Только несколько месяцев спустя после нападения на Польшу, а вместе с ним и роспуском довоенных «особых подразделений», в командовании Вермахта было принято решение о повторном создании данных штрафных единиц в составе резервной армии. Возникали они на шести следующих плацдармах: Штаблак, Вандерн, Альтенграбов, Шварцеборн, Графенвер, «протекторат» и Деллерсхайм. Задание этих «особых подразделений» резервной армии значилось следующим образом: «Избавление резервных частей от трудновоспитуемых служащих». И при этом, «рекруты не должны попадать в особые подразделения резервной армии».
Процитированная инструкция — это причина того, что число военных «особых подразделений» вскоре снова стало сокращаться. Главный полевой врач доктор Вут называл следующую причину этого процесса: «Особые подразделения были распущены в начале войны, однако затем возникли снова. Но, кажется, этот факт не был известен ни врачам соответствующих военных частей, ни офицерам санитарно-психиатрических отделений военных госпиталей. С ними никто не советовался, так как офицеры жаловались, ибо не знали, как обходиться с упрямыми, асоциальными, возбудимыми солдатами и нарушителями». В итоге, поданным Вута, к весне 1940 года в новых «особых подразделениях» числилось всего лишь 200 человек. В итоге часть «особых подразделений» была просто-напросто распущена в силу своей ненадобности. Подобному развитию событий могло способствовать ужесточение военной юриспруденции, которое наблюдалось в начале Второй мировой войны. А это, в свою очередь, вело к тому, что за любые провинности можно было угодить под трибунал. Военные суды стали действовать значительнее быстрее, а исполнение наказаний в Вермахте было поставлено на поток. Согласно сводному отчету Георга Тесина «Части и подразделения Вермахта и Ваффен-СС», в январе 1940 года в составе резервной армии оставалось всего лишь четыре «особых подразделения».
В военно-морском флоте начиная с октября 1939 года действовало «особое подразделение Восток (Балтийское море)», располагавшееся в окрестностях Данцига. Эта единица известна также под названием «Особое военное подразделение Хела». В Люфтваффе согласно приказу от 30 января 1940 года на месте распущенного в начале войны «Особого подразделения 7 L» в Лейпциге был сформирован «Проверочный лагерь Люфтваффе».
За основу создания «особых подразделений», как и в мирное время, были взяты «Предписания для особых подразделений Вермахта». Но они были существенно дополнены принятым 7 декабря 1939 года приказом «О внутреннем распорядке в особых подразделениях резервной армии». Несение службы в особых подразделениях становилось предельно строгим.
Тем временем командование Вермахта решило окончательно избавиться от «пряника», оставив только «кнут». В новых «Инструкциях по управлению особыми подразделениями резервной армии» это находило выражение в следующих сентенциях: «Состав особых подразделений должен быть проинформирован, что перевод в особое подразделение является для них последним шансом сформировать правильные взгляды на жизнь и солдатский долг. После трехмесячного испытания и перевоспитания служащие должны быть возвращены в ряды действующих частей, дабы продолжить выполнять свои обязанности по защите Отечества, как то надлежит нормальным солдатам. Если же в указанные сроки не удастся достигнуть данной цели, то эти отщепенцы изгоняются из народного сообщества и направляются в концентрационный лагерь… Отдельно надо объяснить, что дезертирство и прочие позорные явления будут караться смертью. Служба, которая в особом подразделении должна являть собой воспитание и тяжелый физический труд, должна составлять на менее 10–14 часов в день. Обращение с пулеметом и метание гранат запрещается. После окончания работы служащие должны занимать свое место в казармах. Они не получают отпусков. При похвальном поведении они могут получить увольнительную… Служащие особых подразделений получают паек в размере 80 % от обычного продовольственного снабжения, хлеба они должны получать 650 граммов надень».
Воздействие этого жесткого дисциплинарного режима смог прочувствовать среди прочих Роберт Штайн, который 3 сентября 1940 года был призван в Вермахт. В силу «политической неблагонадежности в гражданской жизни» 7 сентября 1940 года он был направлен в «особое подразделение IX», которое располагалось в Шварценборне. Он вспоминал: «Нуда, я получил то, что и стоило ожидать. Я был страшно избит и арестован. О подобных акциях принято говорить, что они проходили «под покровом ночи». В Шварценборне я увидел дикую местность. Там не было ничего, даже почты. Меня облачили, как уже 300 или 400 человек, пребывавших там, в чешскую униформу. Там даже карабины были чешские. Воспитывая дисциплину, нас с утра до вечера гоняли по плацу. За спиной был рюкзак с пудом камней. Когда муштра заканчивалась, мы падали с ног от усталости».