Резко разнились они и духовно. Горацио Нельсон, талантливый адмирал, человек отчаянной храбрости, вместе с тем не имел тех высоких моральных качеств, какие были присущи Федору Федоровичу Ушакову, не менее талантливому и храброму флотоводцу. Ему, Нельсону, совершенно было чуждо чувство благородства, великодушия к поверженному противнику. Ушаков же, наоборот, отличался гуманным отношением к побежденному неприятелю.
Нельсон, по его же признанию, ненавидел русских, но хорошо понимал, что без их помощи ему не обойтись, и всячески пытался использовать российскую эскадру в интересах Англии. Вместе с тем он по-прежнему пытался отвлечь ее от Ионических островов, чтобы утвердить в этом стратегическом районе английское влияние. Ушаков отлично понимал суть этих происков и твердо противостоял им.
Так и вели они, «союзные» адмиралы, скрытую борьбу, прикрываясь заверениями в дружбе и уважении.
23 августа в просторном адмиральском салоне «Фудройане» состоялось их первое военное совещание, посвященное совместным действиям эскадр. Потом их будет несколько. Русский адмирал, имея на руках соответствующие инструкции из Петербурга, предложил вместе идти к Мальте, чтобы взять крепость Ла-Валетта, уже давно безрезультатно блокированную англичанами. Нельсон же, не желая, чтобы и там взвился флаг России, противился появлению у берегов Мальты русской эскадры.
Два дня спустя «Св. Павла» посетил Фердинанд IV. Как и в своих письмах, он настаивал на том, чтобы российская эскадра шла в Неаполитанский залив. Он по-прежнему боялся французов и республиканцев. Кроме того, монарх полагал, и не без оснований, что без русских порядок в разбушевавшейся столице ему не установить.
Ушаков согласился следовать в Неаполь, намереваясь оттуда направить десантный отряд для освобождения Рима совместно с союзными войсками.
На принятие такого решения повлияло непредвиденное обстоятельство: взбунтовались турки. Находившиеся сверх обыкновения долгое время в море, не привыкшие к порядку и дисциплине, лишенные возможности грабить захваченные города и купеческие суда в море, они были озлоблены. Последним поводом для взрыва явился решительный отпор, данный местными жителями их попытке учинить разбой в окрестностях Палермо. В разыгравшемся побоище 14 турок было убито, 53 доставлены на суда ранеными, до сорока человек пропали без вести.
Разъяренные галионджи потребовали немедленного возвращения домой, грозя в противном случае выбросить за борт своих командиров. Но и сами офицеры были не против возвратиться в Стамбул: поход им тоже ничего не давал.
Перепуганный Кадыр-бей стал умолять главнокомандующего усмирить его команды. Ушаков тут же направился на турецкий флагманский корабль. Галионджи боялись Ушак-пашу, и порядок был быстро восстановлен. Однако Ушаков понимал, что это ненадолго, что лишается не очень надежного союзника. Понимал и турецкий адмирал, что удержать свою эскадру у берегов Италии не удастся, но за самовольный уход он мог лишиться головы. Поэтому на следующий день Кадыр-бей обратился к Федору Федоровичу с просьбой выдать ему оправдательный документ. Главнокомандующий подготовил соответствующее письмо для незадачливого адмирала. И хотя роль турецкого флота в экспедиции не была значительной, все же взаимодействие с ней было полезным. Это положительно сказалось на ходе кампании. Адмиралы действовали в тесном контакте и согласии. Кадыр-бей охотно подчинялся во всем главнокомандующему объединенной эскадрой, считая его своим учителем, а Ушаков относился к нему с доверием.
Ранним утром 1 сентября 1799 года один из турецких кораблей снялся с якоря и направился в открытое море. За ним, становясь под паруса, последовали остальные суда. Замыкал бегство корабль Кадыр-бея…
Эскадра Ушакова прибыла в Неаполитанскую бухту 8 сентября. Перед тем, 28 августа, А. В. Суворов, неожиданно получив предписание Павла I, покинул освобожденную им Северную Италию и повел своих чудо-богатырей в Швейцарию через Альпы, покрытые снегом. На это неоправданное решение император пошел под влиянием союзников России. Австрия стремилась, воспользовавшись плодами суворовских побед, укрепить свое господство в Северной Италии и поэтому пыталась под любым предлогом вытеснить оттуда русские войска. Англия же боялась усиления российского влияния на Средиземноморском театре.