Система шифра «Красной тройки» несколько отличалась от «квадратного пропорционального метода» Рихарда Зорге, позволяющего значительно «сжимать» шифруемый текст. Но суть оставалась той же. К тому же здесь с легкостью использовалась уже любая книга. Предположим, разведчик хотел сообщить в Москву, что «Лейбштандарт СС Адольф Гитлер» прибыл в Варшаву (“Die Leibstandarte Adolf Hitler ist in Warschau eingetroffen”). Для кодирования своего послания Пюнтер применил путевые заметки шведского исследователя Свена Хидина «От полюса к полюсу» и выписал случайное предложение со страницы 12: «Документальные съемки приостановлены, но вскоре будут возобновлены снова» (Dokument ar filme sind belegt werden, aber rasch wieder frei). Поскольку для ключа ему требовались десять неповторяющихся букв, он взял первую часть фразы «Dokumentar». Пюнтер записал ключевое слово прописью и ниже его в две строчки буквы алфавита, не содержащиеся в ключе «Dokumentar». Над ключевым словом выписал последовательность номеров соответствующих букв в латинском алфавите. А строки таблицы пронумеровал цифрами 4, 6,1 (соотнеся их с буквами из первого столбца таблички). Здесь 4 – порядковый номер в азбуке первой буквы ключа D. 6 = 4+2 (номера букв D и B в латинском алфавите). 1 – аналогичная сумма номеров букв B и S (2 + 19 = 21 = 1). В результате каждая буква выражалась двузначным числом: А - 14, В - 26, С – 76 (первая цифра – столбец, вторая – строка в табличке).
| 2 | 7 | 4 | 0 | 5 | 3 | 6 | 9 | 1 | 8 | |
| 4 | D | O | K | U | M | E | N | T | A | R |
| 6 | B | C | F | G | H | I | J | L | P | Q |
| 1 | S | V | W | X | Y | Z | . | / |
Теперь Пюнтер мог кодировать свое послание. Он сократил его до самой краткой телеграфной формы: «Hitlerstandarte in Warschau» («Гитлершдандарт в Варшаве»), перевел это в цифры и расположил их группами по пять знаков. В результате получилось следующее:
56369 49634 84219 41464 24148
49434 36644 11484 21765 61404
Затем настал черед повторного шифрования. Пакбо записал все предложение: «Dokument ar filme sind belegt werden, aber rasch wieder frei» и заменил его в цифрами, но по системе, отличавшейся от первоначального кодирования, которая использовала однозначные цифры для обозначения букв, а не двузначные. Вторая цифра просто опускалась. Таким образом D становилась двойкой, O - cемёркой, K – четвёркой, U – нулём, M – пятёркой и т. д. В итоге получалась одноразовая псевдослучайная гамма. Наконец Пюнтер складывал числа первого и второго кодирования по модулю 10. Теперь послание было перекрыто дважды.