Однако не только измена H.A. Григорьева, попытка Н.И. Махно создать свою армию, недостатки в организации и ведении боевых действий сказывались на боеспособности Красной Армии. По-прежнему существенными были масштабы дезертирства и уклонения от явки на призывные пункты. Так, в октябре 1918 г. — апреле 1919 г. на призывные пункты не явилось 917 тыс. человек, или 25 % от общего числа граждан, подлежавших призыву. В целях усиления борьбы с дезертирством Политбюро ЦК РКП (б) 23 апреля 1919 г. постановило «развить самую широкую агитацию против дезертирства» и поручило Совету Обороны разработку планов дальнейшей агитации. О результатах выполнения этого постановления можно судить поданным, приведенным в книге С. Оликова «Дезертирство в Красной Армии и борьба с ним». «Первые две недели оперативно-карательной и агитационной деятельности комиссий дали 31 683 задержанных и добровольно явившихся дезертиров, — пишет он. — Следующие две недели дали 47 393 дезертира. В некоторые месяцы удавалось задерживать до ста тысяч дезертиров. Только насилие, угроза расстрела (и многих беспощадно расстреливали) заставляли тысячи людей вновь возвращаться на фронт». Совет Обороны, выполняя решение ЦК РКП (б), принял 2 июня постановление о борьбе с дезертирством, которое 4 июня было опубликовано в газете «Известия». В целях окончательного искоренения укрывательства от мобилизаций и дезертирства из рядов Красной Армии Совет Обороны предписывал освобождать от суда и наказания дезертиров, добровольно явившихся в течение 7 дней со дня опубликования постановления. Не явившиеся в течение этого срока считались «врагами и предателями трудящегося народа» и приговаривались к строгим наказаниям, вплоть до расстрела. Революционные трибуналы и губернские комиссии по борьбе с дезертирством имели право конфисковать все имущество или часть имущества дезертиров, лишать навсегда или на срок всего земельного надела или части его и т. п. На семьи дезертиров и на волости, села и деревни, виновные в укрывательстве, могли налагаться денежные штрафы. В постановлении имелись и пункты, не предназначенные для публикации, в том числе: «…6) Центральной комиссии по борьбе с дезертирством поручается дать указание местным комиссиям, что поимка дезертиров не приостанавливается».
Пока в Совете Обороны и Реввоенсовете Республики принимались решения по усилению борьбы с дезертирством, Л.Д. Троцкий совместно с командованием Южного фронта продолжал наводить порядок в войсках. 9 июня начальник штаба Южного фронта бывший генерал П.Н. Пневский направил начальнику военных сообщений фронта, командующим 8-й армией и экспедиционными войсками телеграмму следующего содержания:
«По линии железной дороги Миллерово — Лиски движутся отбившиеся от штабов и частей массами красноармейцы различных частей. Местные заградительные отряды по линии не справляются с задачей приостановки этого движения. В большинстве это не дезертиры, а люди отбившиеся, усталые, лишенные твердого руководства. Движение это деморализует все попутные даже здоровые элементы. Командюж приказывает начВОСОюжу немедленно организовать из войск железнодорожной охраны сильный отряд человек в сто при энергичном полковом начальнике, коему заградить этому потоку движение на север. Отряд поставить в каком-либо удобном пункте на линии между Евстратовской и Лиски. Задерживать всех отбившихся и стремящихся уехать на север, приводить их в порядок и возвращать в свои части. Этому отряду войти в связь с имеющимися на местах заградительными отрядами и организовать надежное перелавливание всех беглецов, привлечь к этому все войска желдорожной охраны участка Лиски, Евстратовка, организовать сборные пункты и довольствие на них для задержанных».
На следующий день, 10 июня, Л.Д. Троцкий направляет телеграмму реввоенсовету 13-й армии Южного фронта: «Снова обращаю ваше внимание на то, что при нынешнем состоянии разложившихся и развращенных частей оздоровить армию можно только мерами исключительной энергии и строгости, не останавливаясь перед истреблением десятков, сотен негодяев, провоцирующих части на отступление. Политика реввоенсовета 13-й армии была явно слаба. Необходимо обеспечить надлежащий состав трибунала, подтянуть заградительные отряды, не оставляя безнаказанным ни одного преступления, особенно командного состава. Число членов трибунала увеличить для выездных сессий. Расследование должно длиться по возможности не более 24 часов. За коллективное преступление коллективная ответственность, т. е. через 10-го, через 5-го. После первой беспощадной чистки можно перейти к условному осуждению».