Первые ниндзя были одиночками, служившими самурайским кланам и проходившими обучение в их школах. Со временем ниндзя сами стали образовывать кланы разного социального статуса: родоначальниками таких кланов становились и самураи (даже аристократы), и выходцы из простонародья. Представители кланов, не принадлежащих к собственно самурайству, в «гражданской жизни» могли быть и торговцами. Но даже в последнем случае они считали себя не простолюдинами, а воинами: именно в кланах по семейной линии передавалось ремесло лазутчика. Узы родства подкреплялись сознанием мистической общности – принадлежностью к одной секте (обычно Сингон), тайными оккультными ритуалами, которыми была пронизана подготовка ниндзя к его опасной профессии, да и вся его жизнь.
Принадлежность к ниндзя не принято было афишировать – удачно выполненная «работа по найму» могла навлечь месть на исполнителей и их семьи. Но во многих случаях эта принадлежность не являлась секретом для окружающих, особенно в провинциях Ига и Кога. Все мужчины в клане считали друг друга «братьями», хотя среди них чётко выделялись «старшие» и «младшие». Это позволяло поддерживать строгую дисциплину, основанную на подчинении младших старшим и соблюдении всех правил самурайского общения.
Постепенно в среде ниндзя появляется особая иерархия. Все ниндзя делились на три категории – гэнин, тюнин и дзёнин. Дзёнины обычно были лидерами целых кланов и зачастую имели прямые связи со многими сильными правителями. Разработку конкретных операций и руководство ими поручали тюнинам – командирам небольших отрядов, а непосредственными исполнителями были гэнины. Иногда тюнины и гэнины покидали клан и становились «автономными» наёмными шпионами.
Ранние ниндзя защищали свои деревни от набегов бандитов и от разграбления бродячими самураями. Такие отряды самообороны нередко нанимались для сведения счётов между самураями. В ту эпоху ниндзя действовали просто и эффективно, без многочисленных хитроумных приспособлений, которые были придуманы позже.
Упоминания о первых ниндзя были связаны с кровавой страницей в истории Японии – гражданскими войнами Онин, длившимися с 1467 по 1477 гг. На этот раз соперниками в междоусобице стали представители одного клана – Асикага, которые не могли поделить титул сёгуна. Такой внутриклановый характер войны породил и соответствующие формы её ведения – враждующие группы прибегали не только к мечам и лукам, но и к ядам, а следовательно, нужны были и исполнители тайных дел – синоби. Война Онин была крайне истощающей для всех сторон; упал и престиж бакуфу. В результате титул сёгуна получает талантливый юноша Ёсихиса, который начинает предпринимать активные шаги, чтобы восстановить истощённые военные силы своей семьи. Столь высокий пост ему обеспечил его отец Ёсимаса, когда сыну было всего лишь девять лет.
Через несколько лет самурайская армия Ёсихисы была восстановлена, деньги на её содержание наконец найдены. Но это ещё не означало полной победы. Практически в каждой области Японии имелся свой мощный клан, готовый при малейшей возможности вступить в борьбу за власть в сёгунате. Нужна была демонстрация силы со стороны Ёсихисы, которого по-прежнему многие считали юнцом, неопытным в ратных делах. И такой случай представился. В 1487 или 1488 гг. сорок шесть землевладельцев из провинций Оми и Кога обратились с прошением к сёгуну. Суть их жалобы сводилась к следующему: местный представитель сёгуна (сюго) из Оми, которого звали Рокаку Такаёри, начал захватывать всё больше и больше земель, стремясь стать единоличным владельцем земельных наделов в этой провинции.
Сюго являлись полномочными представителями сёгуна на местах, его наместниками и назначались самим сёгуном. Но события, связанные с войнами Онин, нарушение связей между сёгуном и его наместниками-сюго превратили последних в самостоятельных лидеров на местах. Сплошь и рядом сюго стали нарушать свои обязательства перед сёгуном и рассматривали регионы, в которые они были назначены, как собственные владения. Постепенно именно они превращались в богатейших землевладельцев, называли себя «даймё» (дословно – «большие имена», т. е. «большие семьи», «большие дома»).
Но молодой сёгун Ёсихиса решил положить конец абсолютной самостоятельности даймё, которые к тому же располагали большими военными отрядами. И в качестве «поучительного примера» был выбран Рокаку Такаёри – сюго из Оми. Войска сёгуна вошли в Оми и осадили замок Каннон-дзи, где укрылся Рокаку со своими людьми. Лагерь был разбит недалеко от деревушки Магари, и сёгуну Ёсихисе надо было проникнуть в замок. Приведём цитату из хроник того времени: