Усиление репрессий в армии и на флоте произошло в начале лета 1918 г., когда существенно осложнилась обстановка во многих регионах Советской России. В конце мая — июне войска генерала П.Н. Краснова предприняли наступление на Дону, стремясь вытеснить отряды большевиков из пределов Донской области. Казачьи части создали угрозу захвата Царицына, оборона которого была возложена на войска СевероКавказского военного округа. Военный руководитель округа бывший генерал А.Е. Снесарев 8 июня докладывал в Высший военный совет: «Войска не обучены, без опытного командного состава. Боевые приказы в некоторых случаях, по докладу одного из начальников отряда, исполняются «по соглашению», т. е. после обсуждения на митингах». Многие красноармейцы, отмечал Снесарев, «дальнейшим своим поведением, а в особенности проявленными ими на службе явно отрицательными нравственными качествами, заслуживают отчасти безусловного увольнения теперь же, а отчасти самого серьезного предупреждения о неминуемом увольнении их в случае неисправления поведения».
Л.Д. Троцкий, ознакомившись с докладом А.Е. Снесарева, телеграфировал 11 июня в Царицын, где находился штаб Северо-Кавказского военного округа: «Требую соблюдения строжайшей дисциплины. Хулиганы, озорники, мародеры должны беспощадно разоружаться и заключаться в тюрьму, а при сопротивлении — расстреливаться. Честные красноармейцы должны действовать только с рабочими и крестьянами всей страны. На начальников и комиссаров отрядов возлагаю ответственность за поведение их частей. Задача Красной Армии — охранять Дон и Кубань от внешних и внутренних насильников и обеспечивать продовольствие голодающей страны».
Ценой огромных усилий защитники Царицына при поддержке дивизий Ф.К. Миронова и В.И. Киквидзе, присланных командованием Южного участка отрядов завесы, сумели к началу сентября стабилизировать положение и отогнать противника от города.
Не менее сложной была обстановка и на востоке России. В конце мая 1918 г. здесь поднял восстание Отдельный Чехословацкий корпус под командованием генерала В.Н. Шокорова, который вскоре взял под свой контроль всю Транссибирскую железнодорожную магистраль. Успеху частей корпуса способствовало то, что в войсках, действовавших на востоке страны, на низком уровне находилась воинская дисциплина. В этой связи в приказе командующего Северо-Урало-Сибирским фронтом бывшего поручика Р.И. Берзина (Берзиньш) от 14 июня отмечалось: «… 4. По законам военного времени караются смертью: 1) измена Советской республике, 2) ведущие агитацию против Советской республики, 3) распространители печатно или устно провокационных слухов с целью вредить обороне Республики, 4) все шпионы и дающие сведения чехо-словакам и другим войскам о наших войсках, их силах и расположении, 5) всякое неисполнение приказов и распоряжений военных властей, 6) самовольное оставление позиций и т. п.».
Выступлением Отдельного Чехословацкого корпуса воспользовались противники большевиков, которые 22 июля захватили Симбирск, один из ключевых пунктов на Волге. Обстановка, сложившаяся на востоке, стала предметом обсуждения на заседании ЦК РКП (б). Его члены приняли 29 июля постановление, написанное Л.Д. Троцким. Этот документ стал основой для деятельности партийных, советских и военных органов в годы Гражданской войны. В нем отмечалось, что «недостаточная стойкость красноармейских частей объясняется тем, что 1) это во многих случаях молодые, наспех сколоченные и необстрелянные части; 2) красноармейским массам, вследствие крайне недостаточной агитации на местах, не всегда ясны смысл чехо-белогвардейского восстания и его грозная опасность для рабочей революции; 3) командный состав либо недостаточно опытен, либо ненадежен; 4) партийно-советские представители и, в частности, военные комиссары обнаруживают сплошь да рядом недостаточную революционную выдержку и преданность делу революции». В постановлении требовалось направить на восток лучшие, наиболее стойкие части, создать в войсковых частях на фронте и в тылу «твердые партийные ячейки с включением в них известного числа старых испытанных работников партии», установить непрерывный и бдительный контроль над недостаточно надежными лицами командного состава, подвергать суровой каре, вплоть до расстрела, комиссаров за побег илй измену командующего. Одновременно Совнарком РСФСР принимает декрет, в котором отмечалось, что «уклонившиеся от призыва лица подлежат суду военного трибунала».