По решению Реввоенсовета Республики от 17 ноября при реввоенсоветах фронтов и армий и при штабах дивизий создавались полевые комиссии по борьбе с дезертирством, в состав которых входили комиссар штаба, представители соответствующего политотдела и особого отдела. На эти комиссии возлагалась «вся борьба с дезертирством во фронтовой и прилегающей к фронту полосе с уведомлением о том Центрокомдезертир».
Несмотря на имевшие место факты дезертирства и неподчинения боевым приказам, боеспособность войск Красной Армии к концу 1919 г. была в целом высокой. Этому способствовали меры по улучшению снабжения частей всеми видами довольствия, боеприпасами и оружием, активизации партийно-политической работы, укреплению командного состава и др. В результате Красная Армия в январе 1920 г. разгромила армию адмирала A.B. Колчака, а к концу марта завершила разгром Вооруженных Сил Юга России. В ходе боевых действий применялись заградительные отряды, сформированные не только из частей регулярной армии, но и из войск вспомогательного назначения, — в первую очередь Войск охраны Республики (ВОХР). В соответствии с приказом № 7/с начальника войск ВОХР от 12 января 1920 г. они вели борьбу со всеми дезертирами, проезжавшими по железным дорогам и находящимися в районе расположения заградительных отрядов. Заградительные отряды, созданные в действующей армии, по-прежнему использовались в ближайшем тылу. Так, командир заградительного отряда 50-й Таманской стрелковой дивизии С.П. Стерликов вспоминал: «Назначение этого отряда состояло в очищении тыла Красной Армии от дезертиров, накоплявшихся в удобных для них местах в большом количестве, и, будучи вооружены, превращались в банды, грабившие население, нападавшие на местные органы власти, а иногда даже на тыловые органы Красной Армии. Ликвидация таких групп банд сопровождалась настоящими боями с людскими потерями. В задачи заградительного отряда входила также ликвидация белогвардейских вооруженных групп, оставляемых белыми войсками при их отступлении. Ликвидация этих групп также сопровождалась боями».
Весной 1920 г. обострилась обстановка на западе страны, где польская армия 17 апреля перешла в наступление, нанесла поражение войскам Юго-Западного фронта и 6 мая захватила Киев. С целью отвлечь внимание противника с Украины Главное командование Красной Армии предприняло 14 мая контрнаступление в Белоруссии силами Западного фронта. При подготовке его войск к операции в Смоленск, где находился штаб фронта, прибыл Л.Д. Троцкий. 9 мая он провел совещание с командным составом и комиссарами Западного фронта.
— Первое — создать заградительные отряды с таким расчетом, — говорил Лев Давидович, — чтобы каждое крупное воинское соединение имело за своей спиной хотя бы тонкую, но прочную и надежную сетку заградительных отрядов, умело и централизованно управляемых в соответствии с оперативными заданиями данного воинского соединения. Легкость и безнаказанность дезертирства способны разъесть самую лучшую часть. Молодой солдат, пытающийся вырваться из огня, в который попал впервые, должен встретить твердую руку, которая властно возвращает его назад с предупреждением о суровой каре всем нарушителям боевого долга. Удирающий шкурник должен наткнуться на револьвер или напороться на штык. Во главе заградительных отрядов должны стоять работники твердой воли и испытанного мужества. Начальник всех заградительных отрядов дивизии непосредственно подчиняется командиру и комиссару дивизии. Начальник заградительных отрядов армии — реввоенсовету армии. Второе — необходимо привести работу революционных военных трибуналов в действительное соответствие с суровой ответственностью всей обстановки… Смертельная угроза, снова нависшая над рабоче-крестьянской Россией, влечет за собой неминуемую угрозу смерти всем тем, кто не выполняет своего воинского долга. Наиболее суровым карам подлежат комиссары и командиры, обнаруживающие недостаток мужества, твердости и исполнительности.