Неожиданный визит опальной королевской гостьи поставил Елизавету в затруднительное положение. С одной стороны, гостья была голубых кровей и приходилась родственницей; с другой стороны, Мария имела преобладающие права на английский престол, чем сама Елизавета, которая считалась незаконнорожденной после того, как Генрих казнил за прелюбодеяние ее мать, Анну Болейн. Выдать Марию шотландским лордам означало бы обречь ее на дальнейшее заключение либо же на казнь. Отпустить в Европу — Мария получила бы поддержку католических монархов, чтобы вернуть престол, а это было невыгодно самой Елизавете: проанглийский протестант Морэй, ставший регентом Шотландии, был более подходящей кандидатурой, чем католичка Мария. Предоставить Марии свободу в Англии — значило бы поставить под удар сам английский престол, возникала опасность возможного заговора католиков. Единственным выходом для Елизаветы было держать Марию Стюарт в качестве королевской пленницы в Англии, тем самым осуществляя полный контроль над опальной королевой.
За 19 лет, проведенные Марией в положении пленницы английской королевы, она сменила несколько замков — Болтон, Тутбери, Шеффилд, Вингфилд, Чатсфорт, Бакстон, Чатли и Фозерингхэй. С каждым замком условия содержания королевской гостьи становились все более и более жесткими. Несмотря на то что Мария имела свой штат прислуги, могла выезжать на охоту, пока позволяло здоровье, и заниматься рукоделием, все ее контакты с внешним миром пресекались, а все попытки встретиться с кузиной Елизаветой ни к чему не привели — встреча двух сестер так и не состоялась. Тем не менее вокруг Марии постоянно плелись заговоры, находились пылкие романтики, готовые отдать за нее жизнь, но не умеющие организовать побег королевы всерьез. Наконец, один из заговоров, имеющих целью покушение на жизнь английской королевы (по одной из версий, подстроенный людьми самой Елизаветы), был раскрыт, Мария предстала перед судом и, хотя и отвергала все обвинения, была признана виновной и приговорена к смертной казни.
В 8 часов утра 8 февраля 1587 г. в замке Фозерингхэй состоялась казнь Марии Стюарт. Ее последние слова, обращенные к верному слуге Мелвиллу, в слезах упавшему перед королевой на колени, были о том, что «надо радоваться, а не горевать — наступает конец всем мучениям Марии Стюарт в этом мире, который полон тщеславия, бед и печалей». Вверив себя Господу, эта гордая истинно шотландская и истинно французская женщина мужественно сложила голову на плахе. Пророческими оказались ее слова: «В моем конце — мое начало».
Вот уже несколько веков трагическая история шотландской королевы вдохновляет поэтов, писателей, композиторов. В одной только Москве идут опера «Мария Стюарт», спектакли «Ваша сестра и пленница» в театре Российской армии, «Мария Стюарт» в Малом театре, «Играем Шиллера» в «Современнике»… И, глядя на гордую, мятежную и страстную Марию Стюарт в блестящем исполнении Елены Яковлевой, так и хочется воскликнуть вслед за Пастернаком:
А наследником Елизаветы I, бездетной королевы-девственницы, по иронии судьбы стал сын Марии Стюарт — Яков VI Шотландский, на английском престоле Яков I. Королевская линия Стюартов, несмотря на все перипетии престолонаследия, продолжается и сегодня: в правящей ныне королеве Великобритании Елизавете II тоже течет кровь Стюартов, правда, сильно перемешанная с немецкой кровью Ганноверской и Сакс-Кобургской династий.
А Шотландия в годы заточения Марии Стюарт опять управлялась чередой регентов, каждый из которых старался держать юного короля Якова под своим контролем.
Семнадцатилетнему юноше удалось сбежать от своих попечителей, после чего в Сент-Эндрюсе он торжественно провозгласил себя самостоятельным королем. Годы правления Якова VI отмечены ожесточением борьбы между католиками и протестантами. Сам Яков считал выгодным оставаться протестантом в надежде унаследовать английский трон после смерти Елизаветы I.