В 1307 году разразился знаменитый кризис с Орденом тамплиеров, когда Филипп IV c согласия Климента V произвёл массовые аресты тамплиеров и конфискацию их имущества. Англия и Шотландия заняли выжидательную позицию. По поручению Эдуарда и Маргариты весной следующего года Андфинн отправился в Рим на встречу с Папой. В июле Андфинн удостоился аудиенции, после которой внезапно умер, а на его место в коллегии кардиналов был назначен молодой французский епископ, приходившийся родственником Клименту.
Эта смерть породила крупный кризис в отношениях между Маргаритой и Климентом. Маргарита обвинила папу в непотизме и симонии, а также открыто говорила о том, что смерть любимого кардинала была выгодна Франции. Климент наложил на Маргариту епитимью и отправил в Шотландию нового архиепископа, по "счастливой случайности", также состоявшем в родстве с Климентом.
Маргарет не смирилась, не приняла нового архиепископа, а к ведущим правящим домам Европы направила послания, в которых обвиняла Папу во множестве преступлений и требовала смены главы католического мира. Маргариту поддержали муж, дядя, король Арагона, Валенсии, Сицилии и Сардинии Хайме II Справедливый, Генуэзская республика и ряд более мелких, но не менее владетельных и влиятельных лиц. Более того, Маргарет объявила, что в своих землях берёт под свою защиту тамплиеров, которые были названы "жертвами алчности и чудовищного оговора". В ответ Климент V заявил об отлучении Маргарет от церкви.
В течение следующих трех лет территория Франции и Италии стала ареной войны. Филипп IV при поддержке Папы объявил крестовый поход против Шотландии и начал войну, атаковав английские владения в Аквитании. В ответ англо-шотландская армия высадилась в Пикардии. Норвежский флот, направленный в следующем году Хоконом V на помощь племяннице, опустошил побережье Франции вплоть до Бретани. Арагонская армия совместно с сицилийской армией высадились в Калабрии и начали совместные действия против Неаполитанского королевства.
Маргарита нанесла страшный удар по папской казне, забрав десятину, собираемую в Шотландии. Она заявила, что эти деньги получит церковь, но не Папа, после чего на эти деньги был сформирован двухтысячный рыцарский отряд, костяк которого составляли тамплиеры. Этот отряд отличился в Пикардии, разорив графство Валуа — аппанаж Карла Валуа, брата Филиппа IV, а также решил исход крупного сражения на границе Нормандии и Пикардии.
Тогда же враги дали Маргарет прозвище "Шотландская валькирия".
В 1310 году в войну вступил Генрих VII, король Германии, желавший удовлетворить свои притязания в Италии. К концу 1311 года союзник Филиппа IV и папы Климента Роберт Неаполитанский вынужден был капитулировать.
Летом 1312 года Филипп IV начал переговоры о мире. Пикардия, Нормандия. Аквитания, Пуату были разорены, армия обескровлена, торговля нарушена, среди населения и знати началось брожение. Последней каплей стала гибель Карла Валуа и пленение Людовика (будущего Людовика Х), попавших с отрядом в засаду на границе Иль-де-Франс. Маргарита и союзники выставили ряд жёстких требований, касавшихся Папы: Климент V должен был отречься от тиары и уйти в монастырь, местом пребывания папы определялся Рим, а не Авиньон, в коллегию кардиналов должны были быть введены представители Англии, Шотландии, Норвегии, Арагона и Сицилии, с Маргариты снималось отлучение.
Желая разрушить коалицию, Климент V упразднил орден Тамплиеров и санкционировал коронацию Генриха VII в качестве Императора Священной Римской империи, что позволило избежать вторжения войск в Прованс, но не уменьшило требований союзников.
Трудные переговоры завершились лишь осенью 1313 года. Отлучение с Маргариты было снято, коллегия кардиналов расширена, Климент V обязался созвать собор в Риме для выбора нового Папы не позднее лета 1314 года. Разорение французских провинций и вывоз награбленного в Англию и Шотландию оживили внутреннюю торговлю. По итогам мирного договора Франция должна была выплатить контрибуцию в миллион турских ливров, а также признавала сюзеренные права английской короны над Аквитанией.
Что касается руководства ордена Тамплиеров, то Жан де Моле и Гийом де Шарне были тайно убиты в августе 1312 года. После заключения мирного договора все тамплиеры были выпущены из заключения. Но получили запрет на проживание во Франции. В Англии и Шотландии к ним не применяли никаких санкций, а имущество ордена послужило основой для рыцарского ордена Рождества Христова — преемника ордена Тамплиеров.