Возвратились в эскадру и фрегаты капитана 2 ранга А. А. Сорокина, сопровождавшие турецкие канонерские лодки к берегам Египта, а затем вместе с английскими кораблями участвовавшие в блокаде французских судов в бухте Александрин. Несколько ранее подошел к Корфу и отряд капитана 1 ранга Д. Н. Сенявина, задержавшийся у острова Св. Мавры.
Теперь вся эскадра была в сборе, и дело, казалось, лишь за сухопутными войсками. Однако возникли новые обстоятельства, отвлекавшие от подготовки к штурму.
В первых числах января Ушаков получил сведения о том, что из Анконы — порта на восточном побережье захваченного Францией Апеннинского полуострова — вышла к Корфу эскадра из трех линейных кораблей и нескольких малых судов с десантными войсками. Адмиралу было известно, что еще до прихода объединенной эскадры к острову командующий французскими войсками на Ионическом архипелаге генерал Жентини отправился в Папскую область за пополнением и продовольствием. И вот сейчас контр-адмирал Пустошкин получил приказ со своим отрядом в составе линейных кораблей «Св. Михаил» и «Симеон и Анна», двух русских и двух турецких фрегатов отправиться в Адриатическое море на поиск французских судов. Корфу он оставил 5 января. А спустя несколько дней пришлось отправить один фрегат с турецким судном в итальянский порт Бриндизи для перевозки в Триест или «куда случай и обстановка позволят» спасавшихся от французов знатных особ неаполитанского двора.
Мало того, английский адмирал Нельсон настойчиво добивался направления всей русской эскадры к берегам Италии для блокады с моря Генуи, Ливорно и других приморских городов, захваченных французскими войсками. Он пытался убедить Ушакова, что это гораздо важнее и полезнее для дела борьбы с Францией, нежели осада Корфу. Его цель Федору Федоровичу была ясна: английский адмирал был встревожен отнюдь не угрозой появления французского флота у берегов Италии — тот был разбит при Абукире и теперь особой опасности в этом районе не представлял, — англичан беспокоила возможность утверждения русских на Ионических островах.
26 января глубоким вечером, когда стали еле угадываться очертания острова Видо, гардемарин Василий Драгневич, командир полугалеры, находившейся в дозоре, неожиданно заметил силуэты двух судов с выкрашенными в черной цвет парусами. В темноте распознать их было трудно, но по тому, что шли они без огней, крадучись, Драгневич понял, что это неприятель. Гардемарин скомандовал выпалить четыре ракеты из пушек. Выслушав доклад о заранее условленном сигнале, Ушаков тут же приказал кораблям, стоявшим ближе всех к французским судам, идти в погоню.
Русские корабли снялись с якоря, турецкий же корабль контр-адмирала Фетим-бея, более быстроходный, приказ не выполнил. Направленный к Фетим-бею офицер Метакса нашел того спящим в своей каюте. Поднявшись, контр-адмирал стал спокойно говорить, что команда, голодая, не получая жалованья, долгое время не видясь со своими семьями, сильно ожесточена против начальства и потому ее лучше не трогать.
Тем временем французские корабли, а это были «Женере» и бриг, уходили все дальше и дальше, обстреливая стоявшие поблизости турецкие суда. Вскоре они скрылись из виду.
Случившееся сильно огорчило Ушакова. Одно утешало: французы с бегством «Женере» лишились около ста орудий и восьмисот человек его команды.
Между тем штурм Корфу по-прежнему задерживался. Время шло, а обещанные султаном войска почти не поступали. Небольшая часть обещанного была доставлена на остров, но и те немногие новобранцы сразу же разбежались. Французы не без основания шутили: «Русские хотят на кораблях своих въехать в крепость».
Вице-адмирал Ушаков с присущей ему настойчивостью продолжал добиваться выполнения Турцией договоренности. Кадыр-бей же, которому фирманом султана предписывалось требовать необходимые войска от пашей, был беспомощен что-либо сделать: те вели себя независимо. Видя это, Федор Федорович стал обращаться непосредственно к Али-паше. Но длительная переписка с ним, кроме обмена любезностями, ни к чему не приводила.
Терпение адмирала стало иссякать. «Я измучил уже бессменно всех моих людей», — сетовал он. Тревожила его и возможность прибытия подкрепления французскому гарнизону. Тогда неприятель мог бы надолго сковать здесь эскадру. А она нужна была и в Италии: ее помощи настойчиво просил неаполитанский король.
К тому времени французские войска захватили и Неаполитанское королевство. Король Фердинанд II вынужден был бежать на остров Сицилию. Теперь вся Италия, за исключением Сицилии и Сардинии, находилась во власти Директории.