Получив разрешение на раскопочные работы, экспедиция немедленно взялась за дело. Сразу же возникли трудности. Не хватало рабочих. Если 30 лет назад местные жители отнеслись к Лэйярду сердечно и дружелюбно, то теперь они не скрывали своей враждебности. И всё же работы продвигались. Под одним из холмов были обнаружены руины храма, на некоторых обломках сохранились надписи. Этот холм, обозначенный экспедицией № 1, таил в своих недрах остатки дворца. Холм под № 5 оказался кладезем табличек с надписями, почему его и назвали «холмом табличек». В середине апреля работы пришлось прервать: совершенно неожиданно группа учёных была втянута в межплеменные распри. Два рода племени афаков разделяла кровная вражда. Работавший в экспедиции молодой араб, желая помочь своим сородичам в их борьбе с врагами, решил увести лошадей экспедиции и во время совершения кражи был застрелен сторожем. В ответ на это афаки объявили учёным войну и, предводительствуемые сыном местного шейха, напали на лагерь. Почти всё оборудование и оснащение экспедиции было сожжено. К счастью, членам экспедиции удалось спасти добытые с таким огромным трудом материалы. Американцы сумели избежать участи Фреснела и Опперта, которые сорок лет назад в результате нападения арабских разбойников потеряли всё ценное, найденное при раскопках.
В следующем году Петере и Хейнес вновь приезжают в Ниппур. Отношения с местным населением наладились, но сказалось отсутствие археолога–профессионала. Бессистемность поисков, погоня за сенсационными находками, которые могли бы поразить воображение жителей Нового Света, не могли не повлиять на результаты исследований. И всё же их следует признать отличными. При обследовании зиккурата выяснилось, что он строился при царе Ур–Намму. Выкопанный рабочими туннель привёл к слоям раннединастического периода. Во время раскопок на холме №10 были обнаружены руины храма эпохи третьей династии Ура, а среди них — 2000 табличек. Вместе с 5000 табличек, найденных в «холме табличек», это составило огромную коллекцию. Позднейшие исследования привели учёных к выводу, что холм № 5 («холм табличек») представляет собой остатки древнего квартала, где находились библиотека, канцелярии и конторы писцов.
В 1893 г. Хейнес организовал новую экспедицию. Он прибыл в Месопотамию в сопровождении одного только Джозефа Мейера. Хейнес собирался надолго остаться в Ниппуре, чтобы довести до конца работы, начатые в предыдущие годы. Первым несчастьем, обрушившимся на него, были болезнь и смерть единственного помощника — Мейера. Однако это не сломило фотографа из Филадельфии, он не отказался от своих планов. Вызывает изумление сила духа этого человека, который без помощника, в полном одиночестве, невзирая на опасность, жару, усталость и болезни, упорно продолжает работы. Он продержался в пустыне три года и за это время тщательно обследовал два холма, добрался до более глубоких слоёв зиккурата и собрал более 8000 табличек.
В 1899–1900 гг., когда группу учёных из США возглавил Гильпрехт, рядом с ним работал неутомимый Хейнес. Раскопки велись очень тщательно и планомерно. Учёным удалось восстановить план города, определить расположение храмов и жилых кварталов. Копая на большой глубине, они добрались до фундамента зиккурата, сложенного в очень отдалённую эпоху. В Ниппуре была открыта уже известная по другим раскопкам применявшаяся шумерами система дренажа почвы с помощью глиняных труб диаметром от 40 до 60 см, найдены могилы, в которых были захоронены останки людей после их частичного сожжения. Огромное значение имело открытие храмовой библиотеки, которая дала учёным около 20 000 табличек.
После этого в Ниппуре надолго воцарилась тишина. Почти полвека никто — за исключением непрошеных «гостей», искавших в руинах ценные, пользующиеся спросом на антикварном рынке предметы, — не нарушал покоя священного города. Археологические работы возобновились только в 1948 г., когда американская экспедиция (в её состав входили такие исследователи, как Дональд Маккоун, Карлтон Кун и Торкильд Якобсен) добралась в юго–восточной части зиккурата до храма эпохи третьей династии Ура, над которым строили свои святилища сначала вавилоняне, а затем ассирийцы. Углубив раскоп, учёные открыли ещё более древний фундамент. Здесь же были найдены таблички с записью молитвенных гимнов (в частности, гимн в честь богини Нанше), судебных протоколов, а также хозяйственных расчётов. Во время сезона 1961 г. американцы нашли «клад» — более 50 фигурок, сложенных под полом храма. Эта находка, как и обнаруженные в Телль–Асмаре (Эшнунне) и Хафадже статуэтки, говорит о религиозных обычаях шумеров первой половины III тысячелетия до н. э.