В тот же самый день, когда ЦРУ приготовило докладную записку о пусковых площадках СС-4 и СС-5, Коллегия разведки США одобрила Специальный национальный разведывательный прогноз (Special National Intelligence Estimate, SNIE) 11-18-62, "Реакция Советов на определенные варианты действий США на Кубе", запрошенный президентом. Назавтра за ним последовал SNIE 11-19-62, "Главные последствия определенных вариантов действий США на Кубе".
Аналитики отмечали, что "блокада в любой форме не окажет на Советский Союз непосредственного давления, которое подтолкнуло бы его к силовому отклику". Скорее можно ожидать разнообразных политических действий, в том числе угрозы возмездия в Берлине. И хотя аналитики отмечали, что возможность советского военного отклика на использование силы США более вероятна, чем если бы Соединенные Штаты прибегли к блокаде, они также приходили к удивительному заключению, что, вероятно, реакция Советов на вторжение и более ограниченное использование силы США против избранных объектов на Кубе будет неодинакова.
Мы полагаем, что вероятность возмездия со стороны Советов посредством военных действий вне пределов Кубы в ответ на быстрое, эффективное вторжение несколько ниже, чем в ответ на более ограниченные формы военных действий против Кубы.
Между прогнозом от 19 октября и объявлением карантина президентом Кеннеди 22 октября сбор разведданных, конечно, продолжался с лихорадочной поспешностью. Полеты U-2 показывали, что в строй сданы еще две пусковые площадки баллистических ракет средней дальности, так что общее число их достигло четырех, и еще две будут боеспособны к концу недели. Снимки показывали также, что в Сан-Хулиане собрано еще как минимум 35 бомбардировщиков Ил-28. Снимки и, вероятно, данные электронной разведки также указывали, что 22 из 24 пусковых площадок СА-2 на Кубе боеспособны. На снимках были видны также бункеры для хранения ядерных боеприпасов, хотя распознать ни одной ядерной боеголовки не удалось.
Речь президента Кеннеди не повлияла на разведывательную деятельность США во время ракетного кризиса, во всяком случае в отношении ее основных объектов Кубы, открытого моря и Советского Союза. Но теперь следовало учитывать и новые факторы. Как отреагируют Советы, теперь столкнувшиеся с всемирной оглаской их деятельности и блокадой США: будут ли они продолжать прежние действия, заморозят или демон тируют пусковые площадки? Повернут ли советские корабли, находящиеся в открытом море, или попытаются пробиться сквозь блокаду? Отдаст Хрущев вкупе с прочими советскими вождями приказ о переводе советских ядерных и прочих войск на повышенную боеготовность? В последующие шесть дней американские спецслужбы стремились отыскать ответы на эти вопросы. Полученные данные оказались запутанными и неясными. Поздно вечером 23 октября NSA донесло, что результаты пеленгации (на самом деле проводившейся военно-морской группой безопасности) указывают, что не менее пяти советских судов, направлявшихся к Кубе с ракетами на борту, изменили курс и, вероятно, возвращаются в Советский Союз. И хотя ВМФ не мог проверить достоверность сведений до наступления светлого времени суток, они настолько убедили дежурного офицера ЦРУ, что он разбудил директора Маккона, чтобы поведать ему эти новости. На следующий день стало ясно, что 16 из 18 советских судов, часть из которых имели большие люки, либо повернули, либо легли в дрейф.
Что же касается событий в Советском Союзе, 23 октября ЦРУ донесло: "В течение первых часов после речи президента мы не обнаружили никаких признаков необычной активности или подъема советских войск по тревоге". 25 октября Наблюдательный комитет рапортовал, что состояние боеготовности советских вооруженных сил повышено. На следующий день комитет заметил, что, хотя Советы и перешли на повышенную боевую готовность, нет никаких явных признаков значительного развертывания войск. Подобные суждения, несомненно, основывались в первую очередь на прослушивании Соединенными Штатами советских военных переговоров.
23-24 октября наблюдения NSA за Кубой также выявили появление двух новых скремблированных линий связи, хотя и не смогли выявить их точного местоположения. И хотя невозможно было определить, организованы ли эти линии для поддержки пусковых площадок, в после-кризисных исследованиях отмечалось, что они "отвечали требованиям системы связи развернутых на Кубе наступательных ракетных подразделений, будучи и весьма устойчивыми к взлому, и способными справиться с большими потоками переговоров".