал на модных предсказаниях Нострадамуса. Положенное в название его секты слово “Аум” было позаимствовано у древних индийцев. Это состоящее из трёх букв слово кто-то переводит как “прошлое-настоящее-будущее”, кто-то – как “рождение-смерть-жизнь”».
В феврале 1990 года Сёко Асахара и ещё 24 члена его организации баллотируются в нижнюю палату японского парламента. Неудача была полной: депутатом не был избран ни один кандидат.
Считается, что религиозная организация «Аум Сенрикё» (после разгрома 1995 года существовала под названием «Алеф») получила мировую известность при печальных обстоятельствах – когда 20 марта 1995 года участники секты осуществили газовую атаку в токийском метро. В результате отравления газом зарин 12 человек погибли, несколько десятков человек получили серьёзные отравления, около 1000 человек имели временные проблемы со зрением. В статье японского корпункта газеты «The Wall Street Journal» от 27 июня 2014 года («Sarin Gas Attack in Matsumoto Marks 20th Anniversary», «20-летие зариновой газовой атаки в Мацумото») эти данные были уточнены: погибло 13 человек и 6300 пострадали.
В 1995 году руководство «Аум Сенрикё» заявляло, что имеет в Японии не менее 9000 последователей, и порядка 40 000 адептов своего учения – в иных странах (во всяком случае, эти цифры, со ссылкой на руководство «Аум», можно найти в общедоступных источниках информации). С другой стороны, в русскоязычной статье интернет-энциклопедии «Википедия» можно найти информацию, согласно которой лидеры «Аум Сенрикё» ещё в январе 1994 года оценивали количество сторонников своего учения только в Москве числом в 35 000 человек, а в целом по РФ – немногим менее 50 000 человек. Так или иначе, но связи «Аум Сенрикё» с Россией вообще представляют немалый интерес для вдумчивого исследователя.
В России «Аум Сенрикё» действовала с лета 1992 года. Начало работы этой религиозной организации сопровождалось мощнейшей рекламной кампанией: только в первые месяцы своей деятельности секта потратила около $1 миллиона, обеспечив себе ежедневную часовую программу на радиостанции «Маяк» и получасовую еженедельную передачу на телеканале «2×2». В том же году Министерством юстиции РФ «Аум Сенрикё» была зарегистрирована на территории России с центральным офисом в г. Москве. С того времени – с периодичностью в 1–2 месяца – стали проводиться массовые инициации, которые сопровождались интенсивной медитацией, на стадионе «Олимпийский» и в ряде других мест. Также из России осуществлялась трансляция религиозной радиопередачи, в том числе – на территорию Японии.