Между тем московский Центр увидел в чешском эксперименте угрозу для самого существования соцлагеря и коммунистической идеологии. КГБ испугался, что чехи изменят расклад сил и Москва проиграет холодную войну. К чешской границе начали стягиваться советские войска. А КГБ решил не дожидаться сигнала от Кремля и начал бороться против чешской «контрреволюции» при помощи собственной небольшой армии шпионов. Одним из солдат этой армии был Василий Гордиевский.
Пока один брат с нарастающим воодушевлением наблюдал за расцветом Пражской весны, второй брат получил задание: задушить ее в зародыше.
В начале 1968 года по распоряжению председателя КГБ Юрия Андропова в Чехословакию проникло более тридцати шпионов-нелегалов — с тем, чтобы подорвать изнутри чешское реформаторское движение, просочиться в «реакционные» интеллектуальные круги и похитить видных сторонников Пражской весны. Большинство этих агентов КГБ въехали в страну под видом западных туристов, так как считалось, что чешские «агитаторы» будут гораздо охотнее рассказывать о своих планах явно симпатизирующим им иностранцам. В числе мишеней шпионского саботажа оказались интеллектуалы, ученые, журналисты, студенты и писатели, в том числе Милан Кундера и Вацлав Гавел. Это была самая масштабная разведывательная операция, какую КГБ когда-либо разворачивал против стран Варшавского договора, союзниц СССР.
Василий Гордиевский въехал в Чехословакию по поддельному западногерманскому паспорту под именем некоего Громова. Старший из братьев Гордиевских уже доказал КГБ, что умеет ловко совершать похищения. В Швеции несколько лет работал нелегалом Юрий Ушаков, составлявший секретную карту страны и создававший сеть субагентов на случай возможного советского вторжения. Но в 1968 году в Центре заключили, что у этого разведчика, имевшего кодовое имя Фауст, развилась мания преследования и его следовало убрать. В апреле 1968 года Василий Гордиевский напичкал Ушакова снотворным и затем успешно вывез его через Финляндию в Москву, где затем несчастного поместили в психиатрическую лечебницу, а через некоторое время выпустили и уволили из КГБ. Василия наградили медалью КГБ «За безупречную службу».
Примерно месяц спустя ему и еще одному коллеге дали задание: похитить двух видных деятелей эмиграции, участников чешского реформаторского движения Вацлава Черного и Яна Прохазку. Профессора Черного, выдающегося историка литературы, коммунистический режим выгнал из Карлова университета за выступления в защиту свободы в научной работе. Прохазка, писатель и кинодеятель, публично высказывался против официальной цензуры и требовал «свободы выражения мнений». Оба жили в Западной Германии. В КГБ были убеждены (ошибочно), что эти двое возглавляют «незаконную антиправительственную» группу, цель которой — «подорвать основы социализма в Чехословакии», и потому постановили их устранить. План был простой: Василий Гордиевский подружится с Черным и Прохазкой и убедит их в том, что им грозит страшная опасность — их собираются убить подосланные советские ликвидаторы. А потом предложит спрятать их во «временном укрытии». Если они откажутся явиться туда добровольно, придется обработать их «специальными веществами», а затем передать особистам КГБ и перевезти через границу в ГДР в багажнике автомобиля с дипломатическими номерами (согласно дипломатическим договоренностям, такие машины обычно не подвергались досмотрам). Но этот план не сработал. Невзирая на уговоры Гордиевского, Черный не поверил в то, что «ему угрожает опасность больше обычной», а Прохазку повсюду сопровождал телохранитель, и сам он говорил только по-чешски, а Василий чешского не знал. Потратив две недели впустую, Гордиевский отказался от дальнейших попыток: стало ясно, что в эту западню чешских диссидентов не заманить.
Тогда Василий Гордиевский, он же Громов, пересек границу Чехословакии и примкнул там к маленькой высококвалифицированной группе советских нелегалов и саботажников, замаскированных под туристов. Им было поручено устроить ряд «провокаций», чтобы создать ложное впечатление, будто в Чехословакии исподволь готовится кровавая контрреволюция. Они распространяли фальшивые сведения, указывавшие на то, что чешские «правые» при поддержке западной разведки замышляют насильственный переворот. Они фабриковали подстрекательские плакаты, призывавшие свергнуть коммунистический режим, и создавали тайные склады оружия (с наглядными маркировками — «Made in the USA»), которые затем как бы случайно «обнаруживали» и предъявляли как доказательства грядущего восстания. Советские власти заявляли даже, будто раскрыли «тайный американский план» сместить коммунистическое правительство и посадить на его место марионеток империализма.