Эта инструкция была направлена и в другие армии. 11 августа Троцкий телеграфирует реввоенсовету Южного фронта: «Обеспечены ли армии, дивизии необходимым количеством заградительных отрядов для предстоящей операции. Необходимо обратить серьезное внимание». На следующий день в своем распоряжении № 328 он требует от реввоенсовета 12-й армии: «Особенное внимание обратить на создание заградительных отрядов: прежде всего, чем получить возможность создать кулак против неприятеля, нужно иметь хоть кулачок против разнузданности и шкурничества собственных частей».
Таким образом, Троцкий на основе опыта создания и использования заградительных отрядов четко определил их задачи: поддержание порядка и дисциплины в ближайшем тылу фронтов и армий
— задержание дезертиров,
— уничтожение бандитов,
— недопущение паники и отхода,
— оказание при необходимости сопротивления противнику.
Пока по требованию председателя Реввоенсовета Республики создавался «кулак против неприятеля», он продолжал наращивать усилия. Войска Северо-Западной армии генерала H.H. Юденича вышли на ближние подступы к Петрограду. Добровольческая армия генерала В.З. Май-Маевского захватила 20 сентября Курск, а 13 октября — Орел. Политбюро ЦК РКП (б) на своем заседании 15 октября приняло решение Петрограда, Тулы, Москвы и подступов к ним не сдавать, на Юго-Восточном фронте временно перейти к обороне с задачей не позволить войскам генерала А.И. Деникина соединиться с уральскими казаками и освободить часть сил для защиты Тулы и Москвы, усилить Южный фронт за счет войск, снятых с других фронтов и мобилизации коммунистов.
Неудачи войск Южного и Западного фронтов были обусловлены многими причинами: усталостью бойцов и командиров, недостатками в снабжении боеприпасами, оружием и продовольствием, неустойчивостью ряда частей и ростом числа дезертиров. Так, за семь месяцев 1919 г. было задержано 1 млн 500 тыс. человек. При этом злостными дезертирами признано лишь 95 тыс. человек, из числа которых направлено в штрафные части 55 тыс., приговорено к лишению свободы (условно и безусловно) — 6 тыс., к расстрелу — 4 тыс. (в подавляющем большинстве — условно), а фактически расстреляно 600 человек. Число же злостных дезертиров непосредственно в боевых частях было в целом невелико. Так, в 1918 г. их насчитывалось 199 человек, в 1919-м — 7343, в 1920-м — 20 018 человек.
Вопрос о мерах по борьбе с дезертирством был обсужден 13 октября на заседании Реввоенсовета Республики с участием Л.Д. Троцкого, Э.М. Склянского, С.С. Каменева, С.И. Гусева, П.П. Лебедева, Д.И. Курского, И.И. Межлаука, А.И. Рыкова, Н.И. Раттэля и Х.Г. Раковского. По итогам обсуждения они приняли следующее постановление: поручить председателю Центральной комиссии по борьбе с дезертирством С.С. Данилову разработать «проект по уездным военным комиссариатам относительно судебной деятельности в отношении дезертиров-рецидивистов на предмет самой беспощадной расправы»; создать комиссию в составе представителей Центрокомдезертира, Всероглавштаба, Политуправления, Полевого штаба, ЦУСа, которой ставилась задача «разработать в недельный срок основные меры, необходимые для улучшения постановки борьбы с дезертирством как в тылу, так и на фронтах, и для улучшения постановки дела в тыловых запасных частях».
К середине октября Главное командование Красной Армии проделало большую работу по укреплению войск Южного и Западного фронтов. Это позволило им остановить продвижение противника, а затем перейти в контрнаступление. Войска Южного фронта нанесли поражение Вооруженным Силам Юга России и к концу декабря вышли на подступы к Северному Кавказу. Основные силы Западного фронта (7-я и 15-я армии) к этому же времени разгромили Северо-Западную армию генерала H.H. Юденича. В ходе наступления Л.Д. Троцкий, находившийся в Петрограде, жестко пресекал все попытки нарушить воинскую дисциплину. Так, в приказе № 162 от 2 ноября по 7-й армии он писал: «Приказываю командирам и комиссарам неукоснительно следить, чтобы ни один из этих случаев измены не прошел безнаказанно. Семьи изменников должны быть немедленно арестованы. Самих предателей занести в Черную книгу армии, дабы после близкого и окончательного торжества революции ни один из предателей не ушел от кары. В боевой обстановке командиры, комиссары и передовые красноармейцы должны зорко блюсти за тем, чтобы не давать предателям совершать свою работу: нужно истреблять на месте всякого, кто пытается вызвать панику, призывает бросить оружие и перейти в стан белых». На следующий день в приказе № 165 Троцкий потребовал: «…5. Против трусов и шкурников — суровые меры. Отступающих без приказа после предупреждения истреблять на месте. Заградительным отрядам передавать дезертиров немедленно трибуналу. Трибуналам действовать на месте так, чтобы наказание следовало немедленно за преступлением». 6 ноября в телеграмме № 982 Реввоенсовету Республики Троцкий снова возвращается к своей идее о введении для дезертиров отличительных знаков. «Предлагаю, как меру наказания, ввести для армии и флота черные воротники, для дезертиров, возвращенных в части, для солдат, отказавшихся от выполнения приказа, чинивших разгром и прочее, — пишет Лев Давидович. — Солдаты и матросы с черными воротниками, пойманные на втором преступлении, подвергаются удвоенной каре. Черные воротники снимаются только в случае безупречного поведения или воинской доблести».