Л.Д. Троцкий, находясь на Восточном фронте, продолжал наводить порядок в его войсках. 9 сентября он подписывает приказ № 367, в котором требовалось по опыту 5-й армии создавать летучие отряды и десятки, функции которых были расширены. Им предстояло действовать в ближайшем тылу, вести «суровую борьбу с дезертирством, индивидуальным и массовым», обеспечивать выполнение боевых приказов и вести борьбу с хулиганством и озорством. Одновременно Троцкий для наведения порядка и поднятия морального духа в войсках использовал не только репрессивные меры, но и силу личного примера и материального стимулирования. К концу 1918 г., по неполным данным, на Восточном фронте действовали два заградительных отряда при 3-й армии и один — при 1-й армии (см. приложение).
Меры, предпринятые Л.Д. Троцким и командованием Восточного фронта, вскоре принесли свои плоды. 10 сентября войска фронта освободили Казань, через день — Симбирск, 26 сентября заняли Хвалынск, 3 октября — Сызрань и 7 октября — Самару. Войска 2-й армии в периоде 20 сентября по 8 октября очистили территорию от Чистополя до Агрыза и Сарапула, выйдя к Ижевскому и Боткинскому заводам. В дальнейшем армии фронта развивали наступление на Уральском, Оренбургском, Уфимском и Екатеринбургском направлениях. Но вскоре наступление стало давать сбои из-за возросшего сопротивления противника. К тому же сказывалась и неготовность красноармейцев и командиров вести боевые действия в условиях горно-лесистой местности. Ценою огромных усилий 1-я и 4-я армии потеснили уральские и оренбургские казачьи части, овладев 22 января 1919 г. Оренбургом и 24-го — Уральском.
На Южном фронте в ноябре 1918 г. инициатива перешла к противнику, который прорвал оборону советских войск и вынудил их к отходу. Наиболее сложная обстановка создалась в полосе 8-й армии (командующий В.В. Чернавин), о чем можно судить по приказу № 62 от 20 ноября, изданному Л.Д. Троцким, находившимся в то время на Южном фронте. В приказе отмечалось:
«Части 8-й армии отличаются в большинстве своем крайним недостатком устойчивости. Целые полки разваливаются нередко при столкновениях с незначительными и тоже не весьма стойкими частями противника… Положить этому конец и повысить устойчивость армии можно только системой организационных, воспитательных и репрессивных мероприятий, проводимых сверху твердой рукой… Малейшие отступления от потребностей и правил боевого порядка должны караться по законам военного времени. Попустительство лица командного состава в этих вопросах должно само подлежать суду революционного трибунала как одно из тягчайших преступлений… Надо раз и навсегда искоренить самую мысль о том, что преступления против воинского долга — единичные или массовые — могут оставаться безнаказанными. Против дезертирства должна быть проведена неутомимая борьба. Для явных и заведомых дезертиров может быть только одна кара: расстрел. Обо всех расстрелах надлежит опубликовывать в приказах по армии, приводя имена расстрелянных, название части и, по возможности, местожительство семьи. В тех случаях, когда особые обстоятельства, — в первую голову виновность командного состава, — побуждают трибунал условно вернуть дезертировавших или заподозренных в дезертирстве в действующие части, необходимо таких условно осужденных облачить в отличительные, черного цвета воротники (выделено нами. — Авт.), дабы они и их окружающие знали, что при первом новом преступлении со стороны этих условно помилованных солдат им не может быть ни милости, ни второго снисхождения. Наряду с мерами карательными нужны меры поощрения. Комиссары и командиры должны представлять отличившихся воинов Красной Армии к подаркам, денежным наградам, знаку Красного Знамени, а более доблестные полки — к почетному знамени».
Вскоре, 24 ноября, Троцкий подписывает новый приказ по войскам Южного фронта за № 65, который содержал следующие меры по борьбе с дезертирством и отступлением частей фронта:
«1. Всякий негодяй, который будет подговаривать к отступлению, дезертирству, невыполнению боевого приказа, будет расстрелян.
Всякий солдат Красной Армии, который самовольно покинет боевой пост, будет расстрелян.