Когда Господь Чайтанья вернулся в Праяг, Он сел в тихом месте на берегу Ганги и в течение десяти дней объяснял Рупе Госвами науку сознания Кришны, чтобы в будущем он смог написать книги о преданном служении и описать самые сокровенные темы, такие как отношения Радхи и Кришны. Наделив Рупу духовной силой, необходимой для написания авторитетных книг о Кришне, Чайтанья Махапрабху стал собираться в Варанаси. Не в силах вынести разлуку с Господом, Рупа Госвами попросил Гаурангу позволить ему сопровождать Его. Однако Махапрабху отверг его просьбу. «Твой долг — исполнять Мою волю, — сказал Он. — Ты должен идти во Вриндаван. Позднее ты сможешь прийти ко Мне в Пури». Обняв Рупу, Гауранга сел в лодку. Рупа Госвами лишился чувств. Вскоре вместе со своим братом, Анупамой, он отправился во Вриндаван.
Достигнув Варанаси, Шри Чайтанья Махапрабху повстречал у городских ворот Своего преданного, Чандрашекхару. Накануне ночью Чандрашекхаре приснился сон, в котором он увидел, что Господь Чайтанья пришел к нему в дом. На следующее утро он вышел из города, чтобы встретить Господа. Хотя Чандрашекхара принадлежал к сословию шудр, Махапрабху согласился остановиться у него. Традиционно санньяси останавливались на ночлег либо в каком-нибудь ашраме, либо в доме брахмана, либо под деревом. Им запрещалось останавливаться в доме шудры, чье общение и простое прикосновение к которому считалось оскверняющим. Однако Господь Чайтанья хотел показать, что бхакти выше сословных предрассудков. Пренебрегая обычаями того времени, Махапрабху считал всех, кто поклоняется Кришне, достойными славы, независимо от того, к какому сословию они принадлежали. Если человек искренне посвятил себя преданному служению Кришне, то, даже будучи низкорожденным, он занимает более высокое положение, чем происходящий из знатного рода брахман, который не обладает сознанием Кришны. Ближайшими последователями Господа Чайтаньи были Рупа и Санатана, которых считали мусульманами, а также происходивший из мусульманской семьи Харидас Тхакур, известный как намачарья.
Как-то, находясь в доме Чандрашекхары, Господь Чайтанья сказал: «На улице возле твоего дома стоит вайшнав. Пойди и пригласи его внутрь». Чандрашекхара вышел из дому, посмотрел вокруг и не увидел никого, кроме грязного бородатого нищего-мусульманина.
— Никаких вайшнавов там нет, — вернувшись, сказал Чандрашекхара.
— Но ведь кто-то есть? — спросил Гауранга.
— Да, какой-то дервиш.
Услышав это, Махапрабху выбежал из дому и обнял нищего. Оба они заплакали. Изумленный Чандрашекхара молча наблюдал за происходящим. Нищим-мусульманином был Санатана Госвами, который сбежал из тюрьмы правителя Бенгалии.
— Господь, пожалуйста, не прикасайся ко мне, — молвил Санатана. — Я — нечестивец, не достойный Твоей милости.
— Дорогой Санатана, — отвечал Господь, — святые, подобные тебе, освящают даже места паломничества. Я прикасаюсь к тебе, чтобы очиститься. Кришна спас тебя от адского существования. Он — океан милости, деяния Его непостижимы.
— Я не знаю, кто такой Кришна, — сказал Санатана, — мне удалось спастись только по Твоей милости.
Следующие два месяца Господь Чайтанья провел в Варанаси, наставляя Санатану в духовной науке и открывая ему наиболее глубокую и сокровенную мудрость Вед. Он поведал ему о том, что изначально по своей природе каждое живое существо является вечным слугой Кришны, рассказал о трех аспектах Абсолютной Истины (Брахмане, Параматме и Бхагаване), о природе материального и духовного миров, а также описал признаки души, достигшей совершенства самоосознания. Господь объяснил Санатане, почему бхакти превосходит эмпирическое философствование и мистическую йогу, описал формы и экспансии Верховной Личности Бога, Его воплощения и процесс преданного служения. Он также поведал, что вершина духовного совершенства заключается в том, чтобы поклоняться Господу Шри Кришне во Вриндаване. Кроме того, Махапрабху описал различные периоды жизни Кришны, игры, которые Он являет в эти периоды, а также извечную форму Кришны — Его облик юноши. Господь также поведал Санатане о духовном блаженстве, которое испытывают души, достигшие чистой любви к Кришне. Наставления Гауранги были подобны океану, который наводнил ум Санатаны Госвами, поразив его своей сладостью и величием.
То, что Махапрабху принимал участие в публичном пении Харе Кришна маха-мантры, сопровождаемом танцами, возмутило многочисленных санньяси, живших в Варанаси. Будучи майявади, они считали, что высшая Абсолютная Истина не имеет ни формы, ни глаз, ни ног, ни ушей и что она вообще безлична. Они верили в то, что, приняв санньясу, человек становится Богом. Ослепленные гордостью, недалекие майявади, считавшие себя Богом, стали критиковать Господа Чайтанью за участие в санкиртане, говоря, что санньяси не подобает заниматься подобной деятельностью. Однако Гауранга не обращал на них никакого внимания. Он продолжал петь и танцевать и избегал встречи с ними.