Однако Мария Стюарт со времени убийства Риццио ни на мгновение не забывала о мести. Лорды, поддерживавшие Дарнли, тоже вскоре разочаровались в нем и стали поговаривать о необходимости добиться развода для королевы.
После того как стало понятно, что по доброй воле Дарнли на развод не согласится, было решено действовать другими средствами. Согласно одной из многочисленных версий, граф Босвелл, к которому Мария Стюарт стала испытывать сильную привязанность, убедил королеву отправиться в Глазго, где Дарнли поправлялся после недавней болезни, и, разыграв прощение и былую нежность, уговорить его вернуться в Эдинбург, что и было успешно осуществлено.
Размякший Дарнли согласился вернуться в столицу, где его, вопреки ожиданиям, разместили не во дворце Холируд (под предлогом того, что там должен состояться бал и будет слишком шумно и утомительно для ослабленного болезнью короля), а на окраине Эдинбурга, в местечке Кирк-о-Филд, в доме одного из знатных лордов. В 2 часа ночи 10 февраля 1567 г. дом взлетает на воздух (в спальне на первом этаже, под комнатой, где разместили Дарнли, были приготовлены бочки с порохом). Однако король погиб не при взрыве: его тело не разнесло на куски, как рассчитывали заговорщики, а отбросило в угол сада, почему и удалось установить, что король был предварительно задушен. Согласно наиболее убедительной версии, проснувшись среди ночи и поняв, что в доме никого нет — все слуги покинули дом заблаговременно, — Дарнли заподозрил неладное и попытался бежать. Специальный человек, который, по-видимому, должен был осуществлять контроль за происходящим, задушил свою жертву.
Трудно сказать, насколько велика была роль Марии Стюарт в этом заговоре. Некоторые писатели и историки обеляют ее, утверждая, что королева ничего не знала о готовящемся убийстве; некоторые (например, Чарльз Диккенс) настроены более агрессивно и обвиняют королеву во всех смертных грехах.
Согласно большинству версий, правда, как и всегда, лежит где-то посередине. Скорее всего, лорды, включая графа Босвелла, щадили чувства Марии и, желая склонить ее к участию в заговоре, предлагали разные варианты воздействия на Дарнли, из которых убийство было самым крайним. Зная слабовольный характер мужа, Мария вполне могла надеяться на то, что угроз и давления на Дарнли будет вполне достаточно, чтобы заставить его согласиться на развод. С этой целью королева и могла убедить короля вернуться в Эдинбург. Во всяком случае, свою прямую вину в убийстве мужа Мария так и не признала, даже накануне своей собственной смерти.
Поскольку гибель Дарнли была окружена завесой тайны, по Эдинбургу поползли слухи, обвинявшие Марию и Босвелла в преступном заговоре. Подозрения еще более усилились, когда Босвелл, разведясь с первой женой Джин Гордон, дочерью четвертого графа Хантли, 15 мая 1567 г., всего три месяца спустя после смерти Дарнли, сочетался браком с королевой. В Шотландии разразился ужасный скандал.
Что же заставило Марию Стюарт принять предложение руки и сердца Босвелла, зная, что его обвиняют в убийстве ее мужа? Вероятно, этому способствовало стечение нескольких обстоятельств. Во-первых, Мария была еще достаточно слаба после недавно перенесенной болезни, которая чуть было не оказалась смертельной. Во-вторых, все советчики покинули ее, спасая свои шкуры, когда запахло жареным — назревал общественный скандал, нависла угроза бунта, — и королева оказалась в изоляции, в депрессии и полном отчаянии. В-третьих, Босвелл убедил некоторых влиятельных шотландских лордов подписать петицию к королеве в поддержку своей кандидатуры на роль мужа. Взамен на согласие Марии лорды обещали оказать ей содействие. Ну и в-пятых а, может быть, и во-первых, нельзя исключать искреннего увлечения королевы Босвеллом, поскольку она имела обыкновение влюбляться безоглядно и доверять любимому безмерно.
Как бы там ни было, репутация королевы не подлежала восстановлению, а после того, как Босвелл, ставший королем, отвернулся от тех, кто поддерживал его на пути к власти, вспыхнуло восстание против «виновной парочки» под лозунгом «освобождения Марии от Босвелла». Приверженность королевы католической вере усиливала ненависть к ней дворян-протестантов. Они заставили Марию отречься от трона в пользу ее сына-младенца, которого сразу же короновали как Якова VI (1567–1625), он же с 1603 г. английский король Яков I. Службу на коронации вел сам Джон Нокс.
Марию в течение нескольких месяцев удерживали в замке Лохлевен, откуда в 1568 г. она сбежала, воспользовавшись лодкой и помощью верных дворян, собрала армию, но была разбита. Этот эпизод описан Вальтером Скоттом в романе «Аббат». В отчаянии низложенной королеве пришлось бежать в Англию на милость английской королевы Елизаветы.