Усиление группировок войск на важнейших операционных направлениях, частичное восполнение понесенных ими потерь, переброска соединений и частей на запад с Дальнего Востока и юга позволили активизировать оборону и провести ряд наступательных операций. В Заполярье советские войска во взаимодействии с Северным флотом отразили удары противника и сорвали его планы по овладению Мурманском и главной базой флота — Полярным. На северо-западном направлении в результате героических действий защитников Ленинграда и мер, принятых командованием Ленинградского фронта (генерал армии Г.К. Жуков), удалось к концу сентября стабилизировать фронт и вынудить войска группы армий «Север» перейти к обороне. На Правобережной Украине и в Молдавии войска Юго-Западного и Южного фронтов сумели на некоторое время задержать группу армий «Юг». Однако противнику удалось окружить 6-ю и 12-ю армии Юго-Западного фронта в районе Умани и вынудить войска юго-западного направления отойти за Днепр. К концу августа в результате принятых Ставкой мер и упорства советских войск оборона на Днепре стабилизировалась. При этом советские войска продолжали удерживать Киев. На южном крыле советско-германского фронта в связи с угрозой глубокого охвата советские войска вынуждены были отойти за Днепр, удерживая оставшуюся в тылу врага Одессу.
На западном стратегическом направлении события развивались следующим образом. В ходе Смоленского сражения (10 июля — 10 сентября) войска восстановленного за счет стратегических резервов Западного (маршал Советского Союза С.К. Тимошенко) и созданного Центрального (генерал-полковник Ф.И. Кузнецов) фронтов в ожесточенных оборонительных боях остановили группу армий «Центр» и вынудили ее перейти к обороне. Войска Резервного фронта (генерал армии Г.К. Жуков) провели 30 августа — 8 сентября Ельнинскую наступательную операцию, в ходе которой прорвали оборону врага и ликвидировали Ельнинский выступ.
В ходе боевых действий между Резервным и Центральным фронтами образовался разрыв, для прикрытия которого 16 августа 1941 г. был создан Брянский фронт под командованием генерал-лейтенанта А.И. Еременко. В начале сентября его войска по указанию Ставки нанесли фланговый удар с целью разгрома немецкой 2-й танковой группы, наступавшей на юг. Однако, сковав весьма незначительные силы противника, Брянский фронт не смог предотвратить выход вражеской группировки в тыл войскам Юго-Западного фронта. В этой связи генерал А.И. Еременко обратился в Ставку с просьбой разрешить создать заградительные отряды. «Ставка ознакомилась с Вашей докладной запиской и разрешает Вам создать заградительные отряды в тех дивизиях, которые зарекомендовали себя как неустойчивые, — говорилось в директиве № 00165 °Cтавки ВГК от 5 сентября. — Цель заградительных отрядов — не допускать самовольного отхода частей, а в случае бегства — остановить, применяя при необходимости оружие».
Эта директива положила начало новому этапу в создании и применении заградительных отрядов. Если до этого они формировались органами Третьего управления наркомата обороны, а затем Особыми отделами, то теперь решением Ставки было узаконено их создание непосредственно командованием войск действующей армии, пока только в масштабах одного фронта. Вскоре эта практика была распространена на всю действующую армию. 12 сентября 1941 г. Верховный Главнокомандующий И.В. Сталин и начальник Генштаба маршал Советского Союза Б.М. Шапошников подписали директиву № 001919, адресованную главнокомандующему войск Юго-Западного направления, командующим фронтами и армиями, командирам дивизий:
«Опыт борьбы с немецким фашизмом показал, что в наших стрелковых дивизиях имеется немало панических и прямо враждебных элементов, которые при первом же нажиме со стороны противника бросают оружие, начинают кричать «нас окружили» и увлекают за собой остальных бойцов. В результате подобных действий этих элементов дивизия обращается в бегство, бросает материальную часть и потом одиночками начинает выходить из леса. Подобные явления имеют место на всех фронтах. Если бы командиры и комиссары таких дивизий были на высоте своей задачи, паникерские и враждебные элементы не могли бы взять верх в дивизии. Но беда в том, что твердых и устойчивых командиров и комиссаров у нас не так много.
В целях предупреждения указанных выше нежелательных явлений на фронте Ставка Верховного Главнокомандования приказывает:
В каждой стрелковой дивизии иметь заградительный отряд из надежных бойцов численностью не более батальона (в расчете по одной роте на стрелковый полк), подчиненный командиру дивизии и имеющий в своем распоряжении кроме обычного вооружения средства передвижения в виде грузовиков и несколько танков или бронемашин.