При приведении в исполнение приговоров военно-полевых судов можно выделить поначалу четыре различных типа наказаний (приведём их по убыванию тяжести): заключение в тюрьму строго режима, общего режима, крепость, обычный арест. Осуждённый на пребывание в тюрьме строго режима автоматически становился непригодным к службе, выбывал из Вермахта и представал перед гражданскими властями, которые, как правило, направляли его в концентрационный лагерь. Все остальные виды наказания не предполагали комиссования из рядов Вермахта. Осуждённые отбывали наказание в рядах вооружённых сил, в упоминавшихся специальных учреждениях, где царили свои правила.
Если говорить об аресте, го есть содержании в казарме, как мягком варианте, или гауптвахте, как более суровом варианте, то подобные наказания выносились ротным командиром, в некоторых случаях военно-полевым судом. Пребывание под арестом не могло длиться более 6 недель. Гауптвахта в виде одиночной камеры должна была располагаться в распоряжении воинской части или же корабля, если речь шла о ВМФ.
В 1942 году традиционные гауптвахты получили другое название. Отныне они назывались военные места заключения. В зоне боевых действий их заменяли передвижные армейские тюрьмы. Обычно, наказанный солдат не занимался никакой деятельностью. Ситуация изменилась в 1944 году, когда при отдельных армейских дивизиях возникли штрафные команды или команды приведения наказания в исполнение. Оказавшиеся здесь солдаты, чей срок наказания традиционно варьировался от недели до трёх месяцев ареста, должны были заниматься тяжёлым физическим трудом, который должен был сдержать наступление противника (рытьё окопов и рвов, построение блиндажей и т. д.). Юристы Вермахта полагали, что труд под огнём противника станет весьма устрашающим наказанием, которое сможет удержать солдат даже от мелких правонарушений.
Ссылка в крепость, в отличие от заключения в тюрьму или в лагерь, не была позорным наказанием. Но заключение в тюрьме могло длиться до 15 лет, а потому приговор выносился, только если военно-полевой суд действительно доказывал вину. В некоторых исключительных случаях, которые в основном относились к офицерам, заключение в крепости могло быть прекращено по просьбе командования части. Но это делалось только если провинившийся «вставал на путь исправления». Заключение в крепость подразумевало лишение свободы и нахождение под постоянным контролем. Поначалу единственной крепостью Третьего рейха была Ингольштдт. После декабря 1940 года, когда она была закрыта, ей стала Гермерсхайм.
Во время боевых операций тюремное заключение на срок от 3 недель до 6 месяцев на оккупированных территориях осуществлялось в помещениях местных тюрем, которые могли переделываться под военные заведения (военные тюрьмы Вермахта или следственные тюрьмы Вермахта). Во время нападения на СССР при каждой из групп армий летом 1941 года была создана специальная тюрьма Вермахта. Вполне очевидно, что те заключённые, на которых был наложен длительный арест, должны были быть возвращены в рейх, где размещались в зависимости от проступка, либо в тюрьмах Вермахта, либо концентрационных лагерях.
К началу Второй мировой войны специальные тюрьмы Вермахта уже имелись в форте Торгау, Гермельсхайме и Глаце. Начало боевых действий вынудило создать новые места заключения — в предместьях Торгау, Граденце, Анкламе, Брухале, Фрайбурге и Брайсгау. В зависимости от того, где выносился приговор провинившемуся (военный округ, порт Северного или Балтийского моря, группа армий западного или восточного фронта и т. д.) тот попадал в одну из данных тюрем Вермахта. Те же, кто попадал в эмсовские лагеря, проходили в документах как арестантские команды Вермахта. К началу 1942 года в рейхе уже имелось 26 подобных арестантских команд, которые подчинялись тюрьмам Вермахта. В 1942 году был создан специальный «лагерь. Вермахта для арестантов — Дунай», который состоял из четырёх арестантских команд.
Об осуждённых к тюремному заключению солдатах говорилось в приказе от 30 апреля 1942 года. В нём, в частности значилось, что они «в тюрьмах Вермахта должны проходить духовное воспитание и подвергаться строгой строевой подготовке». Казалось бы, жизнь военных арестантов должна была отличаться жизни обычных заключённых, но на деле строевая подготовка являлась приложением к тяжёлому труду на военных предприятиях.
В начале войны появилась ещё одна форма исполнения наказания посредством лишения свободы — штрафные лагеря Вермахта. В штрафные лагеря направлялись только те солдаты, которые представляли реальную угрозы для морального духа и боеспособности воинских частей, а кроме этого не были способны к «перевоспитанию». К таковым причислялись преступные элементы и носители вражеских взглядов. В штрафные лагеря попадали из тюрем Вермахта по представлению коменданта соответствующей тюрьмы. В отдельных случаях заключение в штрафных лагерях могло выноситься в качестве приговора военно-полевым судом, как единственная и высшая мера наказания, не предполагавшая смертной казни. В данном случае пребывание в лагере было бессрочным. Если же заключённый попадал в лагерь из тюрьмы, то он мог по прошествии года вернуться в тюрьму, где в свою очередь пребывал ещё 4 месяца. По сути же штрафные лагеря Вермахта являлись копией концентрационных лагерей.
В 1942 году штрафные лагеря были созданы в Северной Финляндии и Норвегии, а затем и на восточном фронте. Чем должны были заниматься заключённые лагерей, предельно ясно сказано в одно из приказов: «Использование для самой тяжёлой работы в предельно опасных условиях фронтовой зоны, по возможности в районе боевых действий». Эти штрафники должны были разминировать поля, выносить трупы немецких солдате поля боя, возводить под огнём бункеры и блиндажи, проделывать проходы в ограждениях из колючей проволоки. «Рабочий день» арестантов был не очень длинным. Они рисковали своей жизнью ежедневно с 10 до 14 часов. Впрочем, это правило было закреплено лишь на бумаге.
Как мы видим, шансы на выживание в штрафном лагере Вермахта были ещё ниже, чем в обыкновенном концентрационном лагере. Один избывших штрафников, Роберт Штайн писал в воспоминаниях, что из его лагерного отряда погибло более 90 %. Кто-то умер от истощения и побоев, кто-то был убит вражеской пулей.
Поскольку заключение в штрафной лагерь на длительный срок, по сути означало смертную казнь (а это подрывало дисциплину среди заключённых), то в конце 1942 года было решено ограничить пребывание в штрафных лагерях 9 месяцами. После прохождения этих месяцев принималось решение или передать заключённого в руки полиции для этапирования в «нормальный» концентрационный лагерь, или же зачислить его в новое штрафное подразделение, носившее аббревиатуру ФГА, где ему надлежало продолжить искупление вины. В исключительных случаях заключённых могли перевести в группу для условно-освобождённых 500, которые более известны под названием пятисотых батальонов. В 1943 году один из штрафных лагерей был превращен в ФГА. Оставшиеся — только в марте 1945 года.
ФГА — полевые штрафные подразделения — были учреждены весной 1942 года, то есть приблизительно в то же время, что и штрафные лагеря Вермахта. Одной из главных причин появления этих подразделений стали переполненность тюрем Вермахта и очень высокие потери на Восточном фронте. С этого момента заключение в тюрьму Вермахта стало исключением. Обычно всех провинившихся направляли в ФГА. В марте 1943 года в составе Вермахта имелось 19 ФГА, которые все без исключения располагались на Восточном фронте. К концу войны их число выросло до 22 штук.
Полевые штрафные подразделения были созданы для искупления вины на месте, что придавало им не только «воспитательно-карательный», но и боевой характер. Условия существования в ФГА были несколько лучше, чем в штрафных лагерях. Впрочем, пребывавших там солдат использовали как пушечное мясо. Им даже не выдавалось оружие. Занимались они уже упоминавшейся выше рискованной работой по обеспечению боевых действий частей Вермахта. Чуть позже их стали использовать для карательных акций и борьбы с партизанами. Солдаты ФГА получали небольшой продовольственный паёк, но с голоду никто не умирал. После прохождения нескольких месяцев солдаты могли переводиться в пятисотые батальоны или же направляться в штрафные лагеря. За дисциплиной в ФГЛ почти не следили, поэтому редко кому удавалось вернуться к нормальной строевой службе. Там часто наблюдались случаи краж продовольствия и дезертирства. Теперь за это уже не расстреливали, а просто продлевали заключение в ФГА.